АвторТема: Analysis of human haplogroup Q characterizes migrations in Eurasia and Americas  (Прочитано 528 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 1058
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1088/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-018-0622-4

    Research article
    Open Access

Analysis of the human Y-chromosome haplogroup Q characterizes ancient population movements in Eurasia and the Americas

    Viola Grugni†, Alessandro Raveane†, Linda Ongaro, Vincenza Battaglia, Beniamino Trombetta, Giulia Colombo, Marco Rosario Capodiferro, Anna Olivieri, Alessandro Achilli, Ugo A. Perego, Jorge Motta, Maribel Tribaldos, Scott R. Woodward, Luca Ferretti, Fulvio Cruciani, Antonio Torroni and Ornella SeminoEmail authorView ORCID ID profile

†Contributed equally
BMC Biology201917:3

https://doi.org/10.1186/s12915-018-0622-4

©  The Author(s). 2019

    Received: 1 October 2018Accepted: 21 December 2018Published: 24 January 2019

Abstract

Background

Recent genome studies of modern and ancient samples have proposed that Native Americans derive from a subset of the Eurasian gene pool carried to America by an ancestral Beringian population, from which two well-differentiated components originated and subsequently mixed in different proportion during their spread in the Americas. To assess the timing, places of origin and extent of admixture between these components, we performed an analysis of the Y-chromosome haplogroup Q, which is the only Pan-American haplogroup and accounts for virtually all Native American Y chromosomes in Mesoamerica and South America.

Results

Our analyses of 1.5 Mb of 152 Y chromosomes, 34 re-sequenced in this work, support a “coastal and inland routes scenario” for the first entrance of modern humans in North America. We show a major phase of male population growth in the Americas after 15 thousand years ago (kya), followed by a period of constant population size from 8 to 3 kya, after which a secondary sign of growth was registered. The estimated dates of the first expansion in Mesoamerica and the Isthmo-Colombian Area, mainly revealed by haplogroup Q-Z780, suggest an entrance in South America prior to 15 kya. During the global constant population size phase, local South American hints of growth were registered by different Q-M848 sub-clades. These expansion events, which started during the Holocene with the improvement of climatic conditions, can be ascribed to multiple cultural changes rather than a steady population growth and a single cohesive culture diffusion as it occurred in Europe.

Conclusions

We established and dated a detailed haplogroup Q phylogeny that provides new insights into the geographic distribution of its Eurasian and American branches in modern and ancient samples.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10770
  • Страна: az
  • Рейтинг +1656/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
http://forum.molgen.org/index.php/topic,7302.msg388620.html#msg388620

Нечто аналогичное автор этих строк и уважаемый Шад озвучивали в соответствующей теме :)

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1033/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
С Виолой мы хорошо знакомы:)

Статья очень добротная, подробно проанализирован большой материал. В том, числе и новые данные есть.

Обращаю внимание команды YFull. Данных много и в хорошем качестве.

Цитировать
Availability of data and materials
All data generated or analysed during this study are included in this published article [and its supplementary information files]. BAM files are available at the European Nucleotide Archive (ENA) repository https://www.ebi.ac.uk/ena under the project PRJEB30504.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1033/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Чудеса какие-то.

Как-то не заметил сразу, а сейчас обратил внимание на цитату из Grugni et al., 2019
Цитировать
Q-M25 наблюдается от Восточной Европы до Центральной Азии с самой высокой частотой на иранском плоскогорье, где он фактически представлен только своей кладой Q-L712 (Дополнительный файл  9 : Рисунок S3c). Эта ветвь не наблюдалась у современных североамериканских индейцев, но недавно она была обнаружена у древних алеутских островитян, древних северных афабасков и у 4250-летнего особи чукотской культуры Усть-Белая (33) .

А (33) это как раз источник: Flegontov P, Altinisik NE, Changma IP, Vajda EJ, Krause J, Schiffels S. Na-Dene populations descend from the Paleo-Eskimo migration into America. In: Cold Spring Harbor Laboratory; 2018.

Вот ссылка на результирующий рисунок из Grugni et al., 2019

Также как и это:
Цитировать
Q-L53(xL54) Y chromosomes have been described in Central Asia [20, 37]. Recently, Q-L53(xL54) Y chromosomes have been reported in five Eastern European subjects as belonging to the new clade Q-YP4004 (Additional file 10: Figure S4b, YTree v6.02 - https://www.yfull.com/tree/Q/). These findings suggest that also the Central Asian Q-L53(xL54) Y chromosomes described above (37) belong to the Q-YP4004 branch. Interestingly, one ancient specimen from the Lovelock Cave in Nevada dated 1.8 ky (38] falls in this clade representing the only evidence of this lineage in America. Therefore, L53 likely originated in Central Asia and, before spreading, differentiated into Q-YP4004 and Q-L54.

(33) Moreno-Mayar JV, Vinner L, de Barros DP, de la Fuente C, Chan J, Spence JP, Allentoft ME, Vimala T, Racimo F, Pinotti T, et al. Early human dispersals within the Americas. Science. 2018;

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10770
  • Страна: az
  • Рейтинг +1656/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Q-YP4004 нашли в Неваде, я правильно понял???

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1033/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Q-YP4004 нашли в Неваде, я правильно понял???

Да.
На самом деле я сам разбирал ряд дДНК - скачивал BAM, делал VCF и анализировал (не по этой работе, по другим) и видел много явно неподходящих снипов, которые вылезают в итоге. Причины разные - повреждение ДНК, флуктуации при выравнивании... Поэтому по одному снипу делать выводы никогда нельзя - если прослеживается цепочка снипов и много одноуровневых для терминального уровня, то тогда можно быть уверенным. Иначе получается ерунда.
К сожалению, не знаком с работой Moreno-Mayar (доступ платный) и не могу уверенно сказать что там было внутри. Надеюсь не по одному снипу делались выводы...

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1033/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Q-YP4004 нашли в Неваде, я правильно понял???

На самом деле я просто ленивый баран:)
Все нашлось достаточно быстро. Нужно было только поискать.
http://science.sciencemag.org/content/suppl/2018/11/07/science.aav2621.DC1
Спасибо за наводку здесь:
Вторая статья:

http://science.sciencemag.org/content/early/2018/11/07/science.aav2621

Early human dispersals within the Americas

Полный текст (пиратская версия)
http://sci-hub.tw/10.1126/science.aav2621

Supplementary Materials
http://science.sciencemag.org/content/suppl/2018/11/07/science.aav2621.DC1

name   age   sex   location   chrY coverage [1]   Y haplogroup
Sumidouro2   >10 kya   M   Caverna do Sumidouro, Lagoa Santa, Brazil   0,01   Q-L53
Sumidouro4   >10 kya   M   Caverna do Sumidouro, Lagoa Santa, Brazil   0,43   Q-M3 (xY4308)
Sumidouro5   >10 kya   M   Caverna do Sumidouro, Lagoa Santa, Brazil   7,73   Q-M3(M848)
Sumidouro6   >10 kya   M   Caverna do Sumidouro, Lagoa Santa, Brazil   1,01   Q-M3(M848)
Sumidouro7   >10 kya   M   Caverna do Sumidouro, Lagoa Santa, Brazil   0,25   Q-M3(M848)
Spirit Cave   10 kya   M   Spirit Cave, Nevada, US   9,55   Q-M3(M848)
Spirit Cave   10 kya   M   Spirit Cave, Nevada, US   0,05   Q-M3
Ayayema   4.5uncal   M   Ayayema Cave, Patagonia, Chile   5,97   Q-M3(M848)
Lovelock4   1.8 kya   M   Lovelock Cave, Nevada, US   0,27   Q-L53/Q-YP4011
HistAndaman   historical   M   Andaman Islands   8,63   P-P295

Вот расклад по Неваде:
Lovelock4 chr position (GRCh37) ref alt call SNP SNP_eq state
Y 5823439 G A A Y726 L53_eq derived
Y 7903145 C T T position 7903145 L53_eq derived
Y 14171639 C A A position 14171639 L53_eq derived
Y 17661226 G C C L331 L53_eq derived
Y 17996448 A G G Y712 L53_eq derived
Y 18146921 G A A L475 L53_eq derived
Y 18611597 T A A position 18611597 L53_eq derived
Y 19212447 A G G position 19212447 L53_eq derived
Y 20802686 T A A Y3340 L53_eq derived
Y 21890333 C T T Y768 L53_eq derived
Y 22059040 A G G position 22059040 L53_eq derived
Y 23357268 A G G position 23357268 L53_eq derived
Y 23557435 C T T Y762 L53_eq derived
Y 17689153 C T T YP4026 YP4011_eq derived
Y 19507348 T G G YP4045 YP4011_eq derived
Y 22579524 G A A YP4063 YP4011_eq derived
Y 23256829 C A A YP4067 YP4011_eq derived
Y 8056151 C T T BZ579 YP4011_eq derived
Y 4357890 C T C Y720 L54_eq ancestral
Y 17565152 A C A position 17565152 L54_eq ancestral
Y 22954328 C G C position 22954328 L54_eq ancestral
Y 23292782 G A G L54 L54_eq ancestral
Y 6381801 A G A Y15808 YP4004_eq ancestral
Y 8189467 G A G YP3958 YP4004_eq ancestral
Y 8450675 G T G YP3961 YP4004_eq ancestral
Y 8755810 A T A YP4004 YP4004_eq ancestral
Y 14661734 G T G YP3976 YP4004_eq ancestral
Y 15456292 C G C YP4112 YP4004_eq ancestral
Y 16458554 G A G YP4017 YP4004_eq ancestral
Y 16872351 C G C YP4019 YP4004_eq ancestral
Y 17009352 G A G YP4020 YP4004_eq ancestral
Y 17345195 C T C YP4023 YP4004_eq ancestral
Y 18665363 G A G YP4035 YP4004_eq ancestral
Y 19518370 G A G YP4046 YP4004_eq ancestral
Y 19518370 G A G YP4047 YP4004_eq ancestral
Y 21977532 A T A YP4057 YP4004_eq ancestral
Y 22175549 C A C YP4059 YP4004_eq ancestral
Y 22520270 A T A YP4061 YP4004_eq ancestral
Y 22554214 T C T YP4062 YP4004_eq ancestral
Y 23470202 C T C YP4070 YP4004_eq ancestral
Y 23798978 C T C YP4073 YP4004_eq ancestral
Y 23990390 G A G YP4074 YP4004_eq ancestral


Таким образом, выявлена целая цепочка одноуровневых снипов.
YP4026 - https://www.yfull.com/tree/Q-YP4010/
YP4045 - https://www.yfull.com/tree/Q-YP4010/
YP4063 - https://www.yfull.com/tree/Q-YP4010/
YP4067- https://www.yfull.com/tree/Q-YP4010/
BZ579  - https://www.yfull.com/tree/Q-YP4010/

Таким образом, ошибка (или даже неточность) в статье касается только вывода о принадлежности образца к Q-YP4004. Тогда как он относится к более старшей кладе - Q-YP4010.
« Последнее редактирование: 27 Январь 2019, 21:23:05 от Шад »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10770
  • Страна: az
  • Рейтинг +1656/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Интересный поворот. Гаплогруппа древняя, бог знает когда именно они дошли до Невады. Их бы в Yfull отправить...

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1033/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Интересный поворот. Гаплогруппа древняя, бог знает когда именно они дошли до Невады. Их бы в Yfull отправить...

А теперь вот это в студию:

В материалах проекта "Суюн" за декабрь прошлого года дан подробный отчет о результатах экспедиции на Камчатку.
В частности на стр. 1019 впервые описан субклад Q-A19001, представленный двумя коряками.

Цитата по БЭИП «Суюн»; Том.4, Декабрь 2017, №11 [1,2]; ISSN:2410-1788

Цитировать
У тестируемых кластер Q-A19001+, является параллельным к европейскому кластеру Q-YP4004* (поляки), и сибиро-кавказскому Q-YP4000+ (селькупы, чеченцы). Все три линии восходят к общему субкладу Q-YP4064, время формирования субклада — 18 300 лет тому назад. Данная линия связана по происхождению с Великой миграцией прото-америндских племён гаплогруппы Q с Сибири через Берингов пролив. Коалесцирование к общему предку в районе 14–27 тыс. лет назад с верхней границей дивергенции сибирских популяций около 21 тыс. лет назад. Оставшиеся на Чукотке и Камчатке кланы Великой миграции из Q-YP4064 впоследствии составили отдельный народ анкалаку (аӈӄалҕакку/ angqalghakku — приморские люди), который к настоящему ХХI веку практически полностью исчез.
В настоящее время потомки анкалаку встречаются также среди оленеводов чавчувен как отдельный клан иуты, т.е. нижних паланских коряков, и у рыболовов нымыланов клан иула, т.е. верхних рекинникинских коряков. Паланские иуты-чавчувен-коряки до сих пор сохранили предания о переселении их предков с северо-запада, с Караги, т.е. с места древнего расселения народа анкалаку.

В новом дереве YFull мы видим новую ветвь Q-YP4010 (https://yfull.com/tree/Q-YP4010/) среди снипов которой есть YP4064.
Параллельными к ней являются ветви Q-YP4004 и находящаяся ниже Q-YP4000.
К сожалению, так как новый образец, сформироваший ветвь Q-YP4010 не является участником группы Q невозможно утверждать, что это и есть тот самый Q-A19001. Но судя по описанию из проекта "Суюн" - это именно он.
Мои поздравления Томасу и Булату с открытием!

Таким образом, коряки Q-A19001 (они же видимо Q-YP4010*) представляют крайний восточный ареал расселения представителей субклада Q-YP4010, параллельного Q-L54.
Интересно, что Q-L54 состоит из евразийской ветви Q-L330 и америндской Q-M1107 (за исключением Q-L804).
Получается, что представители "братского" субклада практически дошли до Америки. А может и реально дошли, просто не оставили потомков, доживших до ДНК-типирования, или соответствующие америндские образцы его не обнаружены и не изучены. Но теперь понятно направление поиска.

Как раз по пути из Берингию в Неваду...
Значит где-то бродят по американскому континенту еще не идентифицированные Q-Y4010.


Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1033/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Их бы в Yfull отправить...

Цитировать
Lovelock4   1.8 kya   M   Lovelock Cave, Nevada, US   0,27   Q-L53/Q-YP4010

Покрытие низкое (0,27)  - бесполезно.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10770
  • Страна: az
  • Рейтинг +1656/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Analysis of human haplogroup Q characterizes migrations in Eurasia and Americas
« Ответ #10 : 27 Январь 2019, 22:41:34 »
Что ж, весьма интересно! Видимо, в Америке ещё десятки таких субкладов.

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 592
  • Страна: am
  • Рейтинг +178/-1
  • J1-Z1842
Re: Analysis of human haplogroup Q characterizes migrations in Eurasia and Americas
« Ответ #11 : 31 Январь 2019, 12:35:14 »
Судя по аутосомам дднк которые я видел до сих пор, думаю изначальная прародина Q1a2 было на востоке Сибири. Думаю этот случай из Невады говорит в пользу этого.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1033/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Analysis of human haplogroup Q characterizes migrations in Eurasia and Americas
« Ответ #12 : 02 Февраль 2019, 09:27:02 »
Современные образцы из статьи появились на YFull. Таблица по ссылке.


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100