АвторТема: Частота мутаций митоДНК  (Прочитано 293 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн R1a-StolinАвтор темы

  • Сообщений: 455
  • Страна: by
  • Рейтинг +214/-1
  • Y-ДНК: R1a-Y2902* - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H29* - Умань, Україна
Частота мутаций митоДНК
« : 19 Январь 2019, 19:22:42 »

0 - 3000 лет  ;D

Только если genetic distance  = 3. ;)

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2359
  • Страна: ru
  • Рейтинг +674/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Частота мутаций митоДНК
« Ответ #1 : 19 Январь 2019, 21:13:27 »

0 - 3000 лет  ;D

Только если genetic distance  = 3. ;)

одна мутация (устойчивая) - раз в три тысячи лет

А с Вами трудно спорить - с математикой у Вас не очень: 500*3=3000  ;D

Оффлайн R1a-StolinАвтор темы

  • Сообщений: 455
  • Страна: by
  • Рейтинг +214/-1
  • Y-ДНК: R1a-Y2902* - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H29* - Умань, Україна
Re: Частота мутаций митоДНК
« Ответ #2 : 19 Январь 2019, 21:30:55 »
одна мутация (устойчивая) - раз в три тысячи лет

В первый раз слышу такую большую цифру для одной мутации. Источник ?

Про 500 лет не я придумал:
https://www.familytreedna.com/learn/mtdna-testing/tell-closeness-relationship/


Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5273
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2013/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Частота мутаций митоДНК
« Ответ #3 : 20 Январь 2019, 09:45:34 »
В первый раз слышу такую большую цифру для одной мутации. Источник ?

Про 500 лет не я придумал:
https://www.familytreedna.com/learn/mtdna-testing/tell-closeness-relationship/
Об этом писал Валерий Запорожченко. Можно и самостоятельно проверить - посмотрите количество мутаций до митохондриальной Евы http://phylotree.org/ . По моей гаплогруппе получилось 60. Если возраст Евы брать 180 тысяч лет, то и получается три тысячелетия на мутацию.
FTDNA сами непонятно на чём основывались. Видимо, сделали некое усреднение между филогенетически значимыми мутациями и такими:
не принимайте во внимание различия длины C-тракта 303-315 и области вставки двунуклеотидных повторов в районе б.п. 513-524 в ГВС2. Но помните, что нуклеотидные замены (в отличие от вставок и удалений баз) значимы и на трактах, при условии, что вы располагаете корректным выравниванием. Так, например вставка 16193.1C имеет грошевую стоимость (и пригодна разве что для различения двух близких родственников или даже тканей одного и того же человека), но замена 16189T->C на том же тракте, филогенетически очень важна: если два ГВС1 различаются только в позиции 16189, то как правило, полные молекулы различаются в 5-30 позициях. Напротив, замены 16182C и 16183C являются инделами (вставками-удалениями), замаскированными выравниванием под трансверсии, их филогенетическая стоимость невелика. И наконец, учитывайте, что удлинение C-тракта путем транзиции 16189T->C как правило влечет его удлинение в виде мутаций 16193.1C, 16182C и 16183C (и наоборот, перечисленные мутации как правило, предполагают наличие транзиции на 16189).

Оффлайн R1a-StolinАвтор темы

  • Сообщений: 455
  • Страна: by
  • Рейтинг +214/-1
  • Y-ДНК: R1a-Y2902* - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H29* - Умань, Україна
Re: Частота мутаций митоДНК
« Ответ #4 : 20 Январь 2019, 13:03:51 »
Об этом писал Валерий Запорожченко. Можно и самостоятельно проверить - посмотрите количество мутаций до митохондриальной Евы http://phylotree.org/ . По моей гаплогруппе получилось 60. Если возраст Евы брать 180 тысяч лет, то и получается три тысячелетия на мутацию.
FTDNA сами непонятно на чём основывались. Видимо, сделали некое усреднение между филогенетически значимыми мутациями и такими:

Спасибо за объяснение! Я посмотрел мутации и точно 60 мутаций до Вашей гаплогруппы, до H почему то только 47. Если я добавлю еще свои 3 приватные мутации, то будет 50.

FTDNA на карте миграций указывает возраст митохондриальной Евы 120 000 лет назад. Оппенхаймер в книге Настоящая Ева говорит про 150 - 190 тысяч лет.

У меня 4 мутации между 303-315 и 513-524. Я понял, что мутации надо проверять с каждым матчем вручную, потому что если например дистанция 3, то неизвестно что там, что то настоящее или эти 303-315 и 513-524 - которые могут даже быть между матерью и ребёнком, братом и сестрой.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5273
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2013/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Частота мутаций митоДНК
« Ответ #5 : 20 Январь 2019, 14:26:35 »
FTDNA на карте миграций указывает возраст митохондриальной Евы 120 000 лет назад. Оппенхаймер в книге Настоящая Ева говорит про 150 - 190 тысяч лет.
Я и сам не знаю, какой у неё правильный возраст. У усть-ишимского человека (возраст около 45 тысяч лет) определили гаплогруппу R плюс одна отсутствующая на дереве мутация. По количеству мутаций возраст Евы должен быть грубо раза в три с половиной больше.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2140
  • Страна: ru
  • Рейтинг +452/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Частота мутаций митоДНК
« Ответ #6 : 23 Январь 2019, 14:44:27 »
одна мутация (устойчивая) - раз в три тысячи лет

В первый раз слышу такую большую цифру для одной мутации. Источник ?

Про 500 лет не я придумал:
https://www.familytreedna.com/learn/mtdna-testing/tell-closeness-relationship/
Приведу четыре, относительно свежие, статьи.
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(13)00215-7
https://academic.oup.com/mbe/article/31/10/2780/1015730
https://www.nature.com/articles/nature13810
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(16)00087-7
Глубоко не вникал. Только цифры интересовали.  Четыре коллектива ученых, практически, к одинаковым результатам пришли. Вероятность возникновения мутаций по мито: 2.47 × 10−8; 2.14 × 10−8; 2.53 × 10−8; 2.74 × 10−8. Напомню, по YDNA имеем 0.08178 × 10−8. Но там в сравнении учувствуют 8467165 пар оснований, а в мито всего 16553. Возьмем для простоты по мито значений 2.5 х 10-8. Проведя нехитрые вычисления, получим, что по Y мутации проявляются в средним один раз в 1/(0.08178 × 10−8 x 8467165)=144.4158 лет, а по мито 1/(2.5 × 10−8 x 16553)=2416.48 лет.
Есть очень много критики по поводу этих работ. Дело в том, что скорость мутаций очень отличается в зависимость от региона mtDNA. Например, в так называемых, гипервариабильных регионах HVR1 (16001-16569) и HVR2 (00001-00574) скорость мутации почти на порядок выше, чем в регионе CR (00575-16000). Есть возвратные мутации, у старородящих (после 25 лет) вероятности мутаций выше, чем у молодых и т.д. За неимением лучшего, приходится принимать среднюю скорость мутаций для mtDNA в 2500 лет. Для генеалогии анализ мито малопригоден. До недавнего времени мито был полезен историкам, изучающим древние миграции, популяционным генетикам. Время жизни митохондриальной Евы скорректировали благодаря этим работам, время разделения ветвей неандертальцев и современного человека. Сейчас имеем несколько десятков миторезультатов от неандертальцев. Однако, последнее время, и палеоисторики теряют интерес к исследованию мито. Новые технологии позволяют относительно недорого и качественно читать ядерную ДНК. А из неё гораздо больше информации можно выжать.
Кстати, ждали обновления дерева http://www.phylotree.org/tree/index.htm  в феврале 2018, а его так и не обновили. Неинтересно это никому. Это мое мнение.

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2359
  • Страна: ru
  • Рейтинг +674/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Частота мутаций митоДНК
« Ответ #7 : 23 Январь 2019, 15:06:05 »
ankr21, Srkz! Спасибо Вам!!!

Просьба к модераторам!
Можно в общей информации по мито выделить тему типа "Частота мутаций митоДНК" и перенести туда соответствующие сообщения. Иначе сложно искать их по форуму. Или в какую-либо "старую" тему определить.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5637
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1767/-12
  • мтДНК: H1b
Re: Частота мутаций митоДНК
« Ответ #8 : 23 Январь 2019, 21:10:29 »
Часть сообщений выделена в отдельную тему.

Оффлайн R1a-StolinАвтор темы

  • Сообщений: 455
  • Страна: by
  • Рейтинг +214/-1
  • Y-ДНК: R1a-Y2902* - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H29* - Умань, Україна
Re: Частота мутаций митоДНК
« Ответ #9 : 24 Январь 2019, 07:32:05 »
Приведу четыре, относительно свежие, статьи.
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(13)00215-7
https://academic.oup.com/mbe/article/31/10/2780/1015730
https://www.nature.com/articles/nature13810
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(16)00087-7

Спасибо. Я не понимаю тогда откуда FTDNA взяли свои цифры: старые исследования ? Мне и на своем личном примере - который ничего не доказывает - казались 500 лет реальными с матчами на дистанции 0 из Украины, Словакии...

Кстати, ждали обновления дерева http://www.phylotree.org/tree/index.htm  в феврале 2018, а его так и не обновили. Неинтересно это никому. Это мое мнение.

Я надеюсь, что обновления будут. В проекте гаплогруппы H есть люди небезразличные.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100