Гаплогруппа Q1a3: Сибирская прародина?

[Yurgan]

И что можно сказать по этим данным?

Сейчас сделаю дерево

[Centurion]

Обнаружены несколько веток ниже М3.

[Yurgan]

Обнаружены несколько веток ниже М3.

А соседи M3 есть и какие у них снипы?

[Centurion]

Обнаружены несколько веток ниже М3.

А соседи M3 есть и какие у них снипы?

нет. все М3

есть еще ветка ниже М120

[Шад]

Обнаружены несколько веток ниже М3.

А соседи M3 есть и какие у них снипы?

Кроме M3 и M120 в 1K Genomes образцов, к сожалению, нет. Единственный и очень интересный Q1b, только в PGP.
Но скоро ситуация изменится.

[Yurgan]

Обнаружены несколько веток ниже М3.

А соседи M3 есть и какие у них снипы?

нет. все М3

есть еще ветка ниже М120

Жаль, надо бы проверить на эти снипы древнего эскимоса.
А то мне кажется, что он не MEH, а M3.

[Шад]

Обнаружены несколько веток ниже М3.

А можно дать под снипами указание на номера участников проекта?
Я так понимаю, что это: 
мексиканцы MXL (Mexican Ancestry from Los Angeles USA)
NA19664
NA19682
NA19729
NA19732
NA19735
NA19753
NA19771
NA19783
NA19786
NA19795
NA19774
перуанцы из Лимы PEL
HG01565
HG01892
HG01920
HG01923
HG01926
HG01938
HG01950
HG01967
HG01974
HG01977
HG02090
HG02104
HG02146
HG02259
HG02271
HG02277
HG02285
HG02291
HG02299
HG02302
HG01944
HG01979
колумбийцы из Медельина (CLM)
HG01124
HG01139

[Yurgan]

И что можно сказать по этим данным?

Сейчас сделаю дерево

Вот что получилось.
Хотя надо проверять по raw-data

[Шад]

У меня тоже получилось, что F2302 выделяет эту ветвь из остальных.
Опередили на 30 секунд:)
Ещё похоже на CTS7619 no call (?). Он положительный у остальных Q1a3a, а у Дениева нет данных (или возвратная мутация или не определён).

[Yurgan]

У меня тоже получилось, что F2302 выделяет эту ветвь из остальных.
Опередили на 30 секунд:)

Но еще получилось, что L330 ближе к M3, чем эта ветвь.
Надо перепроверять

[Шад]

У меня тоже получилось, что F2302 выделяет эту ветвь из остальных.
Опередили на 30 секунд:)

Но еще получилось, что L330 ближе к M3, чем эта ветвь.
Надо перепроверять

Вполне естественно, так как М330+ должны быть L54 также как и M3.
А Дениев L54-
К сожалению, Гено 2.0 показал свою неэффективность. Так как для L54- у него есть проверка только снипов серии:  L527, L529.1, L639
Они все отрицательных, нет их у Дениева.
Итого - к определению чеченской ветви Q1a3 мы мало приблизились. Есть один определяющий снип F2302, но непонятно где он под L213 и не приватный ли он.
Какие варианты:
1) L940 как-то не похоже. Скандинавия. http://forum.molgen.org/index.php/topic,5425.msg177170.html#msg177170
2) L717, L718+ Индия

GRC012577, kit N61141, India, Q-M346, new SNPs L717, L718.

 
3) M323 - мифические йеменские евреи, гаплотипов которых никто не видел.
Как-то негусто.

[Yurgan]

У меня тоже получилось, что F2302 выделяет эту ветвь из остальных.
Опередили на 30 секунд:)

Но еще получилось, что L330 ближе к M3, чем эта ветвь.
Надо перепроверять

К сожалению, Geno 2.0 снова допустили ошибку.

F2302 у всех одинаковый.
Этого снипа у Дениева, к сожалению нет.
Остальное верно, ветвь Дениева дальше от М3, чем L330,

[Шад]

По опубликованным данным F2302+ только у Дениева. Есть правда дубль в R1b: кит 233653. Но это возможно и к нашей теме отношения не имеет.

[Yurgan]

По опубликованным данным F2302+ только у Дениева. Есть правда дубль в R1b: кит 233653. Но это возможно и к нашей теме отношения не имеет.

В raw-data у всех - Дениева, M3 из Гватемалы и Ербланда L330 стоит F2302 G G.
F2302 это G -> A, значит у них предковое значение, а мутация произошла у какой-то другой группы.

[Шад]

По опубликованным данным F2302+ только у Дениева. Есть правда дубль в R1b: кит 233653. Но это возможно и к нашей теме отношения не имеет.

В raw-data у всех - Дениева, M3 из Гватемалы и Ербланда L330 стоит F2302 G G.
F2302 это G -> A, значит у них предковое значение, а мутация произошла у какой-то другой группы.

Да. Действительно F2302 должен быть A. Странно.