АвторТема: Гаплогруппа Q1a3: Сибирская прародина?  (Прочитано 66476 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1546
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #15 : 22 Январь 2010, 04:50:12 »
Если помните, на Родстве меня наградили золотой медалью за методику учета возвратных мутаций, когда я нарисовал таблицу поправок. Но так же, как таблицы Брадиса нужны тому, у кого нет ни калькулятора, ни электронных таблиц, так и поправочные таблицы на возвратные мутации нужны при отсутствии EXEL или неумении им пользоваться. Модель, которая учитывает все прямые и обратные мутации при заданной средней скорости мутаций на маркер, рисуется в  EXEL минут за 15 и я готов ее выслать любому, кому лень построить самостоятельно. Имея модель, можно написать любые эмпирические формулы для отражения зависимости числа мутаций на маркер от временного интервала: какие Вас устраивают по точности для данного масштаба времени.
Теперь, надо ли возводить разность аллелей в квадрат. Подобная операция абсурдна. Если между двумя гаплотипами в неком маркере накопилась разница в 5 единиц, то для этого надо (грубым счетом, без учета возвратных и убыли исходных) в пять раз больше времени, чем для разницы в единицу. Но не в 25 раз!!!!
Теперь о том, что мой расчет не сошелся с палео-ДНК с Аляски.
Может метод и хороший, но возраст то у Вас получился заниженный.
Я уже сказал, одно из двух: или скорость мутаций, рекомендованная Клесовым для 67-маркерных гаплотипов, немного (немного! не в три раза!) завышена, или тот, кто датировал останки, немножко слукавил: не зря же находка рекламируется как самая древняя во всей Америке! Чуть-чуть натяжка в пределах погрешности.
Или то и другое одновременно.
« Последнее редактирование: 22 Январь 2010, 05:07:01 от Clavis »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2104
  • Рейтинг +562/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #16 : 22 Январь 2010, 05:02:56 »
В модели одношаговых мутаций возведение отклонений в квадрат "автоматически" учитывает возвратные мутации. Поправок делать не надо. Поэтому в кросс-ASD смысл, безусловно, есть. Методом активно пользуются, в т.ч. и уважаемый Ken Nordtvedt. Другое дело, что приведенный Вами, уважаемый Clavis, пример с отклонение в 5 повторов мог осуществиться не за 5 одношаговых мутаций, а сразу, в одном мейозе. В этом случае возведение в квадрат, действительно, забросит возраст выборки в седую древность.
« Последнее редактирование: 22 Январь 2010, 06:08:32 от Nimissin »

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1546
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #17 : 22 Январь 2010, 05:29:13 »
Когда мы моделируем процесс мутаций упрощенно (учитывая только одношаговые), то компенсируем игнорирование многошаговых, принимая вероятность одношаговой несколько выше, чем она реально происходит. При этом результат расчета в результате упрощения модели принципиально не меняется: за интервал времени в N раз больший произойдет в N раз больше как одношаговых, так многошаговых.
Я не согласен с тем, что возведение в квадрат и учет обратных мутаций - это совсем уж одно и то же.
Если записать зависимость "алгебраической суммы мутаций в одном маркере от времени в годах"
то получится (для скорости 0,0022 за 25лет):
n=-5E-09 T2+0.000088 T    (R2=0.9977)
Как видим, поправка на обратные мутации и на уменьшение исходного фонда базовой аллели (-5E-09 T2)  пропорциональна квадрату времени, а не время - квадрату числа мутаций!
А обратное вычисление?
Вот парочка эмпирических зависимостей "Продолжительность времени (в годах) как функция от алгебраической суммы мутаций в одном маркере":
T=2423n3+2429n2+5754n     или
T=5430n2+4908n
« Последнее редактирование: 22 Январь 2010, 06:34:13 от Clavis »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2104
  • Рейтинг +562/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #18 : 22 Январь 2010, 06:06:23 »
Я не согласен с тем, что возведение в квадрат и учет обратных мутаций - это совсем уж одно и то же.
В пуассоновском приближении это одно и то же. Недаром среднее и дисперсия пуассоновского распределения равны друг другу.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1546
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #19 : 22 Январь 2010, 07:13:54 »
Ну, для примера разных субкладов исключить дрейф - пара пустяков, любой пермутационный метод (попарные сравнения из разных субкладов по снипам) сгодится, тот же кросс-ASD.
 
Вы же писали:
Цитировать
Обычно объект расчета - это множество современных гаплотипов, восходящих к общему предку
ничего о субкладах не говоря.
 
Так что создалось впечатление, что Вы и для расчёта возраста предка моногаплогруппной выборки можете избавиться от генного дрейфа. Но если это не так - Нобелевская премия отменяется.
В общем виде - снипы не обязательны, а практически множество 67-маркерных или определялись по предиктору, или неглубоко снипованы, или вообще Unknown.
Теперь допустим, что первый принадлежащий к Q1a3a - это гаплотип O (рисунок прилагается). Увы, я не могу определить его возраст. Но точно так же не определят ни Клесов, ни Животовский, ни Карафет.
Все мы беремся определить TMRCA первого разветвления O', иначе говоря, последнего общего предка всей выборки. И тут начинается всё богатство импровизации.
Я со своим методом могу использовать шесть пар гаплотипов: AD BD CD AE BE CE. Во всех случаях сравнивая два гаплотипа внутри пары - я нахожу возраст O'. Эти шесть значений объективно должны быть одной и той же величиной, но статистически разбросаны. Если усреднить, получится приблизиться к истине.
Отметим, что я не интересуюсь самим гаплотипом O' и не гадаю, какое значение присвоить его маркерам. Это не входит в поставленную задачу.
« Последнее редактирование: 10 Август 2010, 19:58:20 от Clavis »

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10094
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1494/-44
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #20 : 22 Январь 2010, 20:28:33 »
Или то и другое одновременно.Я уже сказал, одно из двух: или скорость мутаций, рекомендованная Клесовым для 67-маркерных гаплотипов, немного (немного! не в три раза!) завышена, или тот, кто датировал останки, немножко слукавил:не зря же находка рекламируется как самая древняя во всей Америке!
Не понимаю в чем лукавство - даты определяли археологи. В плане же археологии эти останки не являются самыми древними в Америке (думаю Д.Беляев , если его попросить, приведет целый ряд более древних находок).

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1546
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #21 : 23 Январь 2010, 14:06:44 »
В том же 1996 году на реке Колумбия был найден Кенневикский человек. Окончательная датировка его останков от 8200 до 9200 лет назад. Про Shuka Kaa во всех публикациях цифра 10300 (в одной 10400) или же "более 10000 лет". Ничего не нашел о методе определения возраста. Поэтому посоветуюсь с археологами на сайте "Археология России".

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10094
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1494/-44
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #22 : 23 Январь 2010, 14:27:02 »
В том же 1996 году на реке Колумбия был найден Кенневикский человек. Окончательная датировка его останков от 8200 до 9200 лет назад.
Сильно. И кто же окончательно поставил точку в вопросе, который до сих пор один из наиболее дискусионных среди специалистов?
А по поводу древних останков. Вот по Бразилии:
Но все же лучше я попрошу прокомментировать это специалиста - Д.Беляева.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1546
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #23 : 23 Январь 2010, 20:03:39 »
В том же 1996 году на реке Колумбия был найден Кенневикский человек. Окончательная датировка его останков от 8200 до 9200 лет назад.
Сильно. И кто же окончательно поставил точку в вопросе, который до сих пор один из наиболее дискусионных среди специалистов?
Я смотрел здесь:
http://www.seattlepi.com/local/408062_Kennewickman13.html?source=rss
Цитировать
...age estimate of the skeleton was revised to between 8200 and 9200 years old.
Но Вы правы, если погуглить, посыплется множество разных датировок.

Оффлайн Дмитрий Беляев

  • Сообщений: 180
  • Рейтинг +44/-0
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #24 : 27 Январь 2010, 02:00:48 »
Прошу прощения за задержку с комментарием.

1. Кенневиский человек - самый ранний практически полный (думаю, процентов 90-95) скелет на территории Америк.
2. Первая датировка (1996 г.) была 8410±40 л.н. Калиброванные даты: 7560-7455 или 7395-7370 до н.э. Интерцепт радиоуглеродного возраста и калибровочной кривой - 7515 до н.э. Позднее была опубликована подкорректированная дата 8130±40 л.н. (некалиброванная). В целом это все равно  середина - вторая половина VIII тыс. до н.э.
3. Более ранние человеческие останки не такой отличной степени сохранности - женщина из Лапа-Вермелья (Бразилия). К сожалению, ее останки прямо датировать не удалось, датировка велась по контексту. Выше ее на 2 м были найдены кости гигантского ленивца, датированные 9580 ± 200 л.н. (некалиброванная). Уголь из слоя, в котором была найдена женщина дал даты 10220 и 12960 л.н. (некалиброванные). Невеш и коллеги говорят о 11-11,5 тыс. л.н. и считают их самым ранними в Новом Свете.
4. Есть ряд ранних находок человеческих останков в Северной Америке.
а) пещера Фишбоун (Западная Невада) датируются на основании дат стратиграфического слоя 11555+/-500 л.н. (11590 до н.э., калиброванная) или 10900+/-300 BP (10950 до н.э., калиброванная);
б) стоянка Арлингтон Спрингз (остров Санта-Роса, Калифорния) - прямая дата 10970+/-80 л.н. (11030 до н.э., калиброванная);
в) череп из скального навеса Анзик (Монтана) дал две отличающиеся даты - 10680+/-50 BP (10890 до н.э., калибровнная) и 11550+/-60 л.н. (11520 до н.э., калиброванная)
5. Так называемый Shuka Kaa - это останки человеческого скелета (нижняя челюсть, фрагменты позвоночника и тазовой кости), найденные в 1996 г. в пещере On Your Knees (стоянка 49-PET-408) на острове Принца Уэльского. Аналтз тазовой кости дал некалиброванную дату 9880±50 л.н. (9280 до н.э., калиброванная), а челюсть - 9730±60 л.н. (9200 до н.э., калиброванная). Дата 10300±50 л.н. (10120 до н.э., калиброванная) - это дата, полученная из костяного орудия, найденного в той же пещере, но без стратиграфической привязки. Но исследования показали, что под слоем с останкками подлежал еще один, с каменными отщепами. Возможно, это свидетельство более раннего использования пещеры.   

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1546
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #25 : 27 Январь 2010, 16:10:50 »
Спасибо большое! Зная, что возраст Шука Каа определялся вполне авторитетным способом, можно калибровать сам ДНК-метод определения возраста. А что такое калиброванный и некалиброванный возраст, в чем разнится метод расчета?

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10094
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1494/-44
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #26 : 27 Январь 2010, 23:04:41 »
"Космические лучи, непрерывно бомбардируя земную атмосферу, являются причиной образования радиоуглерода - радиоактивного изотопа углерода 14С. Окисляясь до 14СО2, он участвует в глобальном углеродном цикле как компонент СО2. Благодаря фотосинтезу, молекулы 14СО2 попадают в ткань растений. В растущих зеленых растениях уровень 14С остается примерно постоянным, из-за его непрерывного введения из атмосферы и его непрерывного распада. Обмен радиоуглерода с окружающей средой прекращается после смерти образца (или выхода его из обменных процессов), после чего 14С подвергается радиоактивному распаду, т.е. активность 14С в таком образце уменьшается по закону радиоактивного распада. Период полураспада 14С составляет 5730 лет. Таким образом, возраст исследуемого предмета, содержащего углерод, может быть определен путем измерения количества оставшегося 14С в образце, тем более, что активность 14С в живых материалах известна. Метод датирования органических остатков по 14С, открытый У.Ф.Либби и удостоенный в 1960 г. Нобелевской премии, прочно внедрился в практику археологических исследований.
В ранних работах использовалось значение периода полураспада 14С, равное 5568 ± 30 лет (Libby V.F. 1955), а позже после уточнения периода полураспада используют значение 5730 ± 40 лет (Godwin H. 1962). Различие между этими значениями составляет 3%, что легко учитывать при сопоставлении данных.
.....Естественный уровень концентрации 14С был нарушен в результате антропогенного воздействия: со второй половины прошлого века имеет место понижения уровня за счет сжигания ископаемого топлива (уголь, газ) (Suess H.E. 1955), не содержащего 14С; с конца 50-х годов нашего века началось резкое увеличение уровня 14С в земной атмосфере в результате наземных испытаний атомных устройств (Nydal R. 1968). В 1958 году было обнаружено в детальных измерениях (de Vries Hl. 1958), что и естественное содержание 14С может испытывать колебания на шкалах времени в несколько десятилетий с амплитудой до 2% над средним уровнем. В дальнейшем началось широкое исследование причин естественных вариаций концентрации 14С, связанных с солнечной активностью, напряженностью геомагнитного поля, вспышками сверхновых звезд (Suess H.E. 1965; Stuiver M. 1965; Константинов Б.П. и Кочаров Г.Е. 1965; Damon P.E. et al. 1966 и др.). Конечно, изменение концентрации 14С в земной атмосфере во времени затрудняет интерпретацию радиоуглеродных датировок. Требуется калибровка таких датировок, т.е. придание им исторического или календарного возраста. Это может быть сделано с помощью калибровочных кривых - графиков, описывающих соотношение в прошлом между календарными возрастами и измеренными радиоуглеродными датами. Заметим, что радиоуглерод датирует органическое вещество исследуемого материала, а не событие."

Это статья-дискуссия с новохронологами, но оно и к лучшему - затрагиваются те моменты, которые Ф и Ко стараются использовать как слабые места традиционалистов.
http://fatus.chat.ru/dergach2.html

Оффлайн Дмитрий Беляев

  • Сообщений: 180
  • Рейтинг +44/-0
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #27 : 30 Январь 2010, 13:07:22 »
Проще говоря некалиброванная дата - это некий идеальный радиоуглеродный возраст. Как оно должно было бы быть при абсолютно идеальных условиях.

Калиброванная дата - приближенная к реальности дата, принимающая во внимание флуктуацию количества углерода в атмосфере.

Для калибровки разработаны специальные программы. Самая распространенная из них - Calib Stuiver'a и Reimer'a (http://intcal.qub.ac.uk/calib/)

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1410
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #28 : 01 Февраль 2010, 02:27:44 »
Есть какие-нибудь предположения о средней разнице между поколениями у индейцев?
30-31 как в Европе или меньше-больше?
Конечно, интересны, прежде всего, времена до прихода европейцев в Америку.

Оффлайн Дмитрий Беляев

  • Сообщений: 180
  • Рейтинг +44/-0
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #29 : 01 Февраль 2010, 09:48:21 »
Есть какие-нибудь предположения о средней разнице между поколениями у индейцев?
30-31 как в Европе или меньше-больше?
Конечно, интересны, прежде всего, времена до прихода европейцев в Америку.
Обычно при анализе устной истории используют продолжительность около 30 лет. Там, где есть развитая генеалогическая традиция (например, миштеки, сапотеки - Оахака, Мексика), была высчитана средняя продолжительность поколения, под которым понимается время от рождения индивида до рождения его первого ребенка. У миштеков 13-15 вв. такой период составлял 26,5 лет.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100