АвторТема: Гаплогруппа Q1a3: Сибирская прародина?  (Прочитано 68204 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11256
  • Страна: az
  • Рейтинг +2010/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Собственно сабж. Каков возраст Q1a3a? Насколько он соизмерим с общепринятой датой начала заселения Америки (около 10 тыс. лет назад)?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #1 : 14 Январь 2010, 01:36:08 »
Собственно сабж. Каков возраст Q1a3a? Насколько он соизмерим с общепринятой датой начала заселения Америки (около 10 тыс. лет назад)?
Касательно Q1a3a на сегодняшний день мы имеем самый древний из исследованных древних образцов с результатом Y-ДНК, что дает точку уже существования снипа M3 как минимум 10300 лет назад.

8,300 до н э
Shuk? Kaa (Аляска)
Y-ДНК: Q1a3a*-M3
мтДНК: D4h3 (16092, 16223, 16241, 16301, 16342, 16362, 00073, 00152, 00263, 00309.1, 00315, 00489)

Kemp et al. (2007)

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #2 : 20 Январь 2010, 10:08:48 »
Как обычно, выбираю 67-маркерные гаплотипы.
Задача: время разделения Q1a  и  Q1b (очевидно, еще в Старом свете).
Вот восемь гаплотипов Q1a3a:
BRRRK   Snively   Odanak, Canada
R5VTP   Cervantes   Villamar, Mexico
444AY   Janssens   Guatemala, Guatemala
579Q7   Woodall   USA
86HEE   Corbera   Possible Colotlan Jalisco, Mexico
APECC   PAGE   Choctaw Nation, exact location unknown, Mississippi, USA
CTCNP   Dimond   America
VR8SW   Dennis   Southeast U.S., USA

а вот 22 гаплотипа Q1b:

FB88E   Baysinger   Hermersweiler, Alsace/Elsass, France
3pvs5   Schoemann   Neuerburg, Germany
748W7   Litke   Unknown
7MZCH   Friedman   O.Liszka, Hungary
7XTYB   Schrag   Wynigen, Switzerland
952FT   Shpolyansky   Rovnoye, Ukraine
9A6GF   Biondo   Italy
B6ASG   Zeidman   Ukraine
BSNXD   Mink   Zhitomir, Ukraine
BW3J4   Palmer   Indura, Belarus
D7XMC   Howard   Rezekne, Latvia
ESVPZ   Singh   Gurgoan, India
G8WD3   Schweitzer   New York (Brooklen?), Ukraine
HRKW4   Goldfoot   Lithuania
JVCWW   Sundheim   Gloucestershire, England
K4H6J   Shockey   Sankt Stephan, Switzerland
NBUXD   Maran   Izmir, Turkey
Q6843   Hackin   Kozova, Galicia/Galizien/Halychyna, Austria
QS4JZ   Michelson   Kovna, Kovno, Kaunas, Lithuania
SXSXD   Szekely   Unknown
UZRBW   Magellan   Unknown
WF7NK   Marlow   Ireland

По ходу дела одно препятствие. В DYS 425 для Q1a3a всегда 12, для Q1b всегда null.
Пришлось исключить его из рассмотрения и считать мутации по 66 маркерам.
8*22=176 дистанций между нашими современниками, столько же значений для возраста одного-единственного общего предка.
Тут я сделаю паузу и предлагаю поиграть в тотализатор. Или сделать расчет самостоятельно, все исходные данные налицо.
Делайте ваши ставки, господа!
« Последнее редактирование: 20 Январь 2010, 11:07:04 от Clavis »

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #3 : 21 Январь 2010, 08:51:28 »
Тема осталась незамеченной. Тогда выкладываю карты на стол.
Среднее число мутаций на маркер, разделяющее представителей Q1a3a и Q1b =0,920
Дисперсия 0,026
Стандартное отклонение 0,161
Среднее абсолютное отклонение 0,139
Наиболее вероятный возраст предка 9120 лет.
Либо Shuk? Kaa (Аляска) не 10300 лет назад, либо там не Q1a3a, либо средняя скорость мутаций не 0,0022 а пониже.
Что касается времени первого проникновения человека в Америку по мито, то это время не обязано совпадать со временем последнего обновления Y.
Кстати, какой субклад в Южной Америке, особенно на крайнем юге?

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9805
  • Страна: id
  • Рейтинг +511/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #4 : 21 Январь 2010, 09:46:41 »
Наиболее вероятный возраст предка 9120 лет.

Тысяча лет с копейками вполне могут влезть в погрешность, почему нет.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #5 : 21 Январь 2010, 10:44:36 »
Наиболее вероятный возраст предка 9120 лет.
Тысяча лет с копейками вполне могут влезть в погрешность, почему нет.
Тут надо добавить еще несколько сот лет, чтоб дойти от места, где жил общий предок Q1a-индейцев и Q1b-хазар (скажем, на Байкале), до Аляски.
Внутренне мой расчет непротиворечив: между индейцами дистанции, отвечающие масштабам расселения. Скажем, канадского и гватемальского индейца соединяет 7700-летний предок, канадского с мексиканским 8600-летний.
Но по совокупности всех опубликованных здесь моих расчетов у меня создается впечатление, что скорость мутаций стоило бы сократить процентов на 10, то есть 0,002 за 25 лет было бы лучше, чем 0,0022.
При расчетах вблизи одной мутации на маркер (иначе, TMRCA около 10000 лет) я пользовался формулой TMRCA=8880n2-182n+1775 лет, где n число мутаций на маркер.
« Последнее редактирование: 21 Январь 2010, 11:02:45 от Clavis »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #6 : 21 Январь 2010, 12:20:31 »
Цитировать
Либо Shuk? Kaa (Аляска) не 10300 лет назад, либо там не Q1a3a, либо средняя скорость мутаций не 0,0022 а пониже.
Почитайте статью. Как там не Q1a3a, если его типировали на M3 :) можно сказать, что Земля не крутится вокруг солнца.

Это по моему факт. А то, что что-то не стыкуется у вас легко объясняется изоляцией и дрейфом - почитайте Т. Карафет и ее статью по заселению Америки. Если интересно выложу.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #7 : 21 Январь 2010, 16:47:59 »
А то, что что-то не стыкуется у вас легко объясняется изоляцией и дрейфом - почитайте Т. Карафет и ее статью по заселению Америки. Если интересно выложу.
Дело в том, что до статьи я не добрался, а прочитал в популярном изложении. Если они доказали M3+ то одно "либо" отпадает. Статья мне очень интересна, буду рад получить на "мыло" (в моих данных есть)
А вот то, что даже Вы, уважаемый Центурион, не поняли, что моя технология расчета позволяет освободиться и от изоляции и от дрейфа - их влияние нулевое, это говорит о том, что и многие другие не поняли. Поэтому надо объяснить.
Обычно объект расчета - это множество современных гаплотипов, восходящих к общему предку, и расстояние времени жизни этого предка от современности (TMRCA) пытаются определить. Вместе с гаплотипом предка это множество современных образуют некое дерево, и если дерево похоже на укроп, или сосну-пинию, то можно гарантировать, что в результате расчета TMRCA будет занижено. В таких случаях ссылаются на генетический дрейф и эффект основателя. Это может быть следствием неудачной выборки, а может - следствием объективной истории, и тогда уже ничего не исправишь.
Я беру для расчета  TMRCA только два современных гаплотипа. Цепочка пар отец-сын от одного гаплотипа до другого проходит через гаплотип предка и ее длина будет равна двум TMRCA. Эта цепочка неразветвленная, поэтому результат расчета никогда не будет зависеть от того, что у отца было 20 сыновей или один-единственный чудом выжил, то есть никакой дрейф, никакие бутылочные горлышки и основатели тут не играют никакой роли.
Это становится возможным потому, что два 67-маркерных гаплотипа уже несут в себе достаточный минимум информации и не требуют создавать коллектив, небезупречный по структуре.
Что произойдет, если мы через того же предка прокинем другую цепочку, между другими современными гаплотипами? У этой цепочки сохранится постоянным протяженность во времени - те же два TMRCA, а остальное будет своё - другое число звеньев отец-сын, а даже если то же самое, то другое число мутаций, а если даже то же самое число мутаций, то другое соотношение прямых и обратных. Короче, каждая цепочка индивидуальна, но ее отклонение от статистически идеальной носит случайный характер, образует кривую нормального распределения. И чем больше цепочек обсчитаем, тем ближе подойдем к истинному TMRCA - при условии, что средняя скорость мутаций взята правильно. То есть систематическая ошибка сидит только в ошибочной скорости мутаций, а в традиционном способе систематическая ошибка уже сидит в структуре дерева.
Это понятно?
Это убедительно?
« Последнее редактирование: 21 Январь 2010, 17:58:30 от Clavis »

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #8 : 21 Январь 2010, 18:14:31 »
Это понятно?
Это убедительно?

Это непонятно. Об убедительности до момента понимания я умолчу.
 
Изложите Ваш алгоритм расчета более чётко. Вы считаете возраст просто попарно, пермутациями, потом усредняете? Но тогда, всё равно, что от среднего. Или как? И почему цепочка мутаций между двумя отдельными гаплотипами должна "содержать" предка всей выборки? Совершенно непонятно....
 
Одно могу сказать - если Вам удалось избавиться от эффекта генного дрейфа, то стоит подавать на Нобеля.
 
Но, кроме шуток, изложите Ваш метод подробнее.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #9 : 21 Январь 2010, 19:14:13 »
Можно вернуться к примеру в этой теме. Я беру гаплотип А из субклада Q1a3a, гаплотип В из субклада Q1b. У этих гаплотипов общий предок O. Причем пока мы берем новые пары из этих двух субкладов, общий предок всё время будет один и тот же.
Один шаг от отца к сыну, конечно, всякий раз различен по времени, но на больших дистанциях он статистически усредняется, то есть продолжительность поколения стремится к некой среднестатистической величине. Примем ли мы продолжительность поколения 25 лет и скорость мутаций 0,002 или 30 лет и скорость 0,0024 - результат вычисления один и тот же.
Из гаплотипа А вычитаем гаплотип B (по каждому маркеру находим абсолютную величину разности аллелей), складываем эти абсолютные величины и делим на число маркеров. В этом счете много ляпов, но нам не важно, насколько красива кошка, если она ловит-таки мышей. Что такое полученная величина (в нашем примере она колеблется около 0,92)? Это алгебраическая сумма инсерций и делеций на маршруте А-O-B (например, |+1+1-1+1|=2. При этом не играет роли, куда идет движение по оси времени (от отца к сыну или от сына к отцу): функция алгебраической суммы мутаций от времени идентична. 

А почему я взял именно эти два субклада? А потому что гарантировано, что во всех случаях маршрут пройдет через обладателя  субклада Q1, который является ближайшим к нам общим предком как первого обладателя Q1a, так и первого обладателя Q1b - то есть гаплотип O четко зафиксирован во времени и на дереве Q.
Чтобы я ничего не упустил, задавайте, пожалуйста, вопросы.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #10 : 21 Январь 2010, 19:24:25 »
Ну, для примера разных субкладов исключить дрейф - пара пустяков, любой пермутационный метод (попарные сравнения из разных субкладов по снипам) сгодится, тот же кросс-ASD.
 
Вы же писали:
Цитировать
Обычно объект расчета - это множество современных гаплотипов, восходящих к общему предку
ничего о субкладах не говоря.
 
Так что создалось впечатление, что Вы и для расчёта возраста предка моногаплогруппной выборки можете избавиться от генного дрейфа. Но если это не так - Нобелевская премия отменяется.
 
 

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #11 : 21 Январь 2010, 20:21:15 »
если разветвление начинается прямо от этого предка, то могу, а если где-то выше -задача не имеет решения. Поэтому я не брался считать возраст общего предка Q1a3a, а обратился к более раннему, но хорошо зафиксированному предку. Пока могу сказать, что возраст предка Q1a3a более 8600 лет, но эта цифра от однократного счета и ее погрешность много выше, чем погрешность 9200.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2723
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #12 : 21 Январь 2010, 23:58:21 »
Может метод и хороший, но возраст то у Вас получился заниженный.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #13 : 22 Январь 2010, 00:12:15 »
Может метод и хороший, но возраст то у Вас получился заниженный.

Конечно, будет занижен поскольку считалась, очевидно, абсолютная разница в значениях аллелей, а не её квадрат. Непонятно также делалась ли поправка на возратные мутации. Во всяком случае, упоминания об этом в описанном Клависом методе нет.
 
Или Вы всё же возводили разность в квадрат, Клавис?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2129
  • Рейтинг +580/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Возраст Q1a3a
« Ответ #14 : 22 Январь 2010, 04:12:53 »
Если использовался линейный метод, то надо делать поправки на возвратные мутации. Наблюдаемое среднее число мутаций 0.92 с учетом поправки для симметричного случая (инсерции=делеции) соответствует 1.61 мутаций на маркер. 1.61/2/0.0022*25 = 9200 лет. Значит, уважаемый Clavis поправку на возвратные мутации делал.
Можно попытаться посчитать другим способом. Сначала рассчитываем дистанцию между предковыми гаплотипами каждого кластера, затем "навешиваем" средние возрасты кладов и полученный результат делим на два.   

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100