Генеалогические построения по результатам от Relative Finder

[Mich Glitch]

Alesh, отлично.
Большое спасибо.
1. Надеюсь Вы не ошиблись. 
2. Нельзя бы разместить таблицу в текстовом виде? А то мне придётся всю матрицу по новой набивать.
3. Замените, пожалуйста, бэк слаши на 0 (нули).

[Alesh]

Те кластерные схемы от Вадима. что Вы видите, пока просто попытка разобраться с примерами из мануала. Ясен перчик, они пока Вам не скажут ничего.
 

Это мне понятно, но  я думаю, что использование % похожести генома приведет нас в косвенную область, так же как сравнение по этническому плоту, не имеющую конкретного применения для создания генеалогических линий.

[Mich Glitch]

Итак табличка:

0   01   21   22   31   32   33   34   41   42   43   44   45   46   47   48
01   0   2   2   3   3   3   3   4   4   4   4   4   4   4   4
21   2   0   30   3   3   30   30   4   4   4   4   30   30   30   30
22   2   30   0   30   30   3   3   30   30   30   30   4   4   4   4
31   3   3   30   0   30   30   30   4   4   30   30   30   30   30   30
32   3   3   30   30   0   30   30   30   30   4   4   30   30   30   30
33   3   30   3   30   30   0   30   30   30   30   30   4   4   30   30
34   3   30   3   30   30   30   0   30   30   30   30   30   30   4   4
41   4   4   30   4   30   30   30   0   30   30   30   30   30   30   30
42   4   4   30   4   30   30   30   30   0   30   30   30   30   30   30
43   4   4   30   30   4   30   30   30   30   0   30   30   30   30   30
44   4   4   30   30   4   30   30   30   30   30   0   30   30   30   30
45   4   30   4   30   30   4   30   30   30   30   30   0   30   30   30
46   4   30   4   30   30   4   30   30   30   30   30   30   0   30   30
47   4   30   4   30   30   30   4   30   30   30   30   30   30   0   30
48   4   30   4   30   30   30   4   30   30   30   30   30   30   30   0

[Mich Glitch]

Простая обработка филипом и мегой даёт следующее:

[Mich Glitch]

Тому, у кого глаз не пристрелямшись, даю такую вот форму представления картинки:

[I2a1a]

Старкластер 

Вадим, а что нам это даёт? Очередной плот по сравнению абстрактного сходства геномов? Как применить практически для построения филогении этот граф?
Вот если из подобного, но множественного, графа можно выделить «семейный» кластер, вот это было бы интересно.
Например, как тут

Кластер выделить не проблема.  Скажу Вам больше - он хорошо виден на приведенных мною графах на примере из мануала. В Пауеке можно отметить узлы кластера отдельной разметкой, шрифтом или цветом  (и т.д.).

[I2a1a]

Это у Вас Михаила получилось то, что немцы называют Ahnentafel, а французы - Arbre ascendance.

PS. Я так понял, что это данные Alesh не из Релфайндера?

[Alesh]

PS. Я так понял, что это данные Alesh не из Релфайндера?

Вадим, вы правильно поняли, это данные предложенные как модель для пробы, тренировка на кошках.
Мои данные реального примера не использовались пока.

[I2a1a]

Еще  одно важное замечание - любое древо покажет только дистанцию между корневым узлом (в Вашем случае - это Вы) и узлами более низкого уровня (ваши родственники). Но дендрограмма - довольно таки жесткая в топологическом смысле структура. Она не покажет родства между родственниками и  скажем свойственниками, что Вас и интересует судя по описанной Вами головоломке из Релфайндере, когда у Вас есть пересечения с женой брата, и т.д.

Вообще именно графы (особенно P-графы)- идеальное средство для анализа пересечений. И, между прочим, практически любой граф можно превратить в древо посредством алгоритмов нахождения кратчайшего пути в сети (так как это делается в Мурке и Нетворке, например).

У нас тут нет математиков-специалистов по графам?

[Alesh]

Я вас понимаю и вполне согласен, но как вы правильно заметили для моей головоломки не подойдёт ранее предложенный вами % sharing genome.  Возможно, я ошибаюсь, но по-моему этот коэффициент ничего не даёт для решения реальной, а не абстрактной генеалогической задачи. Михаил предложил попробовать  линейную схему с известной связью между персонами с привязкой к «корню», в моём примере ранее, я приводил не линейную схему без привязки к «корню» для определения «кластера» семьи основанную на двух параметрах хромосоме и См.
Вы можете попробовать, как примерную модель показать нечто такое в пауке?

[I2a1a]

Михаил предложил попробовать  линейную схему с известной связью между персонами с привязкой к «корню», в моём примере ранее, я приводил не линейную схему без привязки к «корню» для определения «кластера» семьи основанную на двух параметрах хромосоме и См.
Вы можете попробовать, как примерную модель показать нечто такое в пауке?

Ув. Аlesh, не могли бы Вы дать ссылку? Что-то я не найду Ваш более ранний пример.

[Alesh]

http://forum.molgen.org/index.php/topic,1032.135.html

[I2a1a]

Я расчитал матрицу корреляции по данным Alesh

Код: [Выделить]

0 1
1 0,979461144 1
21 0,217285833 0,167084633 1
22 0,02798611 0,158574636 -0,828618556 1
31 0,263878904 0,257064591 0,68295149 -0,427545825 1
32 0,207249596 0,247621043 0,682227922 -0,423670816 0,1275745 1
33 0,142052195 0,238167535 -0,424730045 0,68411693 -0,150500204 -0,145577191 1
34 0,086276623 0,22871488 -0,420952701 0,683272078 -0,146202447 -0,140956749 0,141989597 1
41 0,206667084 0,244383792 0,585578926 -0,274802655 0,857198795 0,242971984 -0,028119611 -0,021295821 1
42 0,183803385 0,234041405 0,583379205 -0,270585472 0,854881574 0,245338523 -0,023492157 -0,016370877 0,636699364 1
43 0,152455332 0,223771893 0,581023582 -0,266341742 0,241124596 0,856450084 -0,0189234 -0,011511175 0,368114155 0,373051088 1
44 0,130211175 0,213584973 0,578521726 -0,262077922 0,242967715 0,853981423 -0,014416531 -0,00671999 0,372108146 0,377329906 0,647217974 1
45 0,091031904 0,203489659 -0,266062491 0,582465056 -0,026112913 -0,018014482 0,855717958 0,265459919 0,109320194 0,116700044 0,123936763 0,13102746 1
46 0,069543192 0,193494254 -0,262052078 0,579988306 -0,022291201 -0,013914386 0,853125783 0,267953175 0,11511553 0,122753117 0,13024194 0,137579035 0,658121368 1
47 0,039905483 0,183606358 -0,258032493 0,577387291 -0,018525256 -0,009876956 0,263004131 0,855029657 0,120784061 0,128673033 0,13640774 0,143985148 0,405961031 0,41116846 1
48 0,019157303 0,173832871 -0,25400911 0,574671234 -0,014816986 -0,005904097 0,264999666 0,852340615 0,126324997 0,134459 0,142433372 0,150245009 0,410293694 0,415741703 0,669284908 1



Таблица матрицы евклидовых расстояний  расчитанных, по данным предыдущей матрицы (формула Розалио Матенги -d (i,j) =sqrt(2*(1-p(i,j)), где p (i,j) - соответствующее значение из матрицы корреляций)

Код: [Выделить]

0 0
1 0,202676372 0
21 1,251170785 1,290670652 0
22 1,394283967 1,297247366 1,912390418 0
31 1,213359877 1,218963009 0,796302091 1,689701645 0
32 1,259166712 1,226685743 0,797210233 1,687406777 1,320928083 0
33 1,309921986 1,234368231 1,688034387 0,794837178 1,516904877 1,513655966 0
34 1,35183089 1,242002512 1,685795184 0,795899393 1,514068986 1,510600376 1,309969773 0
41 1,259629244 1,229321934 0,910407683 1,596748355 0,534417824 1,230469842 1,433959282 1,429192654 0
42 1,277651451 1,237706424 0,912820678 1,59410506 0,538736347 1,228545056 1,430728596 1,425742527 0,852409099 0
43 1,301955965 1,245976009 0,915397638 1,591440694 1,231970295 0,535816976 1,427531716 1,422329902 1,124176005 1,119775792 0
44 1,318930495 1,254125214 0,918126652 1,588759216 1,230473311 0,540404621 1,424371111 1,418957356 1,120617557 1,115948112 0,839978603 0
45 1,348308642 1,262149232 1,591265214 0,913821585 1,432559187 1,426894868 0,537181612 1,212056171 1,334675845 1,329135024 1,323679143 1,31831145 0
46 1,364153077 1,270043894 1,588742948 0,916527898 1,429888947 1,424018529 0,541985641 1,209997376 1,330326629 1,32457305 1,318907168 1,313332376 0,826896163 0
47 1,385708856 1,277805652 1,58621089 0,919361419 1,427252785 1,421180464 1,214080614 0,538461407 1,326058776 1,320096184 1,314223923 1,30844553 1,08998988 1,085201862 0
48 1,400601797 1,285431545 1,583672384 0,922310974 1,424652228 1,418382246 1,212435841 0,543432397 1,321873672 1,315705894 1,309630962 1,303652554 1,086007648 1,08097946 0,813283581 0


[I2a1a]

Хочу сделать что-то вроде этого.

[Mich Glitch]

Пример, использованный мною идеальный. Так как использовался случай присутствия всего ближайшего окружения. Кроме того, отсутствовали сторонние родственные связи. (Например четвероюродные потомственную ветку.)
Но он, пример, наглядно показал, что можно добиваться единственности (в плане кластеризации) решений.

Мне бы хотелось иметь одноуровневую визуализацию с таксонами. То есть такое представление, когда всё поколение находится на одном уровне. Их пересечения обозначены разноэтажными таксонами в зависимости от степени родственной связи. По сути, это будет обычное генеалогическое дерево.
Возможность такого построения я допускаю в принципе.