АвторТема: Генеалогические построения по результатам от Relative Finder  (Прочитано 44705 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Добавил Sean McGorman Powell и Alex Brennen.

Кластеры начинают вырисовыватся более точно

Вадим, поможешь мне построить такое же? Данные скину хоть сейчас.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Добавил Sean McGorman Powell и Alex Brennen.

Кластеры начинают вырисовыватся более точно
Вадим, выбор моего двоюродного дяди (Mike Druyan) был не очень удачным на первом этапе отладки алгоритмов. 50% ашкеназ, 50% русский, плюс протестированный не в 23&ми, а в ФДТНА, поэтому результаты сравнения в 4 раза грубее. Он не должен находиться в отчетах упсометра, пока мы не запустим мультичип-сравнения, так уж вышло, что он там.

Да, наверное так и есть. Тем не менее сейчас он (пока) в составе  эльзаско-австрийского кластера (с общим предком примерно 30-40 поколений тому назад, т.е около 7-8 в.н.э), где есть и ашкеназы, и архетипичные швейцарские немцы -типа меннонита Кауффмана или немца Вайнгерта из Южной Германии. Скорее это как бы подверждает версию о том, что часть европейских ашкеназов имеет корни в Эльзасе

Это построение скорее подвреждает гипотезу

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Добавил Sean McGorman Powell и Alex Brennen.

Кластеры начинают вырисовыватся более точно

Вадим, поможешь мне построить такое же? Данные скину хоть сейчас.

Можно, но это просто головняк. Как закончу свое, тогда займусь твоими.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Добавил Sean McGorman Powell и Alex Brennen.

Кластеры начинают вырисовыватся более точно
Вадим, выбор моего двоюродного дяди (Mike Druyan) был не очень удачным на первом этапе отладки алгоритмов. 50% ашкеназ, 50% русский, плюс протестированный не в 23&ми, а в ФДТНА, поэтому результаты сравнения в 4 раза грубее. Он не должен находиться в отчетах упсометра, пока мы не запустим мультичип-сравнения, так уж вышло, что он там.

Да, наверное так и есть. Тем не менее сейчас он (пока) в составе  эльзаско-австрийского кластера (с общим предком примерно 30-40 поколений тому назад, т.е около 7-8 в.н.э), где есть и ашкеназы, и архетипичные швейцарские немцы -типа меннонита Кауффмана или немца Вайнгерта из Южной Германии. Скорее это как бы подверждает версию о том, что часть европейских ашкеназов имеет корни в Эльзасе

Это построение скорее подвреждает гипотезу
Это Вы по единственной 6й хромосоме такие выводы делаете? Недостоверно это.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Добавил Sean McGorman Powell и Alex Brennen.

Кластеры начинают вырисовыватся более точно

Вадим, поможешь мне построить такое же? Данные скину хоть сейчас.

Можно, но это просто головняк. Как закончу свое, тогда займусь твоими.

Свистнешь тады.  ;)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Это Вы по единственной 6й хромосоме такие выводы делаете? Недостоверно это.

Почему недостоверно? Скорее, равновероятностно.
Матч на 6th хромосоме с ее обширным MHC-HLA-комплексом (который, между прочим активно используют в популяционных исследованиях) как раз способен показать родство на довольно таки дальней дистанции.

А насчет исторической части у меня тоже есть факты и аргументы
http://en.wikipedia.org/wiki/History_of_Jews_in_Alsace
« Последнее редактирование: 09 Май 2010, 02:01:37 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Нужно подходить к геному именно как к системе дискретных элементов, каждый из которых имеет свою глубокую историю и генеалогию

http://www.nature.com/nature/journal/v421/n6921/full/nature01400.html

Цитировать
Svante P??bo


The discovery of the basis of genetic variation has opened inroads to understanding our history as a species. It has revealed the remarkable genetic similarity we share with other individuals as well as with our closest primate relatives. To understand what make us unique, both as individuals and as a species, we need to consider the genome as a mosaic of discrete segments, each with its own unique history and relatedness to different contemporary and ancestral individuals.

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 234
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Добавил Sean McGorman Powell и Alex Brennen.

Кластеры начинают вырисовыватся более точно
Вадим, выбор моего двоюродного дяди (Mike Druyan) был не очень удачным на первом этапе отладки алгоритмов. 50% ашкеназ, 50% русский, плюс протестированный не в 23&ми, а в ФДТНА, поэтому результаты сравнения в 4 раза грубее. Он не должен находиться в отчетах упсометра, пока мы не запустим мультичип-сравнения, так уж вышло, что он там.

Да, наверное так и есть. Тем не менее сейчас он (пока) в составе  эльзаско-австрийского кластера (с общим предком примерно 30-40 поколений тому назад, т.е около 7-8 в.н.э), где есть и ашкеназы, и архетипичные швейцарские немцы -типа меннонита Кауффмана или немца Вайнгерта из Южной Германии. Скорее это как бы подверждает версию о том, что часть европейских ашкеназов имеет корни в Эльзасе

Это построение скорее подвреждает гипотезу

Tissue Antigens. 1996 Jan;47(1):63-71.
HLA DR and DQ polymorphism in Ashkenazi and non-Ashkenazi Jews: comparison with other Mediterraneans.
Martinez-Laso J, Gazit E, Gomez-Casado E, Morales P, Martinez-Quiles N, Alvarez M, Martin-Villa JM, Fernandez V, Arnaiz-Villena A.

Department of Immunology, Universidad Complutense, Madrid, Spain.
Abstract
HLA-DR and DQ alleles have been detected by DNA typing in Ashkenazi and non-Ashkenazi Jews from Israel. Allele frequencies, characteristic DR/DQ linkage disequilibria, population distances and their corresponding dendrogram by using the Neighbor-Joining method were used to study relatedness between Jewish and other Mediterranean and non Mediterranean populations. Closest relatedness is observed between Ashkenazi and non-Ashkenazi Jews, and, in decreasing order, also with Algerians, Spaniards (including Spanish-Basques), French and Italians. Also, particular characteristic Central European alleles are observed in Ashkenazi Jews and Mediterranean/African alleles in non-Ashkenazi Jews. This is consistent with historical data, Jews being an ancient Mediterranean population, who have had a certain degree of admixture with their 2000-3000 years old neighbors in spite of cultural and religious traditions which have preserved identity outside Israel.
See this previous publication (see figure)
« Последнее редактирование: 09 Май 2010, 02:49:39 от warwick »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Also, particular characteristic Central European alleles are observed in Ashkenazi Jews and Mediterranean/African alleles in non-Ashkenazi Jews. This is consistent with historical data, Jews being an ancient Mediterranean population, who have had a certain degree of admixture with their 2000-3000 years old neighbors in spite of cultural and religious traditions which have preserved identity outside Israel.

A very good observation.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Для сравнения, выдержки из работы Хромовой 2005 года о HLA-полиморфизмах.

Цитировать
Результаты многомерного кластерного анализа изученных популяций в сравнении с некоторыми народами Европы выявили следующие особенности. Все популяции, представленные на дендрограмме (рис.2), образовали три кластера: «североевропейский», «центрально-европейский» и «южно-европейский». Русские из Вологодской области вошли в «североевропейский» кластер, наряду с немцами, датчанами, голландцами, финнами, ирландцами и англичанами. «Центрально-европейский» кластер включил в себя белорусов, чехов, бельгийцев, австрийцев, швейцарцев, французов, хорватов, украинцев, словаков и венгров. Внутри этого кластера в зависимости от генетической близости популяции распределяются следующим образом: белорусы (Витебская и Брестская области) составляют одну группу с чехами, бельгийцами, австрийцами и швейцарцами, украинцы (Хмельницкая и Львовская области) - со словаками и венграми. В «южно-европейский» кластер вошли болгары, греки и итальянцы.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Что касается выборки снипов EuroAIM, использованной в  байесовском анализе структуры популяции (программа STRUCTURA), то они вызывают у меня вопросы.

http://www.anthro.psu.edu/Student/graduate/docs/marc%20bauchet%20Measuring%20European%20Population%20Stratification%20with%20Microarray.pdf
Цитировать
Within the two broad northern (Polish, Irish, English,
Germans, and some Italians) and southeastern (Greeks,
Armenians, Jews, and some Italians) clusters, further reliable
structure is less obvious because individuals from
different population samples are often interspersed with
each other.
Thus, in some cases, geographic distance or
physical barriers are not well reflected.
For instance, despite
their insular origin, Irish and English individuals
cluster with the continental Germans and Poles. Similarly,
large geographical gaps, such as that between Greece and
Armenia, are much less obvious at the genetic level. Conversely,
Italy appears to be a zone of sharp differentiation
over small distances. Some Italians cluster with the northern
Europeans, whereas others fall into the southeastern
grouping

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 234
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
My McDonald BGA report:


I have run your data through my processors. The plain
5 continents (includes Oceania) gives

Euro 97.4%
Oceanic 0.1%
American 1.1%
African 1.3%
East Aaian 0.5%

The expected error here is 1%, so none are really significant.
However, unlike anyone else I have seen,
you actually have your biggest Euro contribution from northern Italy.
The contributions are pretty much uniform from all over Europe,
in my program, but for all other people I've seen Italy was just
a bit lower than the Northern groups, but in you it is clearly higher.

For the test with S. Asia (Pakistan) included, but not the Mideast (plus N. Africa)
you are

Euro 90.2%
S. Asia 10.8
Oceanic -0.3
American 0.6%
African 0.8%
East Asian -1.4%

Now the S. Asian is deceptive: it in fact refers mostly to European
influence INTO there, at about 8%. Since you are higher, there
is a hint that you have Eastern influence. Now we will see
using BOTH Pakistan and the Mideast:

Euro 81.3%
Mideast 12.5%
S. Asia 8.5
Oceanic -0.4
American 0.8%
African -0.7%
East Asian -1.3%

Now most Europeans are 5% in the Mideast and 7% in Pakistan,
again showing very old mixing. But you are 12.5% in the mideast!
That's 7% greater than the average European, and of course is
indicative of, mostly, your Jewish background, and to a lesser
extent, possibly (I'm guessing) the Italian. Now that we have the
Mideast as a category, your Pakistan has dropped well within what
the usual Europeans shows. You are still showing directly the
Italian background when I look at the graphical view.

Now on to the "spot on the map" computer programs. Mine are better than
23andme's ones. I hope this is interesting. (computer is thinking)
(still thinking ... the slowness is why its better than 23andme's)

OK, its done. On the whole world view, you are clearly in Europe,
not the Mideast at all.

On the Euro close-in view, you are interesting enough that I am sending
a copy of the plot (attached).

You are white diamond #10. Dots 5 and 11 are off toward Sweden.

Violet (where all the other people, white diamonds, are) is Orkney,
i.e. British. Green at right is Russia. Blue at bottom
right is the Russian Caucasus, close to the Mideast. Yellow is Basque.
Red is France. Blue and yellow-green at center is northern Italy.
Green at left is Sardinia. Your Italian mixture pulls you left,
and your Jewish pulls you down.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34668
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2966/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
А вот и первые результаты (ссылка).

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34668
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2966/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
А вот и первые результаты (ссылка).
Хочу особо подчеркнуть, что данная программа работает только по матрицам генетических дистанций. Ничего более!
То есть, используются принципы, озвученные мною в начале этой темы.
Иными словами, нас не интересует процесс определения степеней родства. Речь идёт о выстроении генеалогии на основании уже имеющихся данных. (Насколько они хороши, или плохи - это другой вопрос, от которого мы полностью абстрагируемся.)
Конечно же есть огромный простор для улучшений. Как косметических, так и глобальных.
Например, тупое разделение на мальчиков и девочек © на современном поколенном этаже, т.е. позонное сравнение общих УПСов для троек и больше родичей, позволит выявить, с какой стороны идёт родство даже без тестирования хотя бы одного из родителей. В худшем случае, при отсутствии малейшей сторонней информации, будем иметь разбиение на две группы. Что уже не плохо.
Частные случаи для совпадающих по игреку, или мито значений генома (которые при увеличении количества тестируемых уже будут носить общий характер) - внесут ещё больше определённости.
Вероятностное моделирование для разноразмерных УПСов - тоже внесёт свою лепту. (Например, имеем УПС 16 сМ и 4.5 сМ. Пытаемся получить некоторое вероятностное распределение для того, чтобы знать каковы шансы, что имеем оба УПСа от одного предка, а не от многих.)
И т. д.
Процесс пошёл! ©

Оффлайн VictorV.

  • Сообщений: 4567
  • Страна: ru
  • Рейтинг +305/-16
    • Дворянский род Безручко-Высоцких и другие фамилии.
  • Y-ДНК: J-ZS3128
  • мтДНК: V16
Огромная просьба, покидайте сюда текущее количество совпаденцев в Relative Finder в V3. Весьма интересно знать текущий расклад.
У меня самого ныне отмечено 420 родичей в RF. V3
« Последнее редактирование: 05 Апрель 2013, 15:00:41 от VictorV. »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100