АвторТема: Три статьи по древним ДНК из Америки, 8 ноября 2018  (Прочитано 258 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 948
  • Страна: kg
  • Рейтинг +925/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Сегодня вышло три статьи по древним ДНК из Америки. Решил сделать одну тему для всез трёх статей.

Первая статья:

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(18)31380-1

Reconstructing the Deep Population History of Central and South America

    Cosimo Posth 45,    Nathan Nakatsuka 45,    Iosif Lazaridis,    Pontus Skoglund,    Swapan Mallick,    Thiseas C. Lamnidis,    Nadin Rohland,    Kathrin Nägele,    Nicole Adamski,    Emilie Bertolini,    Nasreen Broomandkhoshbacht,    Alan Cooper,    Brendan J. Culleton,    Tiago Ferraz,    Matthew Ferry,    Anja Furtwängler,    Wolfgang Haak,    Kelly Harkins,    Thomas K. Harper,    Tábita Hünemeier,    Ann Marie Lawson,    Bastien Llamas,    Megan Michel,    Elizabeth Nelson,    Jonas Oppenheimer,    Nick Patterson,    Stephan Schiffels,    Jakob Sedig,    Kristin Stewardson,    Sahra Talamo,    Chuan-Chao Wang,    Jean-Jacques Hublin,    Mark Hubbe,    Katerina Harvati,    Amalia Nuevo Delaunay,    Judith Beier,    Michael Francken,    Peter Kaulicke,    Hugo Reyes-Centeno,    Kurt Rademaker,    Willa R. Trask,    Mark Robinson,    Said M. Gutierrez,    Keith M. Prufer,    Domingo C. Salazar-García,    Eliane N. Chim,    Lisiane Müller Plumm Gomes,    Marcony L. Alves,    Andersen Liryo,    Mariana Inglez,    Rodrigo E. Oliveira,    Danilo V. Bernardo,    Alberto Barioni,    Veronica Wesolowski,    Nahuel A. Scheifler,    Mario A. Rivera,    Claudia R. Plens,    Pablo G. Messineo,    Levy Figuti,    Daniel Corach,    Clara Scabuzzo,    Sabine Eggers,    Paulo DeBlasis,    Markus Reindel,    César Méndez,    Gustavo Politis,    Elsa Tomasto-Cagigao,    Douglas J. Kennett 46,    André Strauss 46,    Lars Fehren-Schmitz 46,    Johannes Krause 46,    David Reich 46, 47

Published: November 8, 2018

DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.10.027

Highlights

    •    Genome-wide analysis of 49 Central and South Americans up to ∼11,000 years old
    •    Two previously unknown genetic exchanges between North and South America
    •    Distinct link between a Clovis culture-associated genome and the oldest South Americans
    •    Continent-wide replacement of Clovis-associated ancestry beginning at least 9,000 years ago

Summary

We report genome-wide ancient DNA from 49 individuals forming four parallel time transects in Belize, Brazil, the Central Andes, and the Southern Cone, each dating to at least ∼9,000 years ago. The common ancestral population radiated rapidly from just one of the two early branches that contributed to Native Americans today. We document two previously unappreciated streams of gene flow between North and South America. One affected the Central Andes by ∼4,200 years ago, while the other explains an affinity between the oldest North American genome associated with the Clovis culture and the oldest Central and South Americans from Chile, Brazil, and Belize. However, this was not the primary source for later South Americans, as the other ancient individuals derive from lineages without specific affinity to the Clovis-associated genome, suggesting a population replacement that began at least 9,000 years ago and was followed by substantial population continuity in multiple regions.

Основные моменты

    •    Геномный анализ 49 центральных и южных американцев возрастом до ~ 11 000 лет
    •    Два ранее неизвестных генетических обмена между Северной и Южной Америкой
    •    Четкая связь между геномом, ассоциированным с культурой Кловис, и древнейшими южноамериканцами
    •    Continent-wide replacement of Clovis-associated ancestry beginning at least 9,000 years ago
    •    Общеконтинентальная замена генетического компонента, связанного с Кловисом, начавшаяся как минимум 9000 лет назад

Резюме

Мы сообщаем о геномной древней ДНК из 49 особей, образующих четыре параллельных временных разреза в Белизе, Бразилии, Центральных Андах и Южном конусе, каждый из которых простирается не менее чем на ~ 9000 лет назад. Общая популяция предков быстро разошлась из одной из двух ранних ветвей, которые стали предковыми для нынешних коренных американцев. Мы документируем два ранее недооцененных потока генов между Северной и Южной Америкой. Один из них воздействовал на Центральные Анды на ~ 4200 лет назад, а другой объясняет близость между древнейшим североамериканским геномом, связанным с культурой Кловис, и древнейшими центральными и южноамериканцами из Чили, Бразилии и Белиза. Однако это не было основным источником генофонда для более поздних южноамериканцев, поскольку другие древние индивидуумы проистекают из линий, не имеющих специфической близости к генотипу, ассоциируемому с кловисцем, что предполагает замещение населения, которое началось по меньшей мере 9 000 лет назад, после чего последовала существенная преемственность населения в нескольких регионов.

Sample ID Average of 95.4% date range in calBP (defined as 1950 CE)  Location Country Sex mtDNA haplogroup Y chrom. calls
I2232 8370 Arroyo Seco II Argentina M C1b Q1a2
I0308 7430 Arroyo Seco II Argentina M A2 (Llamas et al 2016) Q1a2a1a1
I2230 8570 Arroyo Seco II Argentina M C1b Q1a2a1b
I0309 7650 Arroyo Seco II Argentina M D1 (Llamas et al 2016) Q1a2a1a1
I7086 7750 Arroyo Seco II Argentina F D1g -
I7088 7420 Arroyo Seco II Argentina F A2 -
I7090 7160 Arroyo Seco II Argentina M C1c Q1a2
I1748 7160 Arroyo Seco II Argentina M C1c n/a
I8349 6710 Pampas, Laguna Chica Argentina F C1b -
I8350 6800 Pampas, Laguna Chica Argentina M A2 Q1a2
I8348 6880 Pampas, Laguna Chica Argentina F B2b -
I3443 9310 Mayahak Cab Pek Belize F D4h3a -
I5457 7390 Saki Tzul Belize M D1 Q1a
I5456 7370 Saki Tzul Belize M D1 Q1a2a1
I9058_d 2280 Jabuticabeira 2 Brazil F C1c -
I9057_d 2220 Jabuticabeira 2 Brazil M C1c n/a
I9054_d 1940 Jabuticabeira 2 Brazil F C1c -
I9055_d 1870 Jabuticabeira 2 Brazil F C1c -
I9056_d 1200 Jabuticabeira 2 Brazil F B2 -
CP23 9550 Lapa do Santo Brazil F D4h3a -
CP25 9590 Lapa do Santo Brazil M A2 Q1a2a1a1
CP22 9560 Lapa do Santo Brazil F B2 -
CP21 9240 Lapa do Santo Brazil M B2 Q1a2a1b
CP18 9510 Lapa do Santo Brazil M A2 Q1a2a1a
CP26 9550 Lapa do Santo Brazil F A2 -
CP19 9850 Lapa do Santo Brazil M C1d1 C2b
LAR001 6550 Laranjal Brazil F A2 -
LAR002 6800 Laranjal Brazil M A2 Q1a2a
MOS001 5810 Moraes Brazil F D4h3a -
I1752 600 Conchalí, Santiago, RM Chile M B2i2b Q1a2a1a1
I1754 830 Conchalí, Santiago, RM Chile M D4h3a1a2 Q1a2a1b
I11974 10940 Los Rieles, Los Vilos, Coquimbo Chile M C1b Q1a2a1a1
I1753 5120 Los Rieles, Los Vilos, Coquimbo Chile M C1b Q1a2a1
I2537 660 Pica Ocho, Coast Chile M A2 Q1a2a
CUN008 3280 Cuncaicha, Highlands Peru M A2h Q1a2a1a1
CP8 4180 Cuncaicha, Highlands Peru M A2a3 Q1a2a1a1
CP29 9000 Cuncaicha, Highlands Peru F A2ao -
I2261 4080 La Galgada, Highlands Peru M C1c Q1a2a1a1
I1484 780 Botigiriayocc, Laramate, Highlands Peru M B2 Q1a2a1a1
I1742 880 Tranca, Laramate, Highlands Peru F D1 -
I1485 1030 Cueva Yacotogia, Laramate, Highlands Peru M B2 Q1a2a1a1
I2551 830 Huayuncalla, Laramate, Highlands Peru F C1b -
I0237 860 Botigiriayocc, Laramate, Highlands Peru M B2 (Llamas et al. 2016) Q1a2a
I1357 880 Botigiriayocc, Laramate, Highlands Peru M B2l Q1a2a
I0039 3520 Lauricocha, Highlands Peru M A2 (Fehren-Schmitz et al. 2015) Q1a2a1b
I0040 5840 Lauricocha, Highlands Peru M A2 (Fehren-Schmitz et al. 2015) Q1a2a1a1
I0038 8610 Lauricocha, Highlands Peru M A2 (Fehren-Schmitz et al. 2015) Q1a2a1b
I0238 8560 Lauricocha, Highlands Peru M A2 (Fehren-Schmitz et al. 2015) Q1a
I0041 8500 Lauricocha, Highlands Peru F B2 (Fehren-Schmitz et al. 2015) -

*OxCal 4.3; SHCal13 (60%); Marine13 (40%)

Остальные выложу позже

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7949
  • Страна: kz
  • Рейтинг +694/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Интересные новости

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 948
  • Страна: kg
  • Рейтинг +925/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Вторая статья:

http://science.sciencemag.org/content/early/2018/11/07/science.aav2621

Early human dispersals within the Americas

    J. Víctor Moreno-Mayar1,*, Lasse Vinner1,*, Peter de Barros Damgaard1,*, Constanza de la Fuente1,*, Jeffrey Chan2,*, Jeffrey P. Spence3,*, Morten E. Allentoft1, Tharsika Vimala1, Fernando Racimo1, Thomaz Pinotti4, Simon Rasmussen5, Ashot Margaryan1,6, Miren Iraeta Orbegozo1, Dorothea Mylopotamitaki1, Matthew Wooller7, Clement Bataille8, Lorena Becerra-Valdivia9, David Chivall9, Daniel Comeskey9, Thibaut Devièse9, Donald K. Grayson10, Len George11, Harold Harry12, Verner Alexandersen13, Charlotte Primeau13, Jon Erlandson14, Claudia Rodrigues-Carvalho15, Silvia Reis15, Murilo Q. R. Bastos15, Jerome Cybulski16,17,18, Carlos Vullo19, Flavia Morello20, Miguel Vilar21, Spencer Wells22, Kristian Gregersen1, Kasper Lykke Hansen1, Niels Lynnerup13, Marta Mirazón Lahr23, Kurt Kjær1, André Strauss24,25, Marta Alfonso-Durruty26, Antonio Salas27,28, Hannes Schroeder1, Thomas Higham9, Ripan S. Malhi29, Jeffrey T. Rasic30, Luiz Souza31, Fabricio R. Santos4, Anna-Sapfo Malaspinas32, Martin Sikora1, Rasmus Nielsen1,33,34, Yun S. Song2,33,35,†, David J. Meltzer1,36,†, Eske Willerslev1,37,38,†

 Science  08 Nov 2018:
eaav2621
DOI: 10.1126/science.aav2621

Abstract

Studies of the peopling of the Americas have focused on the timing and number of initial migrations. Less attention has been paid to the subsequent spread of people within the Americas. We sequenced 15 ancient human genomes spanning Alaska to Patagonia; six are ≥10,000 years old (up to ~18× coverage). All are most closely related to Native Americans, including an Ancient Beringian individual, and two morphologically distinct “Paleoamericans.” We find evidence of rapid dispersal and early diversification, including previously unknown groups, as people moved south. This resulted in multiple independent, geographically uneven migrations, including one that provides clues of a Late Pleistocene Australasian genetic signal, and a later Mesoamerican-related expansion. These led to complex and dynamic population histories from North to South America.

Аннотация

Исследования по заселению Северной и Южной Америки были сосредоточены на сроках и количестве начальных миграций. Меньшее внимание уделяется последующему распространению людей в Северной и Южной Америке. Мы секвенировали 15 древних геномов человека, от Аляски до Патагонии; шесть из низ старше 10 000 лет (покрытием вплоть до 18x). Все они наиболее тесно связаны с коренными американцами, включая древнюю берингийскую особь и двух морфологически отличных “Палеоамериканцев".Мы находим доказательства быстрого рассредоточения и ранней диверсификации, включая ранее неизвестные группы, по мере перемещения людей на юг. Это привело к многочисленным независимым, географически неравномерным миграциям, в том числе и той, что дает ключ к позднеплейстоценовому австралазийскому генетическому сигналу, и более позднее распространение генофонда связанного с Мезоамерикой. Это привело к сложной и динамичной демографической истории от Северной до Южной Америки.

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 948
  • Страна: kg
  • Рейтинг +925/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Третья статья:

http://advances.sciencemag.org/content/4/11/eaau4921

The genetic prehistory of the Andean highlands 7000 years BP though European contact

    John Lindo1,2,*, Randall Haas3, Courtney Hofman4,5, Mario Apata6, Mauricio Moraga6,7, Ricardo A. Verdugo6,8,*, James T. Watson9, Carlos Viviano Llave10, David Witonsky2, Cynthia Beall11, Christina Warinner4,5,12, John Novembre2, Mark Aldenderfer13,* and Anna Di Rienzo2,*

Science Advances  08 Nov 2018:
Vol. 4, no. 11, eaau4921
DOI: 10.1126/sciadv.aau4921

Abstract

The peopling of the Andean highlands above 2500 m in elevation was a complex process that included cultural, biological, and genetic adaptations. Here, we present a time series of ancient whole genomes from the Andes of Peru, dating back to 7000 calendar years before the present (BP), and compare them to 42 new genome-wide genetic variation datasets from both highland and lowland populations. We infer three significant features: a split between low- and high-elevation populations that occurred between 9200 and 8200 BP; a population collapse after European contact that is significantly more severe in South American lowlanders than in highland populations; and evidence for positive selection at genetic loci related to starch digestion and plausibly pathogen resistance after European contact. We do not find selective sweep signals related to known components of the human hypoxia response, which may suggest more complex modes of genetic adaptation to high altitude.

Аннотация

Заселение Андского нагорья высотой более 2500 м над уровнем моря представляло собой сложный процесс, включающий культурную, биологическую и генетическую адаптацию. Здесь мы представляем временные ряды древних целых геномов из Анд Перу, относящихся к 7000 календарным годам до настоящего времени (ВР), и сопоставляем их с 42 новыми наборами генома генетических вариаций генома из горных и низинных популяций. Мы делаем вывод о трех существенных особенностях: разделение между популяциями на низких и высоких высотах, который произошел от 9200 до 8200 лет назад; резкое сокращение популяции после контакта с европейцами, которое значительно более серьезно в южноамериканских низменностях, чем в высокогорных популяциях; и доказательство положительного отбора в генетических локусах, связанных с перевариванием крахмала и, вероятно, резистентность к патогенам после контакта с европейцами. Мы не находим сигналов об отборе вариантов, связанных с известными компонентами реакции гипоксии человека, что может предполагать более сложные способы генетической адаптации к большой высоте.

ID Date BP mtDNA Sex Site Whole-genome coverage
IL2 NA D1 XX Rio Uncallane 0.99
IL3 1783–1616 B2 XX Rio Uncallane 0.92
IL4 1529–1426 C1b XY Rio Uncallane 0.75
IL5 1722–1611 C1c XX Rio Uncallane 0.94
IL7 1825–1730 C1b XY Rio Uncallane 0.98
K1 NA C1b XX Kaillachuro 0.26
SMP5 6884–6757 C1c XY SMP 0.08

Оффлайн Arthwr

  • Deutschland den Deutschen, Tod den Schwulen
  • Сообщений: 827
  • Страна: de
  • Рейтинг +307/-5
    • r1b-pf7562.blogspot.com
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
Вторая статья:

http://science.sciencemag.org/content/early/2018/11/07/science.aav2621

Early human dispersals within the Americas

Полный текст (пиратская версия)
http://sci-hub.tw/10.1126/science.aav2621

Supplementary Materials
http://science.sciencemag.org/content/suppl/2018/11/07/science.aav2621.DC1

name   age   sex   location   chrY coverage [1]   Y haplogroup
Sumidouro2   >10 kya   M   Caverna do Sumidouro, Lagoa Santa, Brazil   0,01   Q-L53
Sumidouro4   >10 kya   M   Caverna do Sumidouro, Lagoa Santa, Brazil   0,43   Q-M3 (xY4308)
Sumidouro5   >10 kya   M   Caverna do Sumidouro, Lagoa Santa, Brazil   7,73   Q-M3(M848)
Sumidouro6   >10 kya   M   Caverna do Sumidouro, Lagoa Santa, Brazil   1,01   Q-M3(M848)
Sumidouro7   >10 kya   M   Caverna do Sumidouro, Lagoa Santa, Brazil   0,25   Q-M3(M848)
Spirit Cave   10 kya   M   Spirit Cave, Nevada, US   9,55   Q-M3(M848)
Spirit Cave   10 kya   M   Spirit Cave, Nevada, US   0,05   Q-M3
Ayayema   4.5uncal   M   Ayayema Cave, Patagonia, Chile   5,97   Q-M3(M848)
Lovelock4   1.8 kya   M   Lovelock Cave, Nevada, US   0,27   Q-L53/Q-YP4011
HistAndaman   historical   M   Andaman Islands   8,63   P-P295

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100