Сегодня вышло три статьи по древним ДНК из Америки. Решил сделать одну тему для всез трёх статей.
Первая статья:
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(18)31380-1Reconstructing the Deep Population History of Central and South America Cosimo Posth 45, Nathan Nakatsuka 45, Iosif Lazaridis, Pontus Skoglund, Swapan Mallick, Thiseas C. Lamnidis, Nadin Rohland, Kathrin Nägele, Nicole Adamski, Emilie Bertolini, Nasreen Broomandkhoshbacht, Alan Cooper, Brendan J. Culleton, Tiago Ferraz, Matthew Ferry, Anja Furtwängler, Wolfgang Haak, Kelly Harkins, Thomas K. Harper, Tábita Hünemeier, Ann Marie Lawson, Bastien Llamas, Megan Michel, Elizabeth Nelson, Jonas Oppenheimer, Nick Patterson, Stephan Schiffels, Jakob Sedig, Kristin Stewardson, Sahra Talamo, Chuan-Chao Wang, Jean-Jacques Hublin, Mark Hubbe, Katerina Harvati, Amalia Nuevo Delaunay, Judith Beier, Michael Francken, Peter Kaulicke, Hugo Reyes-Centeno, Kurt Rademaker, Willa R. Trask, Mark Robinson, Said M. Gutierrez, Keith M. Prufer, Domingo C. Salazar-García, Eliane N. Chim, Lisiane Müller Plumm Gomes, Marcony L. Alves, Andersen Liryo, Mariana Inglez, Rodrigo E. Oliveira, Danilo V. Bernardo, Alberto Barioni, Veronica Wesolowski, Nahuel A. Scheifler, Mario A. Rivera, Claudia R. Plens, Pablo G. Messineo, Levy Figuti, Daniel Corach, Clara Scabuzzo, Sabine Eggers, Paulo DeBlasis, Markus Reindel, César Méndez, Gustavo Politis, Elsa Tomasto-Cagigao, Douglas J. Kennett 46, André Strauss 46, Lars Fehren-Schmitz 46, Johannes Krause 46, David Reich 46, 47
Published: November 8, 2018
DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.10.027
Highlights
• Genome-wide analysis of 49 Central and South Americans up to ∼11,000 years old
• Two previously unknown genetic exchanges between North and South America
• Distinct link between a Clovis culture-associated genome and the oldest South Americans
• Continent-wide replacement of Clovis-associated ancestry beginning at least 9,000 years ago
Summary
We report genome-wide ancient DNA from 49 individuals forming four parallel time transects in Belize, Brazil, the Central Andes, and the Southern Cone, each dating to at least ∼9,000 years ago. The common ancestral population radiated rapidly from just one of the two early branches that contributed to Native Americans today. We document two previously unappreciated streams of gene flow between North and South America. One affected the Central Andes by ∼4,200 years ago, while the other explains an affinity between the oldest North American genome associated with the Clovis culture and the oldest Central and South Americans from Chile, Brazil, and Belize. However, this was not the primary source for later South Americans, as the other ancient individuals derive from lineages without specific affinity to the Clovis-associated genome, suggesting a population replacement that began at least 9,000 years ago and was followed by substantial population continuity in multiple regions.
Основные моменты
• Геномный анализ 49 центральных и южных американцев возрастом до ~ 11 000 лет
• Два ранее неизвестных генетических обмена между Северной и Южной Америкой
• Четкая связь между геномом, ассоциированным с культурой Кловис, и древнейшими южноамериканцами
• Continent-wide replacement of Clovis-associated ancestry beginning at least 9,000 years ago
• Общеконтинентальная замена генетического компонента, связанного с Кловисом, начавшаяся как минимум 9000 лет назад
Резюме
Мы сообщаем о геномной древней ДНК из 49 особей, образующих четыре параллельных временных разреза в Белизе, Бразилии, Центральных Андах и Южном конусе, каждый из которых простирается не менее чем на ~ 9000 лет назад. Общая популяция предков быстро разошлась из одной из двух ранних ветвей, которые стали предковыми для нынешних коренных американцев. Мы документируем два ранее недооцененных потока генов между Северной и Южной Америкой. Один из них воздействовал на Центральные Анды на ~ 4200 лет назад, а другой объясняет близость между древнейшим североамериканским геномом, связанным с культурой Кловис, и древнейшими центральными и южноамериканцами из Чили, Бразилии и Белиза. Однако это не было основным источником генофонда для более поздних южноамериканцев, поскольку другие древние индивидуумы проистекают из линий, не имеющих специфической близости к генотипу, ассоциируемому с кловисцем, что предполагает замещение населения, которое началось по меньшей мере 9 000 лет назад, после чего последовала существенная преемственность населения в нескольких регионов.
Sample ID Average of 95.4% date range in calBP (defined as 1950 CE) Location Country Sex mtDNA haplogroup Y chrom. calls
I2232 8370 Arroyo Seco II Argentina M C1b Q1a2
I0308 7430 Arroyo Seco II Argentina M A2 (Llamas et al 2016) Q1a2a1a1
I2230 8570 Arroyo Seco II Argentina M C1b Q1a2a1b
I0309 7650 Arroyo Seco II Argentina M D1 (Llamas et al 2016) Q1a2a1a1
I7086 7750 Arroyo Seco II Argentina F D1g -
I7088 7420 Arroyo Seco II Argentina F A2 -
I7090 7160 Arroyo Seco II Argentina M C1c Q1a2
I1748 7160 Arroyo Seco II Argentina M C1c n/a
I8349 6710 Pampas, Laguna Chica Argentina F C1b -
I8350 6800 Pampas, Laguna Chica Argentina M A2 Q1a2
I8348 6880 Pampas, Laguna Chica Argentina F B2b -
I3443 9310 Mayahak Cab Pek Belize F D4h3a -
I5457 7390 Saki Tzul Belize M D1 Q1a
I5456 7370 Saki Tzul Belize M D1 Q1a2a1
I9058_d 2280 Jabuticabeira 2 Brazil F C1c -
I9057_d 2220 Jabuticabeira 2 Brazil M C1c n/a
I9054_d 1940 Jabuticabeira 2 Brazil F C1c -
I9055_d 1870 Jabuticabeira 2 Brazil F C1c -
I9056_d 1200 Jabuticabeira 2 Brazil F B2 -
CP23 9550 Lapa do Santo Brazil F D4h3a -
CP25 9590 Lapa do Santo Brazil M A2 Q1a2a1a1
CP22 9560 Lapa do Santo Brazil F B2 -
CP21 9240 Lapa do Santo Brazil M B2 Q1a2a1b
CP18 9510 Lapa do Santo Brazil M A2 Q1a2a1a
CP26 9550 Lapa do Santo Brazil F A2 -
CP19 9850 Lapa do Santo Brazil M C1d1 C2b
LAR001 6550 Laranjal Brazil F A2 -
LAR002 6800 Laranjal Brazil M A2 Q1a2a
MOS001 5810 Moraes Brazil F D4h3a -
I1752 600 Conchalí, Santiago, RM Chile M B2i2b Q1a2a1a1
I1754 830 Conchalí, Santiago, RM Chile M D4h3a1a2 Q1a2a1b
I11974 10940 Los Rieles, Los Vilos, Coquimbo Chile M C1b Q1a2a1a1
I1753 5120 Los Rieles, Los Vilos, Coquimbo Chile M C1b Q1a2a1
I2537 660 Pica Ocho, Coast Chile M A2 Q1a2a
CUN008 3280 Cuncaicha, Highlands Peru M A2h Q1a2a1a1
CP8 4180 Cuncaicha, Highlands Peru M A2a3 Q1a2a1a1
CP29 9000 Cuncaicha, Highlands Peru F A2ao -
I2261 4080 La Galgada, Highlands Peru M C1c Q1a2a1a1
I1484 780 Botigiriayocc, Laramate, Highlands Peru M B2 Q1a2a1a1
I1742 880 Tranca, Laramate, Highlands Peru F D1 -
I1485 1030 Cueva Yacotogia, Laramate, Highlands Peru M B2 Q1a2a1a1
I2551 830 Huayuncalla, Laramate, Highlands Peru F C1b -
I0237 860 Botigiriayocc, Laramate, Highlands Peru M B2 (Llamas et al. 2016) Q1a2a
I1357 880 Botigiriayocc, Laramate, Highlands Peru M B2l Q1a2a
I0039 3520 Lauricocha, Highlands Peru M A2 (Fehren-Schmitz et al. 2015) Q1a2a1b
I0040 5840 Lauricocha, Highlands Peru M A2 (Fehren-Schmitz et al. 2015) Q1a2a1a1
I0038 8610 Lauricocha, Highlands Peru M A2 (Fehren-Schmitz et al. 2015) Q1a2a1b
I0238 8560 Lauricocha, Highlands Peru M A2 (Fehren-Schmitz et al. 2015) Q1a
I0041 8500 Lauricocha, Highlands Peru F B2 (Fehren-Schmitz et al. 2015) -
*OxCal 4.3; SHCal13 (60%); Marine13 (40%)
Остальные выложу позже