Похромосомный вид

[valera27]

Не знаю, может мой вопрос дилетантский и я чего-то не догоняю...
Почему большинство калькуляторов (например все с Гедматча) при выборе похромосомных вариантов показывают процентную раскладку по ПАРЕ хромосом целиком?
И только Ancestry composition (23andme), Макдональд и мутный Интерпретом выдают этническую картину по КАЖДОЙ хромосоме из пары отдельно
А это может быть важно, особенно людям с неоднородным происхождением
Почему часть программ может рассматривать каждую хромосому в отдельности, а другие нет?
И есть ли еще какие калькуляторы с раздельными хромосомами кроме вышеназванных?

[Srkz]

И только Ancestry composition (23andme), Макдональд и мутный Интерпретом выдают этническую картину по КАЖДОЙ хромосоме из пары отдельно

При генотипировании нельзя точно узнать, какой снип относится к какой хромосоме из пары. Вышеперечисленные просто строят предположения исходя из статистики. Однако если протестировать родителей, то можно отфазировать свои данные и действительно определить отцовскую и материнскую стороны. Но тогда уже логичнее анализировать самих родителей.
Если протестирован лишь один родитель, сгенерированный вариант для второго в калькуляторах может получиться странноватым.

[valera27]

1) То есть, если я в АС вижу, что в паре одна хромосома целиком восточноевропейская, а другая - без Восточной Европы, строить предположения, что первая (пример гипотетический) - от мамы, не имевшей известных примесей, а вторая - от отца, национальность бабушки которого точно неизвестна, не стоит? И "растащили" участки разного цвета по разным хромосомам только исходя из того, что так вероятнее?

2) Ладно, а хотя бы начало-конец хромосомы соблюдены? То есть снипы все-таки идут последовательно, в порядке "продвижения" по хромосоме, или результат выглядит, как в похромосомном варианте в Гедматче (т.е. на 2-ой хромосоме 20% Восточной Европы, 10% Южной Европы и т.д.), а расположение внутри хромосомы участков разного цвета 23andme "додумывает" опять же по собственному вкусу?

[Srkz]

1) То есть, если я в АС вижу, что в паре одна хромосома целиком восточноевропейская, а другая - без Восточной Европы, строить предположения, что первая (пример гипотетический) - от мамы, не имевшей известных примесей, а вторая - от отца, национальность бабушки которого точно неизвестна, не стоит? И "растащили" участки разного цвета по разным хромосомам только исходя из того, что так вероятнее?

Ну почему, можно строить предположения. Все же вероятность не на пустом месте считается. Однако у меня после тестирования мамы картинку пересчитали заметно по-другому (хотя изменения не принципиальные).
Думаю, разделение "Целиком Восточная Европа"/"Целиком не Восточная Европа" должно определяться хорошо.

2) Ладно, а хотя бы начало-конец хромосомы соблюдены? То есть снипы все-таки идут последовательно, в порядке "продвижения" по хромосоме, или результат выглядит, как в похромосомном варианте в Гедматче (т.е. на 2-ой хромосоме 20% Восточной Европы, 10% Южной Европы и т.д.), а расположение внутри хромосомы участков разного цвета 23andme "додумывает" опять же по собственному вкусу?

Участки соблюдены и в 23andMe и в Gedmatch, просто в Gedmatch немножко другой подход, там пытаются показать более древние компоненты, чем в 23andMe

[R1a-Stolin]

Я не особо разбираюсь в хромосомном браузере, но интересно сравнить 23andme и Gedmatch. На 6 хромосоме 23andme у меня ашкеназский участок - соответственно эта хромосома с отрывом на первом месте по итальянскому компоненту в Eurogenes K36 . Несмотря на тот факт что у меня на Gedmatch загружен аутосомный файл MH не а 23andme . То же самое и с другими экзотическими компонентами: греки/балканы в 23andme = Восточное Сридеземноморье в Eurogenes K36, южная Европа в 23andme = на первом месте по сравнению с другими хромосомами баски в Eurogenes K36.

Всегда думал что эти данные взяты с потолка для небольших %, шум, но если такие совпадения - может это что-то в этом есть.