Всем добрый день!
Я только начала во всем этом разбираться, поэтому возможно вопросы покажутся глупыми, но вменяемого мануала по использованию GEDmatch я не нашла, увы.
1. Загрузив свои результаты в genesis (тест сделан на пятом чипе в 23andme), я получила некоторый список совпадений. Соответственно, я вижу такие данные как Total cM, самый большой кусок и число поколений до общего предка. Я уже поняла, что каждый кит из списка надо проверять отдельно, значения, бывает, меняются. Какие значения считать существенными? Что важнее - общее количество совпадающих сМ, длина конкретного куска ил количество этих кусков? Имеет ли особое значение наличие двух крупных или не очень кусков на одной хромосоме? И что интереснее - один длинный кусок или два куска, но поменьше?
2. Отдельно интересует такой инструмент, как GEDmatch® Genesis Q-Matching One-to-One Comparison - V1.0.Чем он отличается от GEDmatch® Genesis Autosomal One-to-one Comparison - V1.0? И почему получаются разные результаты?
Пример 1:
Autosomal не выдает совпадения вообще, Q-Matching находит аж 8 совпадающих сегментов. One-to-many DNA comparison показывает, что родство есть и довольно близкое по сравнению с остальными.
Пример 2:
One-to-many DNA comparison выдает человека с довольно крупным совпадением - 115.9 сМ (и почему-то пишет эту цифру и в total, и в largest), во всем списке он обозначен как самый ближайший - 3,48 до общего предка. При проверке совпадающих сегментов в Q-Matching всего 2, но самый большой 52.38 cM, что кажется мне существенным. А по аутосомному сравнению - матчей с этим человеком нет вообще, как так? Что характерно, человек русский, мы списались, но пока пересечений не нашли, кроме общей губернии. Свой тест делал в Атласе.
Пример 3:
Сегодня в списке совпаденцев появился новый кит - по результатам аутосомного сравнения 8.5 cM на 8 хромосоме и два куска 10.9 и 10.8 cM на 17. Total Half-Match segments (HIR) = 30.2 cM, Estimated number of generations to MRCA = 4.4. При этом тот же кит в Q-Matching выдает 8.55 cM на 8 хромосоме, 7.96 cM на 9 хромосоме, два куска 11.26 и 10.87 cM на 17. Почему первый инструмент не увидел совпадений на 9 хромосоме? Почему куски на 17 стали длиннее? Total cM: 38.64.
В свете вышеописанного - на какой из двух инструментов ориентироваться? И что означает значение Q?
3. Тест в последнем из трех примеров тоже сделан в 23andme, но там личный кабинет такого человека не показывает. Почему?
4. В самый первый раз, когда я полезла смотреть результаты, мне был выдан набор с кучей совпадений, сделанный в Gencove. Всего 148.7 cM, 18 сегментов, самый большой 11.4 cM, расстояние до ближайшего родственника 3.3. Q-Matching вообще нашел 22 совпадающих куска, всего 188.94 сМ. Написала человеку письмо, она сообщила, что это imputed kit (что это такое?), дала номер набора с данными AncestryDNA, по нему совпадений в Autosomal One-to-one - 0, в Q-Matching - два небольших (всего 14.72 сМ, самый крупный 7.47 сМ). Какому результату верить?
5. В One-to-many DNA comparison есть графы для совпадений по X-хромосоме, но мне пишет, что совпадений 0. При этом Genesis Matching Segment Search такие совпадения выявил.
6. Тест делала в 23andme на пятом чипе, его можно только в genesis загрузить. Как сравнивать с наборами из обычного gedmatch?
Тема: GEDmatch - инструкция для новичков (Прочитано 5066 раз)