АвторТема: GEDmatch - инструкция для новичков  (Прочитано 345 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн piccolodragoАвтор темы

  • Сообщений: 7
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • мтДНК: H6a1a
GEDmatch - инструкция для новичков
« : 25 Октябрь 2018, 17:12:20 »
Всем добрый день!

Я только начала во всем этом разбираться, поэтому возможно вопросы покажутся глупыми, но вменяемого мануала по использованию GEDmatch я не нашла, увы.

1. Загрузив свои результаты в genesis (тест сделан на пятом чипе в 23andme), я получила некоторый список совпадений. Соответственно, я вижу такие данные как Total cM, самый большой кусок и число поколений до общего предка. Я уже поняла, что каждый кит из списка надо проверять отдельно, значения, бывает, меняются. Какие значения считать существенными? Что важнее - общее количество совпадающих сМ, длина конкретного куска ил количество этих кусков? Имеет ли особое значение наличие двух крупных или не очень кусков на одной хромосоме? И что интереснее - один длинный кусок или два куска, но поменьше?

2. Отдельно интересует такой инструмент, как GEDmatch® Genesis Q-Matching One-to-One Comparison - V1.0.Чем он отличается от GEDmatch® Genesis Autosomal One-to-one Comparison - V1.0? И почему получаются разные результаты?

Пример 1:
Autosomal не выдает совпадения вообще, Q-Matching находит аж 8 совпадающих сегментов. One-to-many DNA comparison показывает, что родство есть и довольно близкое по сравнению с остальными.

Пример 2:
One-to-many DNA comparison выдает человека с довольно крупным совпадением - 115.9 сМ (и почему-то пишет эту цифру и в total, и в largest), во всем списке он обозначен как самый ближайший - 3,48 до общего предка. При проверке совпадающих сегментов в Q-Matching всего 2, но самый большой 52.38 cM, что кажется мне существенным. А по аутосомному сравнению - матчей с этим человеком нет вообще, как так? Что характерно, человек русский, мы списались, но пока пересечений не нашли, кроме общей губернии. Свой тест делал в Атласе.

Пример 3:
Сегодня в списке совпаденцев появился новый кит - по результатам аутосомного сравнения 8.5 cM на 8 хромосоме и два куска 10.9 и 10.8 cM на 17. Total Half-Match segments (HIR) = 30.2 cM, Estimated number of generations to MRCA = 4.4. При этом тот же кит в Q-Matching выдает 8.55 cM на 8 хромосоме, 7.96 cM на 9 хромосоме, два куска 11.26 и 10.87 cM на 17. Почему первый инструмент не увидел совпадений на 9 хромосоме? Почему куски на 17 стали длиннее? Total cM: 38.64.

В свете вышеописанного - на какой из двух инструментов ориентироваться? И что означает значение Q?

3. Тест в последнем из трех примеров тоже сделан в 23andme, но там личный кабинет такого человека не показывает. Почему?

4. В самый первый раз, когда я полезла смотреть результаты, мне был выдан набор с кучей совпадений, сделанный в Gencove. Всего 148.7 cM, 18 сегментов, самый большой 11.4 cM, расстояние до ближайшего родственника 3.3. Q-Matching вообще нашел 22 совпадающих куска, всего 188.94 сМ. Написала человеку письмо, она сообщила, что это imputed kit (что это такое?), дала номер набора с данными AncestryDNA, по нему совпадений в Autosomal One-to-one - 0, в Q-Matching - два небольших (всего 14.72 сМ, самый крупный 7.47 сМ). Какому результату верить?

5. В One-to-many DNA comparison есть графы для совпадений по X-хромосоме, но мне пишет, что совпадений 0. При этом Genesis Matching Segment Search такие совпадения выявил.

6. Тест делала в 23andme на пятом чипе, его можно только в genesis загрузить. Как сравнивать с наборами из обычного gedmatch?


Онлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31251
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2336/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: GEDmatch - инструкция для новичков
« Ответ #1 : 25 Октябрь 2018, 18:30:34 »
Вас интересует поиск родственников?
В этом случае, по общему совпадению и наибольшим участкам совпадения (полного и половинного) делается оценка возраста до ближайшего общего предка (ВБОП) двух сравниваемых персон.

Или же интересует этнопрофиль? То есть попытка выяснить, какие этносы были у предков в Вашем родословии.
В этом случае люди играют в игры с разными калькуляторами.

Короче говоря, очертите сначала цели, ради которых Вы сделали ДНК тест.

Оффлайн piccolodragoАвтор темы

  • Сообщений: 7
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • мтДНК: H6a1a
Re: GEDmatch - инструкция для новичков
« Ответ #2 : 27 Октябрь 2018, 19:45:21 »
В первую очередь, поиск дальних родственников. Прабабушка была беженкой с территории, которая сейчас является Польшей. Но судя по фамилии, корнии скорее всего белорусские, да и в этой местности как раз белорусы Подляшья проживают. Собственно, информации совсем немного (ФИО, год рождения и знание, что был сводный брат, возможно не один). Я даже названия деревни не знаю, чтобы в архиве поковыряться, "где-то под Белостоком". Сюда она приехала со сводным братом, отец остался там. Предполагаю, что часть семьи могла двинуться в другом направлении. Опять же, судя по найденным совпадениям. так и было. Получается, нужно найти совпадения в 4-5 поколениии и как-то сопоставить общую историю. Такая вот задача.

Впрочем, этнопрофиль тоже интересен. Хотя в меньшей степени, ибо тут все скучно, судя по предварительным данным.Но, возможно, это поможет решить загадку с поиском родственников.

Ну и третья причина сдачи теста - здоровье и образ жизни, но тут вроде пока без помощи справляюсь.

Оффлайн piccolodragoАвтор темы

  • Сообщений: 7
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • мтДНК: H6a1a
Re: GEDmatch - инструкция для новичков
« Ответ #3 : 13 Ноябрь 2018, 00:10:54 »
И вот сегодня в базе проявился кит, с которым у меня совпадение по всем хромосомам, включая X. Причём цифра в общей таблице ещё реальная, 220.8 сМ всего, самый длинный кусок 51.9, а по Х - всего 126.9 сМ, 72.2 самый длинный. Но при индивидуальном сравнении двух китов цифры около 3300 общих, что в принципе не может быть, я точно дочь своих родителей. Это глюк на Гедматче или какие ещё варианты возможны?

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +38/-0
Re: GEDmatch - инструкция для новичков
« Ответ #4 : 13 Ноябрь 2018, 01:35:40 »
Мне это латиноамериканские мыльные оперы напоминает. Близнецы, разлучённые суровой судьбой в младенчестве, и не знающие о существовании друг-друга, находятся благодаря генетическому тестированию. ;D ;D ;D

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +38/-0
Re: GEDmatch - инструкция для новичков
« Ответ #5 : 13 Ноябрь 2018, 01:38:04 »
А вообще случай какой-то странный. Я не спец, но "около 3300 общих" это тянет либо на близнеца, либо на Вашего клона. ;D Поэтому вероятнее всего это какой-то "глюк".

Оффлайн Oxon

  • Сообщений: 388
  • Страна: gb
  • Рейтинг +58/-0
Re: GEDmatch - инструкция для новичков
« Ответ #6 : 13 Ноябрь 2018, 12:52:33 »
У меня тоже по нескольким китам стали появляться то там то здесь братаны с экзотическим происхождением.  То в самом Гедматче китаец, то в Генезисе кажется Африка.  Если щелкнуть на "родственника", то видно, что у него весь корпус совпаденцев дяди-тети.  То ли глюки, то ли авторы что-то пробуют делать непонятное.

Оффлайн piccolodragoАвтор темы

  • Сообщений: 7
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • мтДНК: H6a1a
Re: GEDmatch - инструкция для новичков
« Ответ #7 : 13 Ноябрь 2018, 15:09:03 »
Мне это латиноамериканские мыльные оперы напоминает. Близнецы, разлучённые суровой судьбой в младенчестве, и не знающие о существовании друг-друга, находятся благодаря генетическому тестированию. ;D ;D ;D

Ну да, особенно учитывая тот факт, что человек этот, как выяснилось, в Капо Верде родился. :)) Короче, с новыми результатами лучше ждать день-два, ибо через три часа он исчез из выдачи общих совпаденцев, хотя кит реальный, мы с ним списались уже. И какое-то совпадение, возможно, все-таки есть, ибо семья его деда приехала в Капо Верде из Восточной Европы (Венгрия/Польша). Но тут опять есть нюанс - там еврейские корни, ашкенази на 5.1% проявлен (ок картинку с MyHeritage прислал), а у меня ни кусочка такого нет. И MyHeritage его как совпаденца мне не выдает. 

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100