АвторТема: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene  (Прочитано 3103 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2140
  • Рейтинг +592/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
https://www.biorxiv.org/content/early/2018/10/22/448829

The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene

Martin Sikora, Vladimir Pitulko, Vitor Sousa, Morten E Allentoft, Lasse Vinner, Simon Rasmussen, Ashot Margaryan, Peter de Barros Damgaard, Constanza de la Fuente Castro, Gabriel Renaud, Melinda Yang, Qiaomei Fu, Isabelle Dupanloup, Konstantinos Giampoudakis, David Bravo Nogues, Carsten Rahbek, Guus Kroonen, Michael Peyrot, Hugh McColl, Sergey Vasilyev, Elizaveta Veselovskaya, Margarita Gerasimova, Elena Pavlova, Vyacheslav Chasnyk, Pavel Nikolskiy, Pavel Grebenyuk, Alexander Fedorchenko, Alexander Lebedintsev, Boris Malyarchuk, Morten Meldgaard, Rui Martiniano, Laura Arppe, Jukka Palo, Tarja Sundell, Kristiina Mannermaa, Mikko Putkonen, Verner Alexandersen, Charlotte Primeau, Ripan Mahli, Karl-Göran Sjögren, Kristian Kristiansen, Anna Wessman, Antti Sajantila, Marta Mirazohn Lahr, Richard Durbin, Rasmus Nielsen, David Meltzer, Laurent Excoffier, Eske Willerslev

Abstract

Far northeastern Siberia has been occupied by humans for more than 40 thousand years. Yet, owing to a scarcity of early archaeological sites and human remains, its population history and relationship to ancient and modern populations across Eurasia and the Americas are poorly understood. Here, we report 34 ancient genome sequences, including two from fragmented milk teeth found at the ~31.6 thousand-year-old (kya) Yana RHS site, the earliest and northernmost Pleistocene human remains found. These genomes reveal complex patterns of past population admixture and replacement events throughout northeastern Siberia, with evidence for at least three large-scale human migrations into the region. The first inhabitants, a previously unknown population of "Ancient North Siberians" (ANS), represented by Yana RHS, diverged ~38 kya from Western Eurasians, soon after the latter split from East Asians. Between 20 and 11 kya, the ANS population was largely replaced by peoples with ancestry from East Asia, giving rise to ancestral Native Americans and "Ancient Paleosiberians" (AP), represented by a 9.8 kya skeleton from Kolyma River. AP are closely related to the Siberian ancestors of Native Americans, and ancestral to contemporary communities such as Koryaks and Itelmen. Paleoclimatic modelling shows evidence for a refuge during the last glacial maximum (LGM) in southeastern Beringia, suggesting Beringia as a possible location for the admixture forming both ancestral Native Americans and AP. Between 11 and 4 kya, AP were in turn largely replaced by another group of peoples with ancestry from East Asia, the "Neosiberians" from which many contemporary Siberians derive. We detect additional gene flow events in both directions across the Bering Strait during this time, influencing the genetic composition of Inuit, as well as Na Dene-speaking Northern Native Americans, whose Siberian-related ancestry components is closely related to AP. Our analyses reveal that the population history of northeastern Siberia was highly dynamic, starting in the Late Pleistocene and continuing well into the Late Holocene. The pattern observed in northeastern Siberia, with earlier, once widespread populations being replaced by distinct peoples, seems to have taken place across northern Eurasia, as far west as Scandinavia.

Оффлайн volf

  • Сообщений: 175
  • Страна: 00
  • Рейтинг +145/-106
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #1 : 23 Октябрь 2018, 03:17:49 »
Это еще один серьёзный аргумент в том что ветки P произошли на севере. 32 тысячи лет назад P1 были на самом крайнем севере северо-восточной Сибири, что полностью совпадает с TMRCA https://www.yfull.com/tree/P/.
Это также говорит за то, что Усть-Ишим 45 тысяч лет назад в Сибири с его K2a* это не нечто случайное. Пока линия K2 с многими ее ветвями выглядят автохтонными для севера.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1175
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1345/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #2 : 23 Октябрь 2018, 03:59:42 »
https://www.biorxiv.org/content/early/2018/10/22/448829

The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene



Таблица с данными, нормально скопировать не удаётся, так что картинкой:


Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8270
  • Страна: kz
  • Рейтинг +751/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #3 : 23 Октябрь 2018, 06:08:57 »
https://www.biorxiv.org/content/early/2018/10/22/448829

The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene

Martin Sikora, Vladimir Pitulko, Vitor Sousa, Morten E Allentoft, Lasse Vinner, Simon Rasmussen, Ashot Margaryan, Peter de Barros Damgaard, Constanza de la Fuente Castro, Gabriel Renaud, Melinda Yang, Qiaomei Fu, Isabelle Dupanloup, Konstantinos Giampoudakis, David Bravo Nogues, Carsten Rahbek, Guus Kroonen, Michael Peyrot, Hugh McColl, Sergey Vasilyev, Elizaveta Veselovskaya, Margarita Gerasimova, Elena Pavlova, Vyacheslav Chasnyk, Pavel Nikolskiy, Pavel Grebenyuk, Alexander Fedorchenko, Alexander Lebedintsev, Boris Malyarchuk, Morten Meldgaard, Rui Martiniano, Laura Arppe, Jukka Palo, Tarja Sundell, Kristiina Mannermaa, Mikko Putkonen, Verner Alexandersen, Charlotte Primeau, Ripan Mahli, Karl-Göran Sjögren, Kristian Kristiansen, Anna Wessman, Antti Sajantila, Marta Mirazohn Lahr, Richard Durbin, Rasmus Nielsen, David Meltzer, Laurent Excoffier, Eske Willerslev

Abstract

Far northeastern Siberia has been occupied by humans for more than 40 thousand years. Yet, owing to a scarcity of early archaeological sites and human remains, its population history and relationship to ancient and modern populations across Eurasia and the Americas are poorly understood. Here, we report 34 ancient genome sequences, including two from fragmented milk teeth found at the ~31.6 thousand-year-old (kya) Yana RHS site, the earliest and northernmost Pleistocene human remains found. These genomes reveal complex patterns of past population admixture and replacement events throughout northeastern Siberia, with evidence for at least three large-scale human migrations into the region. The first inhabitants, a previously unknown population of "Ancient North Siberians" (ANS), represented by Yana RHS, diverged ~38 kya from Western Eurasians, soon after the latter split from East Asians. Between 20 and 11 kya, the ANS population was largely replaced by peoples with ancestry from East Asia, giving rise to ancestral Native Americans and "Ancient Paleosiberians" (AP), represented by a 9.8 kya skeleton from Kolyma River. AP are closely related to the Siberian ancestors of Native Americans, and ancestral to contemporary communities such as Koryaks and Itelmen. Paleoclimatic modelling shows evidence for a refuge during the last glacial maximum (LGM) in southeastern Beringia, suggesting Beringia as a possible location for the admixture forming both ancestral Native Americans and AP. Between 11 and 4 kya, AP were in turn largely replaced by another group of peoples with ancestry from East Asia, the "Neosiberians" from which many contemporary Siberians derive. We detect additional gene flow events in both directions across the Bering Strait during this time, influencing the genetic composition of Inuit, as well as Na Dene-speaking Northern Native Americans, whose Siberian-related ancestry components is closely related to AP. Our analyses reveal that the population history of northeastern Siberia was highly dynamic, starting in the Late Pleistocene and continuing well into the Late Holocene. The pattern observed in northeastern Siberia, with earlier, once widespread populations being replaced by distinct peoples, seems to have taken place across northern Eurasia, as far west as Scandinavia.
Спасибо за ссылку

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 708
  • Страна: am
  • Рейтинг +260/-1
  • J1-Z1842
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #4 : 23 Октябрь 2018, 11:56:19 »
Что они подразумевают под Q1b? Это старый Q1a2?
Я думаю эта работа заслуживает отдельной темы.

Оффлайн Pamir

  • Сообщений: 22
  • Страна: mt
  • Рейтинг +12/-0
  • Y-DNA: L1a2-m357 (L3 L1c)
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #5 : 23 Октябрь 2018, 19:37:45 »
Что они подразумевают под Q1b? Это старый Q1a2?
Я думаю эта работа заслуживает отдельной темы.
Кажется ответ здесь, названия соответсвуют isogg 13.37... это получается февраль 2018

Y chromosome haplogroups were assigned from reads overlapping SNPs included in the Y-DNA haplogroup tree from the International Society of Genetic Genealogy(ISOGG; http://www.isogg.org, version 13.37),

Оффлайн volf

  • Сообщений: 175
  • Страна: 00
  • Рейтинг +145/-106
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #6 : 23 Октябрь 2018, 22:04:08 »
В этой статье поражает то, что они не делали ADMIXTURE, что необычно для нашего времени. Ограничились qpAdm для выборочных случаев и популяций, а у этого метода есть свои недостатки.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6265
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1140/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #7 : 23 Октябрь 2018, 22:27:28 »
Это еще один серьёзный аргумент в том что ветки P произошли на севере. 32 тысячи лет назад P1 были на самом крайнем севере северо-восточной Сибири, что полностью совпадает с TMRCA https://www.yfull.com/tree/P/.
Это также говорит за то, что Усть-Ишим 45 тысяч лет назад в Сибири с его K2a* это не нечто случайное. Пока линия K2 с многими ее ветвями выглядят автохтонными для севера.

Цитировать
Yana
The two UP individuals at Yana were assigned to haplogroup P1 (P-M45), which is ancestral
to haplogroups Q and R. Both individuals show the derived state at ~60% of P1-definining
SNPs in the ISOGG database, with one additional mutation in Yana 2 not found in Yana 1
(P284). Neither of them shows any derived allele at either Q- or R-defining mutations, and
can thus be considered basal P1* (P1xQ,R). The 24,000 year old Mal’ta individual was found
to be basal R*, which is a subclade of P12
The medieval individual from the other Yana site was assigned to a subclade of haplogroup
N1a1a (N-M178), a common haplogroup among present-day Siberian populations

Ключевая фраза: "Ни один из них не показывает какой-либо производный аллель при определении Q- или R-мутаций и поэтому можно считать базальным P1 * (P1xQ, R)."

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6265
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1140/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #8 : 23 Октябрь 2018, 22:40:57 »
Что они подразумевают под Q1b? Это старый Q1a2?
Я думаю эта работа заслуживает отдельной темы.

Q1a1a = Q-NWT01. У образца Kolyma_M / Kolyma1 определены снипы Y693;Y703. Последний снип из этой ветви: https://yfull.com/tree/Q-F746/  А первый - ниже: https://yfull.com/tree/Q-M120/
Так, что похоже, что типировали не верно. Образец ближе к восточноазиатам, чем к палеоэскимосам.

Q1b1 = Q-L53 (UstBelaya_EBA / NEO232)

Цитировать
Ekven
The male individuals recovered from the Neo-eskimo cemetary at Ekven were found to
exhibit predominantly haplogroup Q, with the exception of two individuals assigned to C2b.
A number of different subclades of Q-M242 were found, including at least one individual
with a subclade of Q-M3 (NEO247), one of the founding haplogroups of Native Americans
observed in ancient American individuals

NEO241 обозначен как Q-NWT01. По снипам так и есть.

NEO242, NEO246 - Q1b1 или Q-L53

NEO247 - Q1b1a1a2 или Q-M3. Вот это - интересно. Похоже на обратную миграцию из Америки. Вот эта ветвь: https://yfull.com/tree/Q-Y4303/
К этой же ветви, кроме коренных американцев принадлежит Yupik (Eskimo) of Novoye Chaplino который Esk2 из Karmin et al., 2015. Похоже, еще предстоит определить время и направление этой миграции.

NEO248, NEO250 - Q1a1b или Q-B143. Это вот эта ветвь: https://yfull.com/tree/Q-YP1500/ К ней принадлежит палеоэскимос Saqqaq. К этой же ветви относятся четыре коряка из Karmin et al., 2015: Koryak (KrkG14), Koryak (KrkG13), Koryak (KrkG11), Koryak (KrkG55).
« Последнее редактирование: 23 Октябрь 2018, 22:57:08 от Шад »

Оффлайн volf

  • Сообщений: 175
  • Страна: 00
  • Рейтинг +145/-106
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #9 : 23 Октябрь 2018, 22:56:37 »
Это еще один серьёзный аргумент в том что ветки P произошли на севере. 32 тысячи лет назад P1 были на самом крайнем севере северо-восточной Сибири, что полностью совпадает с TMRCA https://www.yfull.com/tree/P/.
Это также говорит за то, что Усть-Ишим 45 тысяч лет назад в Сибири с его K2a* это не нечто случайное. Пока линия K2 с многими ее ветвями выглядят автохтонными для севера.

Ключевая фраза: "Ни один из них не показывает какой-либо производный аллель при определении Q- или R-мутаций и поэтому можно считать базальным P1 * (P1xQ, R)."
Извините, я не понял, вы подтверждаете то что я написал? Потому что этот текст есть подтверждение.

Сейчас предполагать Южно-Азиатское, тем более Индокитайское, прохождение ветвей P уже неразумно, ведь даже митоДНК U2'3'4'7'8'9 есть северо-западная гаплогруппа. Женщины от мужчин отдельно жить не могут.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6265
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1140/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #10 : 23 Октябрь 2018, 23:03:20 »
Это еще один серьёзный аргумент в том что ветки P произошли на севере. 32 тысячи лет назад P1 были на самом крайнем севере северо-восточной Сибири, что полностью совпадает с TMRCA https://www.yfull.com/tree/P/.
Это также говорит за то, что Усть-Ишим 45 тысяч лет назад в Сибири с его K2a* это не нечто случайное. Пока линия K2 с многими ее ветвями выглядят автохтонными для севера.

Ключевая фраза: "Ни один из них не показывает какой-либо производный аллель при определении Q- или R-мутаций и поэтому можно считать базальным P1 * (P1xQ, R)."
Извините, я не понял, вы подтверждаете то что я написал? Потому что этот текст есть подтверждение.

Сейчас предполагать Южно-Азиатское, тем более Индокитайское, прохождение ветвей P уже неразумно, ведь даже митоДНК U2'3'4'7'8'9 есть северо-западная гаплогруппа. Женщины от мужчин отдельно жить не могут.

Да. Это действительно базальные P1, а не недотипированные нижерасположенные субклады. Что касается места распада P, то тут все менее однозначно. Но Ваша гипотеза вполне заслуживает обсуждения.

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 10162
  • Страна: id
  • Рейтинг +549/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #11 : 23 Октябрь 2018, 23:17:45 »
Это действительно базальные P1, а не недотипированные нижерасположенные субклады.
Родич предка Q и R или вымершая линия P? При втором варианте Q и R могут и не быть северянами. :-[

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 708
  • Страна: am
  • Рейтинг +260/-1
  • J1-Z1842
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #12 : 24 Октябрь 2018, 11:56:38 »
Ряд моментов которые делают маловероятным исход из Сибири для R-a.
У EHG есть базально евразийский (CHG) адмикс. Которого нету у WHG.
R2 уже найден в неолите Ирана. Никаких археологических признаков нету, что он пришел из далека.

У R1-овцев популярни женщины U4. А сестра U4-a живет на юге. Речь идет о U9.
Мой прогноз такой. Именно Каспийкое море или Средняя Азия поделили R на R1 и R2.

P2 есть в Филиппинах. Так что Р возможно был и в Центральной Азии тоже.
« Последнее редактирование: 24 Октябрь 2018, 12:08:27 от Arame »

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 708
  • Страна: am
  • Рейтинг +260/-1
  • J1-Z1842
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #13 : 24 Октябрь 2018, 12:13:21 »
Обращает внимание малочисленность игрека C2b как в древной Сибири так и в Китае. Это означает что основная экспансия этой гаплогруппы связана с монгольско-тунгусскими экспансиями. С тюркскими тоже но в меньшей степени.
Ясно одно. C2 пришел из юга в отличии от Р1-а.

Оффлайн volf

  • Сообщений: 175
  • Страна: 00
  • Рейтинг +145/-106
Re: The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
« Ответ #14 : 25 Октябрь 2018, 13:09:45 »
R2 уже найден в неолите Ирана. Никаких археологических признаков нету, что он пришел из далека.
R2 найдена и в Узбекистане. Насчет археологии, так никаких археологических признаков нету что она не пришлая, что она автохтонна в Иране. Увы, археология в этом вопросе не помощница совсем.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100