АвторТема: Помогите разобраться дебилу!!!  (Прочитано 925 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн alex1983Автор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: I2a1b2
Помогите разобраться дебилу!!!
« : 17 Октябрь 2018, 16:35:27 »
Сделал тест в компании (первая буква А послед С)
Y гаплогруппа  I2a1b2
Как это соотнести с yfull.com в какой ветке себя искать или мне сделали не полный анализ по Y
Старался разобраться сам, но инфы куча.........

Оффлайн DmitroR-2

  • Сообщений: 145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +38/-0
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #1 : 17 Октябрь 2018, 18:10:20 »
Цитировать
Сделал тест в компании (первая буква А послед С)
Адидас, что ли? ;D

Оффлайн alex1983Автор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: I2a1b2
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #2 : 17 Октябрь 2018, 18:37:38 »
сначала делали в Nike, потом в Puma  ::) на самом деле контора называется Атлас, не хотелось лишний раз рекламу делать

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 812
  • Страна: ru
  • Рейтинг +267/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #3 : 17 Октябрь 2018, 18:52:15 »
alex1983, компания А...С, насколько я понимаю, протестировала n% вашей Y-хромосомы, это несколько десятков сотен или тысяч единиц информации под названием "однонуклеотидный полиморфизм". Он же SNP.
Компания использует устаревшую на данный момент маркировку гаплогрупп. Cейчас дерево гаплогрупп сильно разрослось, и группы маркируются по SNP.  В дереве yfull это всякие там L596, Y16649 и т.д.
В компании А...С в стоимость включена консультация профессионального генетика. Вы можете спросить у него, на основе каких SNP была определена ваша группа, найти эти SNP на дереве YFull и таким образом соотнести свой результат с деревом. Это можно сделать самостоятельно, определив по адресам SNP, которые указаны в файле с сиквенсом ДНК (файл текстовый или в виде таблицы объёмом несколько мегабайт), их названия и найдя их на сайте YFull. Автоматизированные онлайн-утилиты тоже существуют, но я не уверен, что они работают с данными, которые предоставляет компания А...С.
Для полного использования возможностей, которые предлагает YFull, требуется полный сиквенс Y-хромосомы, который вы можете сделать в компании F...A..

Оффлайн alex1983Автор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: I2a1b2
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #4 : 17 Октябрь 2018, 19:04:35 »
alex1983, компания А...С, насколько я понимаю, протестировала n% вашей Y-хромосомы, это несколько десятков сотен или тысяч единиц информации под названием "однонуклеотидный полиморфизм". Он же SNP.
Компания использует устаревшую на данный момент маркировку гаплогрупп. Cейчас дерево гаплогрупп сильно разрослось, и группы маркируются по SNP.  В дереве yfull это всякие там L596, Y16649 и т.д.
В компании А...С в стоимость включена консультация профессионального генетика. Вы можете спросить у него, на основе каких SNP была определена ваша группа, найти эти SNP на дереве YFull и таким образом соотнести свой результат с деревом. Это можно сделать самостоятельно, определив по адресам SNP, которые указаны в файле с сиквенсом ДНК (файл текстовый или в виде таблицы объёмом несколько мегабайт), их названия и найдя их на сайте YFull. Автоматизированные онлайн-утилиты тоже существуют, но я не уверен, что они работают с данными, которые предоставляет компания А...С.
Для полного использования возможностей, которые предлагает YFull, требуется полный сиквенс Y-хромосомы, который вы можете сделать в компании F...A..

Большое спасибо за ответ, всё стало на свои места, буду дальше разбираться.

Оффлайн DELTA

  • Сообщений: 61
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-0
  • Y-ДНК: I2a1a2b1a1a1c, Din-S, I-PH908*
  • мтДНК: W6a
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #5 : 17 Октябрь 2018, 19:15:58 »
alex1983, какие данные Вам предоставила лаборатория кроме наименования ветви I2a1b2 ? Буквенный-цифровые индексы ветвей достаточно часто меняются и нужно знать по какой версии древа ISOGG используется обозначение. Можете направиться в профильную ветвь форума http://forum.molgen.org/index.php/topic,410.1275.html для продолжения диалога по имеющимся у Вас вопросам. Многие из нас после получения первичной информации о гаплогруппе начинают углубляться в дебри информации для понимания истории своих предков.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5008
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1745/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #6 : 17 Октябрь 2018, 19:24:52 »
Сделал тест в компании (первая буква А послед С)
Y гаплогруппа  I2a1b2
Как это соотнести с yfull.com в какой ветке себя искать или мне сделали не полный анализ по Y
Старался разобраться сам, но инфы куча.........
Там в личном кабинете нет ссылки на скачивание файла со списком полиморфизмов/мутаций? Не медицинский отчет с выводами, а что-то наподобие такого:
SNP Chr Pos
rs880051 1 1493727 AA
rs7531583 1 1706160 GG
rs6681938 1 1781220 TT
rs10907192 1 1793111 GG
rs4648592 1 1801034 GA
rs7525092 1 1810090 CT
rs3128296 1 2068906 TT

Оффлайн alex1983Автор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: I2a1b2
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #7 : 17 Октябрь 2018, 19:43:43 »
Сделал тест в компании (первая буква А послед С)
Y гаплогруппа  I2a1b2
Как это соотнести с yfull.com в какой ветке себя искать или мне сделали не полный анализ по Y
Старался разобраться сам, но инфы куча.........
Там в личном кабинете нет ссылки на скачивание файла со списком полиморфизмов/мутаций? Не медицинский отчет с выводами, а что-то наподобие такого:
SNP Chr Pos
rs880051 1 1493727 AA
rs7531583 1 1706160 GG
rs6681938 1 1781220 TT
rs10907192 1 1793111 GG
rs4648592 1 1801034 GA
rs7525092 1 1810090 CT
rs3128296 1 2068906 TT

Добрый вечер, в личном кабинете доступен файл для скачивания. Как они пишут "Файл содержит информацию по 550 000 полиморфизмам"
Выглядит он следующим образом:
# rs_id   chromosome   position   genotype
rs147404388   1   629274   AA
rs9283150   1   630128   AA
rs9326622   1   631712   CC
rs567161598   1   791532   AA
rs116587930   1   792461   GG
rs3131972   1   817341   GG
rs200599638   1   817538   GG
rs12184325   1   818725   CC

и т.д.

Оффлайн alex1983Автор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: I2a1b2
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #8 : 17 Октябрь 2018, 19:51:15 »
alex1983, какие данные Вам предоставила лаборатория кроме наименования ветви I2a1b2 ? Буквенный-цифровые индексы ветвей достаточно часто меняются и нужно знать по какой версии древа ISOGG используется обозначение. Можете направиться в профильную ветвь форума http://forum.molgen.org/index.php/topic,410.1275.html для продолжения диалога по имеющимся у Вас вопросам. Многие из нас после получения первичной информации о гаплогруппе начинают углубляться в дебри информации для понимания истории своих предков.
Здравствуйте, как раз начинаю углубляться в дебри) Завтра поговорю с генетиком, благодаря форуму накопилось много вопрос, в том числе вопрос и про версию древа ISOGG. Если есть возможность, подскажите, какую инфу ещё необходимо у него выведать?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5008
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1745/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #9 : 17 Октябрь 2018, 19:59:27 »
Добрый вечер, в личном кабинете доступен файл для скачивания. Как они пишут "Файл содержит информацию по 550 000 полиморфизмам"
Выглядит он следующим образом:
Да, всё правильно. В конце должен быть список полиморфизмов для Y-хромосомы. Если хотите, присылайте файл мне на почту в профиле, посмотрю, что там можно вытащить по Y и по этноанализу. Из "Атласа" у меня файлов ещё не было, интересно взглянуть. Обещаю сохранять приватность.

Оффлайн alex1983Автор темы

  • Сообщений: 8
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: I2a1b2
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #10 : 17 Октябрь 2018, 20:13:23 »
Добрый вечер, в личном кабинете доступен файл для скачивания. Как они пишут "Файл содержит информацию по 550 000 полиморфизмам"
Выглядит он следующим образом:
Да, всё правильно. В конце должен быть список полиморфизмов для Y-хромосомы. Если хотите, присылайте файл мне на почту в профиле, посмотрю, что там можно вытащить по Y и по этноанализу. Из "Атласа" у меня файлов ещё не было, интересно взглянуть. Обещаю сохранять приватность.
письмо отправил

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5008
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1745/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #11 : 17 Октябрь 2018, 20:21:48 »
письмо отправил
Получено :)

Оффлайн DELTA

  • Сообщений: 61
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-0
  • Y-ДНК: I2a1a2b1a1a1c, Din-S, I-PH908*
  • мтДНК: W6a
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #12 : 17 Октябрь 2018, 21:53:15 »
Здравствуйте, как раз начинаю углубляться в дебри) Завтра поговорю с генетиком, благодаря форуму накопилось много вопрос, в том числе вопрос и про версию древа ISOGG. Если есть возможность, подскажите, какую инфу ещё необходимо у него выведать?

Я не знаю какие тесты делает Атлас, но на определение ветви влияет анализ SNP (снипов) или прогноз ветви по STR (мутациям). Для работы с древом YFull нужно знать свой определенный или спрогнозированный SNP или его эквиваленты. На начало этого года I2a1b2 был SNP M423, сейчас I2a1a2; так что часто просто используют первые 3 знака ветви I2a и снип например S17250. Вот тут свежее древо https://www.dropbox.com/s/wt7vzt595co54xj/P37_V4.2.png?dl=0 а здесь большая статья (можно перевести через переводчик страниц гугл) https://lundiak.wordpress.com/2015/01/09/i2a1b2a1-aka-i-cts10228/

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 29
  • Страна: ru
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #13 : 19 Октябрь 2018, 00:29:40 »
Добрый вечер, в личном кабинете доступен файл для скачивания. Как они пишут "Файл содержит информацию по 550 000 полиморфизмам"
Выглядит он следующим образом:
Да, всё правильно. В конце должен быть список полиморфизмов для Y-хромосомы. Если хотите, присылайте файл мне на почту в профиле, посмотрю, что там можно вытащить по Y и по этноанализу. Из "Атласа" у меня файлов ещё не было, интересно взглянуть. Обещаю сохранять приватность.

550000? Брешут. В моём файле от Атласа всего 275000. По крайней мере столько называет GedMatch и файл для анализа бракует.

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 175
  • Страна: ru
  • Рейтинг +63/-0
Re: Помогите разобраться дебилу!!!
« Ответ #14 : 19 Октябрь 2018, 03:00:48 »
550000? Брешут. В моём файле от Атласа всего 275000. По крайней мере столько называет GedMatch и файл для анализа бракует.
Скорее всего из 550000 снипов Атласа GEDMatch использует только 275000. А Вы грузили в обычный GEDMatch или Genesis?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100