АвторТема: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland  (Прочитано 2372 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн EiportАвтор темы

  • Сообщений: 409
  • Страна: pl
  • Рейтинг +53/-2
  • Y-ДНК: R1a-YP380
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #15 : 09 Октябрь 2018, 14:28:58 »
Исходники:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA318237
Там нет бамов. Из-за этого анализ каждого образца займет много времени. Скачал fastq и поставил маппироваться N17.
Если нужны аутосомы - вытащу в формате 23&me.
Три файла обработаны. Таблица тут.

ли Влядимирь учитывает (и каким путем) ценность параметров типа МАPQ)?
При основной обработке качество маппирования, прочтения нуклеотидов и тп не учитывается, что не удивительно при таком качестве образцов.
При возникновении спорных моментов, например прочтения Z280 у PL_N17, качество параметров сиквенса проверяется непосредственно в баме.
Большое спасибо за ответ!!

Но мой друг из Кракова, довольный этим ответом, спрашивает вновь Уважаемого Влодимиря, ли имел среди снипoв: FTC11915 YP281 = Р1а1а1б1а3а1а1 и YP331 = Р1а1а1б1а2б3д1.
А если так, на каком основании решил, что это блуждающие лекции?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5161
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2413/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #16 : 09 Октябрь 2018, 16:37:16 »
Исходники:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA318237
Там нет бамов. Из-за этого анализ каждого образца займет много времени. Скачал fastq и поставил маппироваться N17.
Если нужны аутосомы - вытащу в формате 23&me.
Три файла обработаны. Таблица тут.

ли Влядимирь учитывает (и каким путем) ценность параметров типа МАPQ)?
При основной обработке качество маппирования, прочтения нуклеотидов и тп не учитывается, что не удивительно при таком качестве образцов.
При возникновении спорных моментов, например прочтения Z280 у PL_N17, качество параметров сиквенса проверяется непосредственно в баме.
Большое спасибо за ответ!!

Но мой друг из Кракова, довольный этим ответом, спрашивает вновь Уважаемого Влодимиря, ли имел среди снипoв: FTC11915 YP281 = Р1а1а1б1а3а1а1 и YP331 = Р1а1а1б1а2б3д1.
А если так, на каком основании решил, что это блуждающие лекции?
Я заново смаппировал эти семплы в БАМы с выравниванием по hg38 - качество несколько улучшилось.
YP281 и YP331 отрицательные для PL_N17

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5161
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2413/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #17 : 09 Октябрь 2018, 16:38:44 »
Образец PL_N28 - G2a - G-PF3345*

Оффлайн EiportАвтор темы

  • Сообщений: 409
  • Страна: pl
  • Рейтинг +53/-2
  • Y-ДНК: R1a-YP380
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #18 : 09 Октябрь 2018, 20:39:38 »
Образец PL_N28 - G2a - G-PF3345*
Cпасибо, Yв. Владимир! Мы благодарны за эту  доброту.
Ho, y нас, к энтузиастам ГГ разбираются неоднородные сообщения также о результатах в тестированию Готов - из Kowalewko (культура Вельбарк; Коw_22, 45, 55, 57). Из каких файлов итд? Наверное "Москва" более того знает!

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 640
  • Страна: am
  • Рейтинг +209/-1
  • J1-Z1842
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #19 : 16 Октябрь 2018, 11:51:12 »
I2a2 L801 это выходцы из культуры глобулярных амфор.
Во всей неолитической Европе только там я видел I2a2a1b2.
« Последнее редактирование: 16 Октябрь 2018, 11:59:58 от Arame »

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10110
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1522/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #20 : 17 Октябрь 2018, 08:42:50 »
I2a2 L801 это выходцы из культуры глобулярных амфор.
Во всей неолитической Европе только там я видел I2a2a1b2.
Может и так. В любом случае среди дДНК они присутствуют у лангобардов, а сегодня подавляющее большинство в Германии, Нидерландах, Англии и Дании.
В общем будущие германцы.

Оффлайн Francois

  • Сообщений: 561
  • Страна: ua
  • Рейтинг +106/-9
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #21 : 17 Октябрь 2018, 09:00:17 »
I-L801 есть и в Польше, и в Украине. И было бы еще больше, если бы Украина больше тестировалась.

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9795
  • Страна: id
  • Рейтинг +506/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #22 : 17 Октябрь 2018, 09:01:36 »
I-L801 есть и в Польше, и в Украине.
Следы всяких там вандалов и прочих готов. 8)

Оффлайн Francois

  • Сообщений: 561
  • Страна: ua
  • Рейтинг +106/-9
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #23 : 17 Октябрь 2018, 09:17:37 »
Следы всяких там вандалов и прочих готов. 8)

Возможно. Но культура шаровидных амфор это эта же территория 6 тысяч лет назад, до готов, славян и т.д. Автохтонное население ?

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10110
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1522/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #24 : 17 Октябрь 2018, 10:11:54 »
I-L801 есть и в Польше, и в Украине. И было бы еще больше, если бы Украина больше тестировалась.
По полпроцента? И что значит "было бы еще больше"? Количественно. Естественно. Но соотношение от этого уже не изменилось бы. Или вы решили, что почему-то у вновь протестированных вместо I2a1 и R1a1 будут сплошь I-L801? С чего такие предположения?
:Ну а присутствие германских игреков в таких количествах на территориях Полльши и Украины как бы вообще никакого удивеония вызывать не должны. После Черняховской, Зарубинецкой и скандинавов. Про Польшу, с ее чуть не сплошь германским населением до новой эры. вообще разговора нет.

Оффлайн Francois

  • Сообщений: 561
  • Страна: ua
  • Рейтинг +106/-9
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #25 : 17 Октябрь 2018, 10:37:46 »
Ну а присутствие германских игреков в таких количествах на территориях Полльши и Украины как бы вообще никакого удивеония вызывать не должны.

Почему именно "германских" ? Когда образовался субклад, ни о каких "германцах" и речи еще не было.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10110
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1522/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #26 : 17 Октябрь 2018, 10:48:34 »
Почему именно "германских" ? Когда образовался субклад, ни о каких "германцах" и речи еще не было.
Да, не было. Но все что пока на нынешний момент имеем, говорит что разошелся он по Европе уже с германцами. Ну пока так.

Оффлайн EiportАвтор темы

  • Сообщений: 409
  • Страна: pl
  • Рейтинг +53/-2
  • Y-ДНК: R1a-YP380

Kujawy N47-CWC 2570 calBC - Kaszuby 82!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100