АвторТема: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland  (Прочитано 2373 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн EiportАвтор темы

  • Сообщений: 409
  • Страна: pl
  • Рейтинг +53/-2
  • Y-ДНК: R1a-YP380
Fernandes D,M,
https://www.nature.com/articles/s41598-018-33067-w#Sec21
| Published: 05 October 2018
A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
•   D. M. Fernandes,
•   D. Strapagiel,
•   P. Borówka,
•   B. Marciniak,
•   E. Żądzińska,
•   K. Sirak,
•   V. Siska,
•   R. Grygiel,
•   J. Carlsson,
•   A. Manica,
•   W. Lorkiewicz &
•   R. Pinhasi

Abstract
Ancient DNA genome-wide analyses of Neolithic individuals from central and southern Europe indicate an overall population turnover pattern in which migrating farmers from Anatolia and the Near East largely replaced autochthonous Mesolithic hunter-gatherers. However, the genetic history of the Neolithic transition in areas lying north of the European Neolithic core region involved different levels of admixture with hunter-gatherers. Here we analyse genome-wide data of 17 individuals spanning from the Middle Neolithic to the Early Bronze Age (4300-1900 BCE) in order to assess the Neolithic transition in north-central Poland, and the local impacts of hunter-farmer contacts and Late Neolithic steppe migrations. We evaluate the influence of these on local populations and assess if and how they change through time, reporting evidence of recurrent hunter-farmer admixture over three millennia, and the co-existence of unadmixed hunter-gatherers as late as 4300 BCE. During the Late Neolithic we report the appearance of steppe ancestry, but on a lesser scale than previously described for other central European regions, with evidence of stronger affinities to hunter-gatherers than to steppe pastoralists. These results help understand the Neolithic palaeogenomics of another central European area, Kuyavia, and highlight the complexity of population interactions during those times.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1110
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1206/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #1 : 05 Октябрь 2018, 20:30:07 »
Анализ древней геномной ДНК населения неолита из центральной и южной Европы показывает общую картину замещения населения, в которой мигрирующие фермеры из Анатолии и Ближнего Востока в значительной степени заменяют автохтонных мезолитических охотников-собирателей. Однако генетическая история неолитического перехода в районах, расположенных к северу от изначального региона распространения европейского неолита, включала различные уровни примеси охотников-собирателей. Здесь мы анализируем геномные данные 17 особей, охватывающие период от среднего неолита до раннего бронзового века (4300-1900 гг. до н. э.), чтобы оценить неолитический переход в северно-центральной Польше, а также местные последствия контактов охотников и фермеров и миграций из степей позднего неолита. Мы оцениваем влияние этих факторов на местное население и оцениваем, если и как они меняются во времени, сообщая данные о повторяющихся эпизодах смешения охотников-собирателей и земледельцев в течение трех тысячелетий и о существовании несмешанных охотников-собирателей еще в 4300 году до нашей эры. Во время позднего неолита мы сообщаем о появлении степных предков, но в меньших масштабах, чем ранее описывалось для других центральноевропейских регионов, с доказательствами более сильного сходства с охотниками-собирателями, чем со степными скотоводами. Эти результаты помогают понять неолитическую палеогеномику ещё одной центральноевропейской области, Куявии, и подчеркивают сложность взаимодействия популяций в те времена.

Supplementary Table S1. Sequencing results and basic sample information

Sample Culture Context date C14 date (cal. BC 95% calibrated range) Site Sex MT Haplogroup Y-DNA Haplogroup
N22 Brześć Kujawski (BKG) 5300-5100 BC 4442 - 4240 Brzesc Kujawski XX U5a1c -
N25 Brześć Kujawski (BKG) 4600-4000 BC - Oslonki XX K2a -
N26 Brześć Kujawski (BKG) 4600-4000 BC 4334 - 4068 Konary XY T2b30 NA
N27 Brześć Kujawski (BKG) 4600-4000 BC - Oslonki XY V14 NA
N28 Brześć Kujawski (BKG) 4600-4000 BC 4251 - 3996 Oslonki XY T2b NA
N31 Brześć Kujawski (BKG) 4600-4000 BC 4323 - 4052 Oslonki XX H26 -
N36 Brześć Kujawski (BKG) 4600-4000 BC - Konary XX J1c5 -
N42 Brześć Kujawski (BKG) 4600-4000 BC 4231 - 3979 Oslonki XX U5b2a1a -
N18 Funnel Beaker (TRB) 3600-3400 BC 3636 - 3389 Pikutkowo XX N1a1a1 -
N19 Funnel Beaker (TRB) 3700-3500 BC 3636 - 3388 Pikutkowo XX V14 -
N20 Funnel Beaker (TRB) 3600-3400 BC 3636 - 3388 Pikutkowo XY H3t NA
N38 Globular Amphora (GAC) 3000-2800 BC 3263 - 2903 Brzesc Kujawski XX T2c1-146 -
N44 Corded Ware (CWC) 2500-2300 BC 2570 - 2340 Pikutkowo XX U5a1b2 -
N45 Corded Ware (CWC) 2500-2300 BC 2570 - 2340 Pikutkowo XX H5a8 -
N47 Corded Ware (CWC) 2500-2300 BC 2570 - 2340 Pikutkowo XY U5b2a2 I2a2a
N49 Corded Ware (CWC) 2500-2300 BC 2570 - 2340 Pikutkowo XY H6a1a I2a2a
N17 Early Bronze Age (EBA) 2000-1800 BC 2016 - 1775 Gustorzyn XY J1c1b1a R1a1

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 1944
  • Страна: 00
  • Рейтинг +486/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #2 : 05 Октябрь 2018, 22:59:42 »


PL_N17 (2000-1800 до н.э.) уже был проанализирован:

Eurogenes, R1a-Z280 from Early Bronze Age Northern Poland
Цитировать
PL_N17, an Early Bronze Age genome from Gustorzyn, Northern Poland, recently uploaded to the European Nucleotide Archive (ENA) under accession number SAMN04633627, belongs to Y-chromosome haplogroup R1a-Z280.

R1a-Z280 today shows very high frequencies (>50%) and relatively high SNP diversity in Northern Poland. This is a strong argument for genetic continuity in Northern Poland since the Early Bronze Age.

The analysis was run by Vladimir Tagankin from YFull, who, I'm told, is also pretty sure that PL_N17 falls under SNP R-S24902.

Interestingly, R-S24902 is an extremely rare marker that currently appears to be most common in Northwestern Europe. But I'd say that there are two very good reasons for this: 1) most Y-chromosomes tested at this sort of level are from Northwestern Europe and 2) today Northwestern Europe shows higher genetic diversity than Eastern Europe. So I expect this pattern to be repeated for many other high resolution ancient Y-chromosome samples from Central and Eastern Europe.

Update 19/06/2017: Here's a Principal Component Analysis (PCA) featuring PL_N17 alongside several other ancient samples from Poland and the Czech Republic.

и здесь:
Polish aDNA PCA
Цитировать
Below is a Principal Component Analysis (PCA) that I put together for an upcoming presentation on Polish ancient DNA (aDNA). The five RISE samples are from Allentoft et al. 2015, including RISE569, the early Slavic genome from the Czech Republic, which was initially wrongly labeled as a Czech Bell Beaker (see here). PL_N17 is an Early Bronze Age (EBA) sample from Gustorzyn, Northern Poland (see here).

интересно, что согласно результатам f3 статистики, связь с современными балто-славянскими популяциями у него на уровне раннеславянского же RISE569 из Чехии:
Цитировать
Poland_EBA PL_N17
Lithuanian 0.175778
Ukrainian_West 0.174866
Sorb 0.174334
Estonian 0.174313
Icelandic 0.17397
Irish 0.173863
Polish_West 0.173743
Polish_East 0.173549
Czech 0.173545
Norwegian 0.173533

Early Slav RISE569
Sorb 0.169171
Lithuanian 0.168945
Estonian 0.168819
Polish_West 0.168267
Polish_East 0.168143
Irish 0.168092
Czech 0.167941
Norwegian 0.167787
Icelandic 0.167696
Finnish 0.167685
Согласно дополнительным материалам к статье, Pl_N17 мог принадлежать к ранней стадии Тш(т)инецкой культуры:
Цитировать
...
The skeleton from the Early Bronze Age (individual N17) comes from a damaged burial discovered at
the Gustorzyn site. Despite the absence of archaeological artifacts, the absolute dating of the
skeleton suggests that the burial must have belonged either to the Iwno culture or to the early
Trzciniec culture
. Morphologically, the skeleton was of a 40–50-year-old male.

у более древних N47 и N49 - 2500-2300 до н.э., думается, дрейф в сторону современных северо-восточных европейцев может оказаться примерно на том же уровне, из-за повышенного компонента западноевропейских охотников-собирателей

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10110
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1522/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #3 : 05 Октябрь 2018, 23:22:10 »
N47  и N49 - ещё два I2a2a засветились, теперь среди шнуровиков.
До бронзы чуть не во всех культурах от Пиренеев и Британии до Волги присутствуют и не в малых количествах. Приход многочисленных земледельцев-нелитчиков пережили, а вот потом...

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 1944
  • Страна: 00
  • Рейтинг +486/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #4 : 05 Октябрь 2018, 23:27:12 »
N47  и N49 - ещё два I2a2a засветились, теперь среди шнуровиков.
До бронзы чуть не во всех культурах от Пиренеев и Британии до Волги присутствуют и не в малых количествах. Приход многочисленных земледельцев-нелитчиков пережили, а вот потом...
у чешского шнуровика I7272 тоже была I2a2a, вместе с отсутствием "Ямного компонента")

[1] distance%=3.8801 / distance=0.038801

Corded_Ware_Czech:I7272

Barcin_N 82.6
WHG 17.4
Ukraine_Eneolithic:I6561 0
Yamnaya_Samara 0

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +155/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1171
  • Страна: ru
  • Рейтинг +273/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #6 : 06 Октябрь 2018, 12:02:02 »
N47  и N49 - ещё два I2a2a засветились, теперь среди шнуровиков.
До бронзы чуть не во всех культурах от Пиренеев и Британии до Волги присутствуют и не в малых количествах. Приход многочисленных земледельцев-нелитчиков пережили, а вот потом...
Ещё и N27 под вопросом:


Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5161
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2413/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #7 : 07 Октябрь 2018, 12:15:26 »
Исходники:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA318237
Там нет бамов. Из-за этого анализ каждого образца займет много времени. Скачал fastq и поставил маппироваться N17.
Если нужны аутосомы - вытащу в формате 23&me.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5161
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2413/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #8 : 08 Октябрь 2018, 14:34:45 »
Исходники:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA318237
Там нет бамов. Из-за этого анализ каждого образца займет много времени. Скачал fastq и поставил маппироваться N17.
Если нужны аутосомы - вытащу в формате 23&me.
Три файла обработаны. Таблица тут.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5161
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2413/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #9 : 08 Октябрь 2018, 14:56:56 »
Попробовал вытащить аутосомы для PL_N17 - M520975 на gedmatch
не знаю правда насколько корректно получилось, так как образцы по покрытию не особо хороши

Оффлайн EiportАвтор темы

  • Сообщений: 409
  • Страна: pl
  • Рейтинг +53/-2
  • Y-ДНК: R1a-YP380
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #10 : 08 Октябрь 2018, 15:37:36 »
Три файла обработаны. Таблица тут.
Bravo, Vladimir!

Оффлайн EiportАвтор темы

  • Сообщений: 409
  • Страна: pl
  • Рейтинг +53/-2
  • Y-ДНК: R1a-YP380
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #11 : 08 Октябрь 2018, 15:39:32 »
Попробовал вытащить аутосомы для PL_N17 - M520975 на gedmatch
не знаю правда насколько корректно получилось, так как образцы по покрытию не особо хороши
Dziękujemy!

Оффлайн EiportАвтор темы

  • Сообщений: 409
  • Страна: pl
  • Рейтинг +53/-2
  • Y-ДНК: R1a-YP380
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #12 : 08 Октябрь 2018, 19:23:46 »
Исходники:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA318237
Там нет бамов. Из-за этого анализ каждого образца займет много времени. Скачал fastq и поставил маппироваться N17.
Если нужны аутосомы - вытащу в формате 23&me.
Три файла обработаны. Таблица тут.

ли Влядимирь учитывает (и каким путем) ценность параметров типа МАPQ)?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5161
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2413/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #13 : 09 Октябрь 2018, 06:36:06 »
PL_N20 [Funnel Beaker (TRB)] - C1a - C-F16270

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5161
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2413/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: A genomic Neolithic time transect of hunter-farmer admixture in central Poland
« Ответ #14 : 09 Октябрь 2018, 06:39:15 »
Исходники:
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA318237
Там нет бамов. Из-за этого анализ каждого образца займет много времени. Скачал fastq и поставил маппироваться N17.
Если нужны аутосомы - вытащу в формате 23&me.
Три файла обработаны. Таблица тут.

ли Влядимирь учитывает (и каким путем) ценность параметров типа МАPQ)?
При основной обработке качество маппирования, прочтения нуклеотидов и тп не учитывается, что не удивительно при таком качестве образцов.
При возникновении спорных моментов, например прочтения Z280 у PL_N17, качество параметров сиквенса проверяется непосредственно в баме.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100