К сожалению, на первом этапе поиска нет никакой другой стратегии как смотреть на ближайшие по аллелям (т. е. значениям маркёров) гаплотипы. А среди них могут быть как реально близкие (1000 лет и ближе), так и весьма далёкие (свыше 3000 лет) субъекты.
В идеале нужно только глубокое Y-SNP покрытие, будущее за этим. По мне хоть всю тысячу маркёров секвенируют, да только толку от них, как от пачки фантиков.