По первому вопросу. Из приведённых деталей следует, что оба племени происходят от двух сыновей одного отца. Мутировали оба, просто каждый по своему. Сравнивать надо с гаплотипом их общего отца.
Вопрос второй, дополнение. В данном случае речь идёт уже не об образцах-сверстниках, а о ДНК разных эпох. РУА, да и просто секвенс сразу укажет, кто из них был хронологически раньше.
P. S. Человек задаёт нетривиальные вопросы выше среднего уровня, но при этом утверждает, что так и не понял мануала для новичков, где нет ни одного заумного слова. Тут либо шутник, либо тролль в поисках еды.