АвторТема: R2 - T13500C  (Прочитано 1337 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 414
  • Страна: ru
  • Рейтинг +290/-0
Re: R2 - T13500C
« Ответ #15 : 29 Июнь 2018, 18:58:10 »
Обработал данные более тщательно - удалось составить дерево гаплогруппы R2 (mtDNA) в более соответствующем действительности виде при исключении из расчетов наиболее часто меняющихся снипов - был взят список с сайта James Lick (https://dna.jameslick.com/mthap), а именно: 309.1C 309.2C 315.1C 522- 523- 524- 16182C 16183C 16193.1C 16193.2C 16519C.

На получившееся дерево нанесены гаплогруппы согласно PhyloTree 17.
Очевидно, что PhyloTree пора обновлять :)

Но дело не в этом. Интереснее, что постепенно всё чётче вырисовывается место происхождения R2 и R2-T13500C -
и наиболее вероятным на данный момент этим местом представляется Иран.



Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6257
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1133/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: R2 - T13500C
« Ответ #16 : 17 Март 2019, 15:43:13 »
Кто-нибудь встречал Мито R2 - T13500C

https://www.yfull.com/mtree/R2-a/

Оффлайн TK

  • Сообщений: 414
  • Страна: ru
  • Рейтинг +290/-0
Re: R2 - T13500C
« Ответ #17 : 03 Октябрь 2019, 17:10:26 »
Цитировать
... для млекопитающих бесполое размножение невозможно...

д.б.н. Щербаков В.П. в интервью для радио Свобода 2007 г.

Да-да-да, без женщин генеалогии бы один фиг не было бы - и поэтому не устану повторять, что при анализе миграций следует учитывать и mtDNA.
Миграции женщин могут отличаться от миграций мужчин - за последние года встречалось несколько статей на эти темы.
Но, в общем случае, миграции женщин, как мне кажется, пока менее привлекают внимание и менее изучены.

Долго (2 минуты) думал, куда пост сделать, но попался хороший пример - ветка mtDNA R2b - вот сюда и помещу его, ибо R2b это часть R2-T13500C.
В настоящий момент что в PhyloTree (build 17), что у YFull (1.02.00 (28 Сентябрь 2019)) эта ветка имеет лишь 1 подветку R2b1 и выглядит совсем линейно - см. Yfull R2b MTree.

На самом же деле, если собрать уже имеющиеся доступные образцы из научных БД, то с помощью того же ПО Mega относительно легко можно построить вполне нормальное дерево, например:

Здесь красным цветом отмечены гаплогруппы, которые пока нигде не выделены официально, а чёрным цветом - официальные, общепринятые.

А вот если задуматься, как R2b могла попасть из Ирана (выше в этой ветке это происхождение мной упоминалось для R2), например, в Финляндию или Польшу, то можно сперва даже не пробовать ломать себе голову.
Но изучение истории совсем легко решает эту загадку -> следует рассмотреть Великую Болгарию, далее Волжскую Булгарию и т.п.
(ниже использована карта согласно лицензии Public Domain из Википедии из статьи про Великую Болгарию)



Помимо общей картины для R2b, внимание привлекает достаточно точно датируемое выделение ветки R2b3, выделение которой пока можно связать с рождением и распадом Волжской Булгарии.
Интересна миграция подгруппы R2b3b вверх по Волге - видимо, в сторону вепсов и далее - в Финляндию.

В-общем, не следует бояться изучения mtDNA - там могут оказаться вполне интересные результаты и вполне в исторически доступном времени!
(правда, не всё так тривиально для подгрупп возрастом лет так 5-10 тыс., но об этом постараюсь попозже собрать свои соображения - там тоже история как наука иногда может помочь).
Очень надеюсь на успех (и желаю его) Yfull - может, это наконец-то привлечёт побольше человеков протестировать свою mtDNA.

P.S. Хотя я на карте нанёс R2b, но на самом деле R2b - это не Великая Болгария, а Иран, и скорее его северо-запад, как я сейчас понимаю!
Просто я хотел показать направление, откуда он пришёл, а карты ниже не было, поэтому там стрелочка :)
« Последнее редактирование: 03 Октябрь 2019, 18:24:14 от TK »

Оффлайн TK

  • Сообщений: 414
  • Страна: ru
  • Рейтинг +290/-0
Re: R2 - T13500C
« Ответ #18 : 17 Октябрь 2019, 16:43:07 »
Данных-то вполне достаточно, а времени всё никак на всё не хватает.
Тем не менее, сделал попытку для R2-T13500C довести размышления до логичного итога.
Собственно, основное понятно по карте (именование субкладов частично неофициальное и сделано согласно моего поста выше):



На карту не нанесены многие субклады, которые пока ещё не выделены и могли бы обозначаться как R2-T13500C *
Часть миграций (в сторону Саудовской Аравии + Йемен + Оман) - встречались в литературе (точно их не помню, но то ли как "нашествие арабов", то ли типа того) - главное, они были и есть задокументированные.
Есть одна интересная миграция - один из субкладов R2-T13500C * мигрировал в сторону Таиланда!

Однако, всё более чем согласуется с гипотезой, согласно которой R2-T13500C соответствует Бактрии - это могу утверждать уже с очень большой точностью.
Подтвердилась кстати, теория восточно-иранского происхождения булгар!

P.S. В качестве основы для карты использованы данные Natural Earth (согласно лицензии public domain): Made with Natural Earth.
Изменения: немного обновил картинку с добавлением направления на Индию/Таиланд и в Оман.
« Последнее редактирование: 18 Октябрь 2019, 15:32:05 от TK »

Оффлайн AsekeАвтор темы

  • Сообщений: 11
  • Страна: kz
  • Рейтинг +2/-0
  • Ajarli korkin sulu janim Bir korip unap qaldin
  • Y-ДНК: M Y-Q1b1 Y2250 ЖМ N1c1 L1026+
  • мтДНК: Ж - C5a1 МЖ R2-T13500C
Re: R2 - T13500C
« Ответ #19 : 18 Октябрь 2019, 05:39:45 »
Очень познавательно, спасибо большое Тимофей!

Оффлайн TK

  • Сообщений: 414
  • Страна: ru
  • Рейтинг +290/-0
Re: R2 - T13500C
« Ответ #20 : 21 Октябрь 2019, 19:02:30 »
Мда, а ведь "истина где-то... на этой планете".
(Думая о чём-нибудь, вполне можно придти к новым мыслям.)

Филогения mtDNA вообще не такая простая вещь.
Решил я глянуть, а что у нас есть по mtDNA R2*.
Собственно, для aDNA R2* кроме образцов из Tepe Abdul Hosein ничего сходу и не нашёл.
https://doi.org/10.1126/science.aaf7943

Верховья гор Загрос - место, где найдены aDNA R2
Однако, качество секвенирования данных образцов - не идеальное.
И для филогении их надо учитывать вручную.
Ранее я не сделал эту поправку и это повлияло на дерево (в посте выше в этой теме чуть более года назад).

Первый взгляд с учётом этого безобразия показал, что возникновение R2-T13500C, могло состояться и в чуть ином месте! (Кривой козе и 3000 вёрст не крюк)
Однако, на основное место его существования/разделения - Бактрию, это, похоже, в итоге не повлияет.

Для попытки оценить пути миграции я пользовался также данными о наиболее благоприятных местах/путях согласно:
Kondo Y. et al. (2018) Ecological Niche and Least-Cost Path Analyses to Estimate Optimal Migration Routes of Initial Upper Palaeolithic Populations to Eurasia. In: Nishiaki Y., Akazawa T. (eds) The Middle and Upper Paleolithic Archeology of the Levant and Beyond. Replacement of Neanderthals by Modern Humans Series. Springer, Singapore. doi:10.1007/978-981-10-6826-3_13

Было рассмотрено 2 вероятных пути миграции из верховьев Загроса (R2) к Бактрии - южный и северный.
Можно утверждать, что оба пути были испробованы для миграции (часть R2* мы наблюдаем... в Грузии!).



Однако, в итоге, судя по всему, победил южный путь миграции (речь идёт о маршруте к Бактрии).
На это, похоже, указывает образец KC911379 из:
Derenko M, Malyarchuk B, Bahmanimehr A, Denisova G, Perkova M, Farjadian S, et al. (2013) Complete Mitochondrial DNA Diversity in Iranians. PLoS ONE 8(11):e80673.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0080673
К сожалению, авторы не указали, откуда именно этот образец, но по моим прикидкам он может оказаться из иранской провинции Фарс.

Кроме того, южный маршрут облегчает объяснение наличия представителей R2-T13500C в Индонезии и, разумеется, Индии.
А на Аравийский полуостров (Саудовская Аравия, Йемен, Оман), похоже, вообще было 2 миграции, прилично разделённые по времени.

В-общем, будет время - займусь более полной филогенией R2.
(тьщу себя надеждой, что YFull успеет раньше и тогда мне удастся просто привлечь их дерево вместо сочинения своего - это бы сильно облегчило работу :)


Оффлайн TK

  • Сообщений: 414
  • Страна: ru
  • Рейтинг +290/-0
Re: R2 - T13500C
« Ответ #21 : 22 Октябрь 2019, 17:07:36 »
Что же делали эти люди (R2->R2-T13500C) в своё время?

Это же было достаточно давно (речь о 8-20 тыс. лет назад) и разнообразием занятия людей в какой-то местности тогда ещё сильно не отличались.
Не утруждая себя особо, обнаруживаем, что "предполагается, что человеку впервые удалось приручить коз именно в Загросских горах" (примерно 9-11 тыс. лет назад, но наверняка +-, ибо там же вообще непростая история одомашнивания в нескольких местах сразу).

Ну что-ж, возьмём за основу, что это были скотоводы и разводили они коз :)
Козы - существа, не особо любящие возиться возле воды, стало быть и мигрировали племена с козами по горным и полузасушливым районам.
Южный путь по горам более чем удовлетворяет такой миграции, за исключением тех, кто бросил коз и спустился к реке Инд - они так и остались потом в Индии (без коз, но скорее с коровами), а также мигрировали в сторону Таиланда.

Горы - штука очень полезная для человечества, но жить там - и просто, и непросто.

И тут мне встретилась интересная статья:
Longli Kang, Hong-Xiang Zheng, Feng Chen, Shi Yan, Kai Liu, Zhendong Qin, Lijun Liu, Zhipeng Zhao, Lei Li, Xiaofeng Wang, Yungang He, Li Jin, mtDNA Lineage Expansions in Sherpa Population Suggest Adaptive Evolution in Tibetan Highlands, Molecular Biology and Evolution, Volume 30, Issue 12, December 2013, Pages 2579–2587, https://doi.org/10.1093/molbev/mst147

Авторы изучали, нет ли каких-то особенностей mtDNA для популяций высокогорных народов (шерпов)?
Были найдены и предложены несколько таких вариантов - в том числе мутация T4216C.
Однако, как мы знаем, эта же мутация определяет также и гаплогруппу R2'JT !

Разумеется, пока далеко не доказано, что наличие такой мутации как-то облегчает восприятие высокогорья, однако стоит отметить такое совпадение - это забавно!
И, конечно, это скорее всего никак не проявилось на скорее равнинных JT (впрочем, кто знает - может, их широкое распространение было облегчено более высокой выносливостью за счёт большего выживания в ситуациях кислородного голодания (например, рождающийся ребёнок при родах испытывает кислородное голодание и выживаемость может зависеть и от генетических особенностей организма)?).

В качестве дополнения: чтобы самостоятельно поискать, какие особенности могут иметь мутации Вашего субклада mtDNA, Вы можете самостоятельно поискать их, например, просто по позиции (разумеется, с учетом самой мутации, например, T-C в рассматриваемом случае T4216C) - в сервисе MITOMAP: https://www.mitomap.org/foswiki/bin/view////Main/SearchAllele
В ссылках (references) Вы увидите статьи, которые посвящены той мутации, которую Вы ищите.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100