Из-за отсутствия свиней Гамкрелидзе и Иванов предполагают маловероятным что Ботайцы были индо-европейцами. Тем не менее прямо целиком они такую возможность не отрицают. Но само слова "коня" они вроде как к Ботайцам первоаначльно относят и у других - в качестве заимствования. Самих ботайцев они предположительно он енисейцев выводят.
ИМХО и ботайцы запросто могли быть индоевропейцаим. Но хетты - как несомненные первые ИЕ зафиксированные письменно нуждаются и в хорошей представленности по дДНК во всех видах: и по Y и по мито и несомненно по аутосомам.
На самом деле, ботайцы идеально подходят на роль прото-монголов.
Здесь несколько факторов:
1. Гаплогруппы N и R1b (смотри недавнюю статью с находками в Монголии R1b).
2. Лошадь Пржевальского - потомок коней ботайцев.
3. Связи монгольского с уральскими языками и тюркским, а также с дравидскими (от Ботая провести связь к южной Средней Азии проще чем искать дравидов на Алтае и Гоби).
В итоге получается, что ямная культура, это урало-алтайские языки, со всеми ее связями с Ближним Востоком.
Средний Стог и прочие древние R1a - палеоевропейцы.
Далее, продвижение ямников на Восток захватывает ботайцев и отодвигает монгольские языки собственно в Монголию.
Движение же ямников на Запад в смешении с кавказскими образует ранние ИЕ языки (Катакомбная культура), либо вариант с Трипольем (по Рожанскому) в рамках теории креолизации.
Наконец, вторжение палеоевропейцев R1a расщепляет урало-алтайские на собственно уральские и тюркские с одной стороны (в рамках Андроновской происходит обособление уральских и тюркских языков), с другой, приводит к сатемизации ранних ИЕ языков.