АвторТема: Полногеномный сиквенс (WGS), где и как использовать результаты?  (Прочитано 1861 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Заказал Whole genome sequencing в Dante Labs.
10 дней уйдёт на отправку-доставку.
Сам тест грозятся сделать за 50 дней.
То есть, к середине-концу мая возможно получу результат.

Основной вопрос: а что с ним делать?

Вроде отпадает в части игрек снипов и СТРов. Зашлю в YFull. Непрочитанные позиции (снипы), если таковые будут в ключевых узлах дерева субкладов, буду проверять в YSEQ.

Не понятно с мито. Но если в ВАМ файле будет, то тот же YFull её проанализирует.

Что с аутосомами?
Аутосомы используем для сл. вещей (по убыванию значимости):
1. Анализ родства с другими протестированными.
2. Этноанализ.
3. Анализ генетических предрасположенностей к различным заболеваниям.
4. Генетические предрасположенности (цвет глаз, метаболизм, интеллект и пр.).

Может кто-то подскажет, куда результаты WGS можно пристроить для интерпретаций?      ::)

Заранее всем спасибо!    :)

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Да, в инициальном сообщении забыл помянуть Х хромосому. Но с ней вообще не особо понятно. Исключая то, что можно выделить (или отсечь) какие-то ветви в дереве.

Т.е. речь идёт всё о тех же попарных сравнениях (УПСах).

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Прочитал в параллельной ветке о возможности обрезать аутосомы по третьему чипу и воткнуть в ГедМатч. (Речь, правда, идёт о совсем другой лаборатории.)

Меня это совершенно не интересует в том смысле, что сделал уже тесты и в 23эндМи и в ФТДНА (ФФ).
Весь смысл в том, чтобы использовать именно полный геном для попарных сравнений.
Посмотреть, насколько точнее и глубже можно детектировать родство. Ведь если абстрагироваться от инструментальных ошибок, то это уже предел.      :o

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 929
  • Страна: ru
  • Рейтинг +262/-5
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY89957
  • мтДНК: V7a1
Прочитал в параллельной ветке о возможности обрезать аутосомы по третьему чипу и воткнуть в ГедМатч. (Речь, правда, идёт о совсем другой лаборатории.)

Меня это совершенно не интересует в том смысле, что сделал уже тесты и в 23эндМи и в ФТДНА (ФФ).
Весь смысл в том, чтобы использовать именно полный геном для попарных сравнений.
Посмотреть, насколько точнее и глубже можно детектировать родство. Ведь если абстрагироваться от инструментальных ошибок, то это уже предел.      :o

Когда-то (года 2 назад) в переписке Хэйвард (создатель Гедматча) упоминал, что будущая версия Гедматча (ныне получившая название Генезис) будет иметь задел под аутосомы из WGS. Без сроков, но всё таки, упоминал. Так что есть шанс даже того, что к моменту доставки Вам результатов, ничего резать не надо будет  :)
Ума, правда, не приложу, сколько выйдет по стоимости хранение WGS, когда они станут столь же массовыми, как FF. Может быть даже такое, что владельцам WGS придется платить абонентскую плату за то, что их файлы хранят  ???

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
У меня другой ход мысли.
Может кто-то создаст утилиту, позволяющую сравнивать на предмет УПСов два, или несколько геномов?      ::)

В конце-концов, Ай-Тишник, по нынешним временам, - самая распространённая профессия. Глядишь, кто-нибудь и смудрит чего.    :)

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Сам же и за офф-топлю слегка эту тему.

Считаю, как бы, геном - полной инструкцией по построению организма. Размерами в около четырёх миллиардов баз.

Вот это я понимаю код! Одних нейронов в мозгу почти 90 миллиардов.       ;D

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2052
  • Страна: ru
  • Рейтинг +416/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Прочитал в параллельной ветке о возможности обрезать аутосомы по третьему чипу и воткнуть в ГедМатч. (Речь, правда, идёт о совсем другой лаборатории.)

Меня это совершенно не интересует в том смысле, что сделал уже тесты и в 23эндМи и в ФТДНА (ФФ).
Весь смысл в том, чтобы использовать именно полный геном для попарных сравнений.
Посмотреть, насколько точнее и глубже можно детектировать родство. Ведь если абстрагироваться от инструментальных ошибок, то это уже предел.      :o

Когда-то (года 2 назад) в переписке Хэйвард (создатель Гедматча) упоминал, что будущая версия Гедматча (ныне получившая название Генезис) будет иметь задел под аутосомы из WGS. Без сроков, но всё таки, упоминал. Так что есть шанс даже того, что к моменту доставки Вам результатов, ничего резать не надо будет  :)
Ума, правда, не приложу, сколько выйдет по стоимости хранение WGS, когда они станут столь же массовыми, как FF. Может быть даже такое, что владельцам WGS придется платить абонентскую плату за то, что их файлы хранят  ???
Так в базе Генезис вроде уже есть полногеномные образцы.
https://genesis.gedmatch.com/v_OneToMany2.php?kit=ZP6643585 Например
Я даже сравнил образец из FGC и из Dante. Больше 2 млн snp учавствуют в сравнении.
2149947 SNPs used for this comparison.
Ссылка не работает. Надо залогиниться.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Так в базе Генезис вроде уже есть полногеномные образцы.
https://genesis.gedmatch.com/v_OneToMany2.php?kit=ZP6643585 Например
Я даже сравнил образец из FGC и из Dante. Больше 2 млн snp учавствуют в сравнении.
2149947 SNPs used for this comparison.

Не вполне понял. Речь идёт о сравнении полного сиквенса игрек хромосомы?
Или же о полном сиквенсе генома?


:)

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Ссылка не работает. Надо залогиниться.

Скриншотика бы...  ::)

Делал платную версию ГедМатча (не Генезис). Оказалась фигня полная.
Генезис (так понимаю, он тоже платный) сделаю, когда результат получу. А пока может кто картинками побалует.    :)

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2052
  • Страна: ru
  • Рейтинг +416/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Так в базе Генезис вроде уже есть полногеномные образцы.
https://genesis.gedmatch.com/v_OneToMany2.php?kit=ZP6643585 Например
Я даже сравнил образец из FGC и из Dante. Больше 2 млн snp учавствуют в сравнении.
2149947 SNPs used for this comparison.

Не вполне понял. Речь идёт о сравнении полного сиквенса игрек хромосомы?
Или же о полном сиквенсе генома?


:)
Это по аутосомам сравнение без X и Y. Если два образца FF взять в сравнении участвуют около 600000 snp.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Вот тебе. Оказалось, что Генезис бесплатный. Зарегистрировался. Грузить пока туда нечего.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2052
  • Страна: ru
  • Рейтинг +416/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Это по аутосомам сравнение без X и Y. Если два образца FF взять в сравнении участвуют около 600000 snp.

Спасибо!   :)

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2052
  • Страна: ru
  • Рейтинг +416/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Вот тебе. Оказалось, что Генезис бесплатный. Зарегистрировался. Грузить пока туда нечего.
так я туда все свои результаты 23andMe и FF залил.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Интересное кино:

Largest segment = 53.6 cM

Total Half-Match segments (HIR) = 2562.4 cM (71.4 Pct)
Estimated number of generations to MRCA = 1.2

169 shared segments found for this comparison.

2149947 SNPs used for this comparison.

71.0 Pct SNPs are full identical

Comparison took 4.017 seconds.
CPU time used: 0.203 cpu seconds.

Ver: Feb 16 2018 22:56:37


Estimated number of generations to MRCA = 1.2, Карл!     :o

То есть, геномы полные, а считают по старому. Вот и получились братишками.     :-X

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100