АвторТема: Методы определения возрастов адмиксов  (Прочитано 1568 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1665/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #15 : 27 Февраль 2018, 20:59:24 »
Отлично. Не хочу спойлерить, в апреле выйдут материалы Крупновских чтений. Эта цифра- 1200 лет до н.э. и Армения там окажутся очень сильно завязанными с темой кавказских алан.

Чтобы быть точным:

Цитировать
We show that Armenian diversity can be explained by several mixtures of Eurasian populations that occurred between ~3,000 and ~2,000 BCE, a period characterized by major population migrations after the domestication of the horse, appearance of chariots, and the rise of advanced civilizations in the Near East. However, genetic signals of population mixture cease after ~1,200 BCE when Bronze Age civilizations in the Eastern Mediterranean world suddenly and violently collapsed. Armenians have since remained isolated and genetic structure within the population developed ~500 years ago when Armenia was divided between the Ottomans and the Safavid Empire in Iran.
« Последнее редактирование: 27 Февраль 2018, 21:24:48 от Yaroslav »

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1665/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #16 : 28 Февраль 2018, 00:35:02 »
О методе ALDER из публикации Вадима Веренича ALDER АНАЛИЗ ПРОИСХОЖДЕНИЯ БЕЛОРУСОВ И ПОЛЯКОВ

Цитировать
Метод ALDER  выявляет нюансы популяционной истории через оценку двух важных параметров: а) рекомбинации — процесса обмена участками между разными молекулами ДНК, который напоминает перемешивание игральных карт в колоде (у человека он обязательно происходит при образовании половых клеток) и б) неравновесия по сцеплению [Linkage Disequilibrium - LD] — явления, при котором несколько участков ДНК передаются вместе блоками, которые формируются несколько по-разному в разных популяциях из-за того, что в разных популяциях наследуются разные комбинации сегментов ДНК. Таким образом, метод основан на выявлении специфических для каждой популяции сцепленных участков ДНК и на оценке доли общих сегментов в выборках сравниваемых популяций. При этом метод ALDER на основе оценки неравновесия по сцеплению определяет правдоподобность того, что две выбранные группы являются предковыми по отношению к анализируемым популяциям. Кроме того, метод позволяет также установить время смешения через оценку доли рекомбинаций на поколение.

Как было сказано выше, метод ALDER представляет собой расширенный вариант алгоритма ROLLOFF. Этот метод позволяет производить математическую оценку как времени, так как и уровня адмикса. Оценка производится на основании анализа неравновесия по сцеплению между SNP-ами. Тут необходимо вспомнить стандартное определение неравновесия по сцеплению.Неравновесием по сцеплению (часто используется английская аббревиатура LD) называется неслучайная связь между двумя аллелями, в силу которой определенные комбинации аллелей встречаются наиболее часть. В теории,  чем дальше друг от друга находятся SNP-ы, тем меньше будет уровень LD. Темп угасания снижения  LD в адмиксе напрямую связана с числом поколений, прошедших с момента адмикса,  так как c возрастанием числа поколений увеличивается число рекомбинаций произошедших между  двумя отдельными SNP-ами. Проще говоря: Rolloff соответствует экспоненциальной кривой угасания уровня LD от расстояния, и эта скорость экспоненциального снижения как раз и используется  для оценки числа поколений, так и уровня адмикса в анализируемой популяции. Учитывая, что одно поколение примерно равно 29 лет, можно преобразовать число поколений в года.
« Последнее редактирование: 28 Февраль 2018, 00:42:38 от Yaroslav »

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 7049
  • Страна: gr
  • Рейтинг +566/-27
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #17 : 28 Февраль 2018, 15:10:50 »
http://admixturemap.paintmychromosomes.com
Возраста Адмиксов среди многих народов, на карте можно кликать и смотреть

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 7049
  • Страна: gr
  • Рейтинг +566/-27
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #18 : 28 Февраль 2018, 15:18:47 »

Конечно Фаера заносит с Крымом :).

С Крымским Ханством которое было на 100 км севернее нынешних територий Карачаево-Черкесии.
И давало там это государство Крымшамхальские и другие титулы разным местным Кара-Черкесам
« Последнее редактирование: 28 Февраль 2018, 15:25:53 от Fire »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 4817
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1665/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #19 : 28 Февраль 2018, 16:35:21 »
Более простым языком о неравновесном сцеплении (Linkage Disequilibrium) и методиках датировок адмиксов  :) Это хорошо знакомые нам общие сегменты. Если два участка ДНК находятся на одной и той же хромосоме неподалеку друг от друга, то они с высокой вероятностью совместно передадутся (или совместно не передадутся) потомку. Мерой сцепленности являются сантиморганиды cM. Расстояние между участками 1 cM означает, что при передаче ребенку на этом участке с вероятностью 1% произойдет разрыв сегмента. Следовательно, чем сегмент короче, тем реже он распадается при поколенных переходах, и с ходом времени длинные сегменты постепенно превращаются в короткие (но какая-то часть длинных все равно сохраняется). Например, для казахской выборки кривые распределения по моим данным выглядят так:

Если между двумя популяциями произошел новый адмикс, это создаст новую порцию общих длинных сегментов между ними и форма графика нарушится. Например, на картинке выше у алтайцев количество сегментов 3-4 сМ с казахами ниже, чем у тувинцев и якутов, а сегментов 4-5 и 5-6 сМ - столько же. Можно предположить, что адмикс с алтайцами у казахов был позже, чем с тувинцами и якутами. Для папуасов, наоборот, кривая опускается к нулю быстрее всех. Следовательно, адмикс с ними предполагается наиболее древним. Вообще тут будет правильнее говорить не об адмиксе, а об аутосомном аналоге ВБОПа.

То есть в целом логика тут есть. Но на практике я не верю в достоверность получаемых датировок, поскольку дрейф очень сильно влияет на количество и длину сегментов - в частности, благодаря составным сегментам. Уже само по себе это может занизить результат в разы. К примеру, на графике у казахов больше сегментов с тувинцами, якутами и алтайцами, чем с собственно казахами, поскольку казахи - менее однородная и менее отдрейфовавшая популяция. Далее, если казахи повлияли на третью популяцию, при ее исследовании адмикс может проявиться, не как собственно казахский, а как "восточносибирский". Время какого события должна показать при этом датировка? Если адмиксов было несколько, или один, но длительный, датировка также собьется. Предположительно, в большинстве случаев самое сильное влияние на итоговый результат при этом должно быть у самого позднего события. В общем, подводных камней множество.

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9568
  • Страна: id
  • Рейтинг +475/-26
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #20 : 28 Февраль 2018, 17:09:55 »
Чтобы быть точным:
Цитировать
Armenians have since remained isolated and genetic structure within the population developed ~500 years ago
when Armenia was divided between the Ottomans and the Safavid Empire in Iran.
А это около 500 лет назад - не считается последним адмиксом у армян? ???

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1665/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #21 : 28 Февраль 2018, 17:23:49 »
А это около 500 лет назад - не считается последним адмиксом у армян? ???

Насколько я понимаю, популяции, из которых сложился современный армянский народ (наверно, так будет назвать правильней, чем армяне) после ~1200 г. до н.э. не испытывали значительных адмиксов и эволюционировали до формирования современной армянской генетической структуры, завершившейся ~500 лет назад.

Понятно, что после даты ~1200 лет назад как раз происходили самые крупные процессы армянизации восточно-анатолийских и закавказских этносов (ранее говоривших на хуррито-урартских, индоевропейских, и возможно также других, не доживших до фиксации и поэтому неизвестных нам языках) но, получается, что каких-либо значимых аутосомных следов эти процессы не оставили.

Я так думаю © :)
« Последнее редактирование: 28 Февраль 2018, 23:35:44 от Yaroslav »

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 482
  • Страна: ru
  • Рейтинг +203/-15
  • Y-ДНК: r1b
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #22 : 28 Февраль 2018, 23:26:17 »
Спасибо, yважаемый Srkz. Какoe количество аутосомных дДНК необходимо иметь в определенной хронологии, чтобы можно было  разгрести   такие "подводныe камни" , и чтобы методика не хромала?

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1665/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #23 : 01 Март 2018, 00:14:31 »
Спасибо, Сергей, за объяснение! Ждал Вашего сообщения в этой теме :)

на практике я не верю в достоверность получаемых датировок, поскольку дрейф очень сильно влияет на количество и длину сегментов - в частности, благодаря составным сегментам. Уже само по себе это может занизить результат в разы.

Правильно ли я понимаю, что подсчёт возраста появления примеси может его ошибочно омолодить, но не ошибочно состарить?

То есть, если, например, армянам посчитали появление последней примеси ~1200 лет до н.э., то значит позже данного возраста примесей не было уже точно?

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7912
  • Страна: kz
  • Рейтинг +682/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #24 : 01 Март 2018, 07:53:43 »
http://admixturemap.paintmychromosomes.com
Возраста Адмиксов среди многих народов, на карте можно кликать и смотреть
Спасибо

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1665/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #25 : 01 Март 2018, 08:09:26 »
http://admixturemap.paintmychromosomes.com
Возраста Адмиксов среди многих народов, на карте можно кликать и смотреть

Спасибо, Давид!

Из северокавказских народов пока что есть только адыгейцы и лезгины:

Адыгейцы


Лезгины

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10182
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1665/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #26 : 01 Март 2018, 08:12:18 »
По русским выдаёт следующую картину:


Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 4817
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1665/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #27 : 01 Март 2018, 17:04:14 »
Спасибо, yважаемый Srkz. Какoe количество аутосомных дДНК необходимо иметь в определенной хронологии, чтобы можно было  разгрести   такие "подводныe камни" , и чтобы методика не хромала?
Сложно сказать. Как по мне, более перспективно датировать адмиксы непосредственно по самим дДНК, в ближайшие годы их наверняка добавится немало.

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 482
  • Страна: ru
  • Рейтинг +203/-15
  • Y-ДНК: r1b
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #28 : 01 Март 2018, 17:39:23 »
Спасибо, yважаемый Srkz. Какoe количество аутосомных дДНК необходимо иметь в определенной хронологии, чтобы можно было  разгрести   такие "подводныe камни" , и чтобы методика не хромала?
Сложно сказать. Как по мне, более перспективно датировать адмиксы непосредственно по самим дДНК, в ближайшие годы их наверняка добавится немало.
Спасибо. Так и предполагал. Чем больше аутосомных дДНК, тем лучше.

Вот сравнение современных сицилийцев с древним. Как то не похоже что там случилось множество адмиксов, небольшой дрейф.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100