АвторТема: Методы определения возрастов адмиксов  (Прочитано 1711 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1718/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Обмениваясь дружескими ударами в теме про алан, неожиданно для себя почувствовал заинтересованность в сабже. В частности, речь шла о публикации Yunusbayev et al. 2015 The Genetic Legacy of the Expansion of Turkic-Speaking Nomads across Eurasia, в которой авторы пришли к следующим датировкам Азиатского адмикса у тюркских народов (прошу в тапёра не стрелять, перевёл как сумел и насколько смог понять в сей поздний час):

Цитировать
Даты адмиксов для тюркоязычных популяций в абсолютной шкале времени.

Синие круги показывают полученные методом ALDER точечные возрасты, а полосы - 95% доверительные интервалы.

Серые круги - точечные возрасты, полученные методом SPCO. Серые полосы - 95% доверительные интервалы. Красная полоса - диапазон точечных возрастов (полученный с помощью метода ALDER) по всем проанализированным образцам. Оранжевая - диапазон точечных возрастов, полученных с помощью метода SPCO. Даты адмикса до нашей эры (CE) показаны со знаком минус.



Вопрос, какими методами вычисляются возрасты адмиксов, и что из себя данные методы представляют?

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1718/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #1 : 27 Февраль 2018, 00:13:41 »
Вадим Веренич в своё время, оказывается, прокомментировал публикацию Юнусбаева:

ГЕНЕТИЧЕСКИЕ СЛЕДЫ ЭКСПАНСИИ ТЮРКОЯЗЫЧНЫХ НОМАДОВ В ЕВРАЗИИ

Правда, чтение уже перенесу на утро :)

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1718/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #2 : 27 Февраль 2018, 07:47:11 »
Что-то я вчера видимо сильно устал. Вместо раздела Этно-популяционные тесты создал тему здесь, в разделе Анализ родства по аутосомным и Х-хромосомным маркерам. Нужно будет попросить перенести её в этно-популяционку, она тамошней тематики.

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1718/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #3 : 27 Февраль 2018, 10:25:39 »
Метод ALDER, насколько я понял, взят из Loh PR, Lipson M, Patterson N, Moorjani P, Pickrell JK, Reich D, et al. 2013 Inferring admixture histories of human populations using linkage disequilibrium.

Метод SPCO - из Pugach I, Matveyev R, Wollstein A, Kayser M, Stoneking M. Dating the age of admixture via wavelet transform analysis of genome-wide data

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 7178
  • Страна: gr
  • Рейтинг +577/-86
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #4 : 27 Февраль 2018, 12:52:09 »
У Балкар и Турков одна и та же дата, тогда скорее всего Алтайский Адмикс у КБ от Огузов Торков которые поселились на севере Кубани(и сокрее всего Y-днк от них не осталось только аутосомы), там где позже было Крымское ханство, а Карачаевцы по преданиям из Крыма/ Крымского Ханства, (хотя и Печенеги и Булгары и Хазары тоже были близко в то же время)
В соответствии с этим нужно отметить что Карачаевцев так же называли и Кара-Черкесами тоесть Северными Черкесами (Черный=Северный, Белый=Западный, Красный=Южный, Небесный=Восточный)
и добавить к этому что Крымское(СевероКубаньское?) предание Карачаевцев имеют не только представители из R1a-Z2123 но и из G2a2-L1264, а эти две ветви доминируют у восточных Адыгов
« Последнее редактирование: 27 Февраль 2018, 13:40:35 от Fire »

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1718/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #5 : 27 Февраль 2018, 14:31:17 »
У Балкар и Турков одна и та же дата, тогда скорее всего Алтайский Адмикс у КБ от Огузов Торков

Думаю, что не факт. А кто-нибудь из булгарской группы (те же хазароязычные, например)?

Кстати, до недавнего времени я думал, что этноним балкарцы является производным от булгары. Правда, потом пришёл к выводу, что скорее всего просто похожесть с русским вариантом (и иностранными вариантами, вероятно попавшими в иностранные языки через русский), так как эндоэтноним - малкъар, а насчёт возможности перехода б -> м я как-то пока не знаю.

Оффлайн 248446

  • Сообщений: 1009
  • Страна: tr
  • Рейтинг +86/-16
  • Y-ДНК: L1b2b-PH8
  • мтДНК: X2f
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #6 : 27 Февраль 2018, 16:32:44 »
У Балкар и Турков одна и та же дата, тогда скорее всего Алтайский Адмикс у КБ от Огузов Торков

Думаю, что не факт. А кто-нибудь из булгарской группы (те же хазароязычные, например)?

Кстати, до недавнего времени я думал, что этноним балкарцы является производным от булгары. Правда, потом пришёл к выводу, что скорее всего просто похожесть с русским вариантом (и иностранными вариантами, вероятно попавшими в иностранные языки через русский), так как эндоэтноним - малкъар, а насчёт возможности перехода б -> м я как-то пока не знаю.
Конечно Фаера заносит с Крымом :).
Балкарцы это от одного ущелья Малкар, то самое которое граничит с Дигорией и оно несёт название от одного или нескольких предводителейтпо легенде.
Это название потом в конце 19 и начала 20 века в российских официальных документах распространили и на остальные ущелья.
Хорошая тема открыта и к слову на серые кружки я до сегодняшнего дня не обращал внимания, что оно совпадает с уточненными данными глоттохронологического расчёта.
Суть темы разобрать метод и может попробовать проделать тоже самое для других компонент?
Например, можно ли суммировать условно степную компоненту, посчитать для осетин и в том числе и по иранской (белуджи или гедрозия минус Кавказ) посчитать. И так для других народов.

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1718/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #7 : 27 Февраль 2018, 17:09:39 »
Суть темы разобрать метод

Абсолютно верно. О методах оценки возрастов в Y- и mt-гаплогруппах слышал не раз, а вот насчёт аутосом как-то редко.

В указанных мною выше публикациях (точнее, в первой из них) говорится о целом ряде методов, существующих чуть ли не с 2000 года.

Думаю, что по идее со временем должны появляться новые методы, более усовершенствованные.

и может попробовать проделать тоже самое для других компонент?
Например, можно ли суммировать условно степную компоненту, посчитать для осетин и в том числе и по иранской (белуджи или гедрозия минус Кавказ) посчитать. И так для других народов.

Почему бы и нет? Только наверно нужны спецы в аутосомах и софтах. Выше, кстати, я давал ссылку на комментарий Веренича, в котором он говорил, что ещё до Юнусбаева просчитывал казахскую и узбекскую популяции методом ALDER:

Цитировать
Однако не все просто. Еще в ноябре 2012 года при обсуждении характерных особенностей митохондриальных гаплогрупп жителей Евразии (в статье Клио дер Саркиссян), я решил проверить, насколько эта модель гаплоидной вариативности находит свое подтверждение в анализе диплоидных аутосомных маркеров.

Для этих целей я использовал программу ALDER: Admixture-induced Linkage Disequilibrium for Evolutionary Relationships,  специально разработанную для формального обнаружения в анализируемой популяции сигнала смешивания двух и более  исходных популяций.В качестве эксперимента я выбрал две современные популяции — казахов и узбеков.

Как видно, полученные мной результаты оказались очень похожи на результаты из более поздней статьи Юнусбаева et al. 2014

Из полученных результатов были отобраны только те успешные результаты, которые прошли формальные критерии отбора (статистический значимый уровень экспонентного угасания неравновесного сцепления маркеров(LD curve is significant) и наличие двухсторонней корреляции между кривыми угасания неравновесного сцепления маркеров в обеих референсных популяциях(decay rates are consistent)).

[...]

Результаты говорят сами за себя.  Как и в большинстве случаев с центральноазиатскими популяциями, один из компонентов адмикса у узбекв и казахов представлен монголоидным популяциями, наиболее близкими к современным монголам, киргизам и калмыкам. В контексте обсуждаемой работы о древнем митоДНК, этот компонент можно обозначать как «восточноевразийский». Другой компонент у узбеков представлен популяциями близкими по частотам аллелей к  современным западноевропейским популяциям (таким как немцы, cардинцы, сицилийцы и прочие). Кроме того в результатах анализа угасания admixture-LD казахов присутствует хорошо заметный сигнал адмикса с предками современных чувашей, марийцев и карел. Этот феномен, опять-таки в контексте парадигмы исследования древнего ДНК, можно объяснить с помощью грубой аппроксимации: как было убедительно показано в работе Дерсаркиссян, митоДНК древние скифы из ареала современной Кубани и нижнего Поволжья напоминают ряд современных поволжских популяций, а также карелов. Это же касается и сигнала о смешивании с предками более отдаленных европейских популяций (британцев, скандинавов и так далее). В свете аутосомного анализа вынужден согласится с одним из ключевых выводов Дерсаркиссян, согласно которому западноевропейские аллели были привнесены в степени Казахстана и Алтай при посредничестве популяций скифов и сарматов.

Стоит еще отметить, что у узбеков в отличие от казахов поток европейских аллелей имеет несколько иной источник, и скорее всего связан с распространением в Центральной Азии носителей «неолитических средиземнорских аллелей».

Подводя итоги, необходимо сказачть, что определенные трудности представляет интерпретация датировки европейского адмикса у казахов и узбеков. Поскольку этот адмикс датируется примерно одинаковым интервалом 30-25 поколений до нашего времени, что примерно соответсвует периоду завоевательных походов монголов. Однако, представляется трудно допустимым, что европеидное население казахской степи могло сохранится в значительном количестве вплоть до эпохи монголов, или что земледельческое население Средней Азии — сарты — было в генетическом плане европеоидно. Лично я склоняюсь к следущей интерпретации:  смешивание европейского и восточноазиатского компонента произошло намного ранее монгольской эпохи, заниженная дата этого события есть прямое следствие последущего эфекта дрейфа генов и фиксации части аллелей.

Оффлайн Murzalar

  • Сообщений: 3468
  • Страна: ru
  • Рейтинг +207/-1
  • Y-ДНК: I1
  • мтДНК: U5
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #8 : 27 Февраль 2018, 19:08:35 »
Кара ещё обозначает старший главный. Кара Табын,кара Кипчак.

Оффлайн Tamu

  • Сообщений: 470
  • Рейтинг +57/-0
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #9 : 27 Февраль 2018, 19:20:50 »
Тема, поднятая здесь- очень интересна.  Я реально не знаю, насколько это весомый аргумент на сегодня- "время последнего адмикса".  Для корректности, считаю, необходимо получить данные по разным народам. В том числе по тем, у которых время последнего адмикса чётко задокументировано. Рассчитаны ли эти датировки для адыгов или нахо-дагестанцев? для русских? для армян?

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1718/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #10 : 27 Февраль 2018, 19:31:05 »
Тема, поднятая здесь- очень интересна.

Спасибо! Пытаюсь найти вначале литературу по теме на русском языке для первоначального ознакомления, но пока что вся попадающаяся литература - на английском, что дополнительно тормозит продвижение, помимо того, что я вообще ещё абсолютно не в теме.

Я реально не знаю, насколько это весомый аргумент на сегодня- "время последнего адмикса".  Для корректности, считаю, необходимо получить данные по разным народам. В том числе по тем, у которых время последнего адмикса чётко задокументировано. Рассчитаны ли эти датировки для адыгов или нахо-дагестанцев? для русских? для армян?

Про армян емнип была работа с просчётом где-то в 2015-2016 году, нужно будет посмотреть здесь на форуме. По поводу оценки подобных просчётов - по ссылке выше Веренич ничего против вроде не имеет, единственно, предостерегает от генетического дрейфа.

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1718/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #11 : 27 Февраль 2018, 19:50:44 »
Про армян емнип была работа с просчётом где-то в 2015-2016 году, нужно будет посмотреть здесь на форуме.

Нашёл. Вот, только навскидку, бегло:

Цитировать
To date the time of admixture, we used ALDER which computes the weighted LD statistic to make inferences about population admixture.

Цитировать
We sought to date these mixture events using exponential decay of admixture-induced linkage disequilibrium (LD).

Цитировать
We note that these mixture dates also coincide with the legendary establishment of Armenia in 2,492  BCE.

Marc Haber et al. 2015 Genetic evidence for an origin of the Armenians from Bronze Age mixing of multiple populations

Оффлайн Tamu

  • Сообщений: 470
  • Рейтинг +57/-0
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #12 : 27 Февраль 2018, 20:20:23 »
то есть у армян 4500 лет назад последний адмикс?

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 10256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1718/-7
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1b2a1a1a1a-Z16971*
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #13 : 27 Февраль 2018, 20:38:47 »
то есть у армян 4500 лет назад последний адмикс?

В Abstract вроде называют дату ~1200 до н.э., совпадающую с коллапсом бронзового века. Глубже ещё не вникал.

Оффлайн Tamu

  • Сообщений: 470
  • Рейтинг +57/-0
Re: Методы определения возрастов адмиксов
« Ответ #14 : 27 Февраль 2018, 20:55:01 »
Отлично. Не хочу спойлерить, в апреле выйдут материалы Крупновских чтений. Эта цифра- 1200 лет до н.э. и Армения там окажутся очень сильно завязанными с темой кавказских алан.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100