mtDNA отпадает, так как у "внучки по сыну" mtDNA её матери.
Остаётся тест аутосом. Если сделаете по аутосомному тесту (например FamilyFinder в FTDNA) для дочери одной сестры и внучки другой сестры, далее нужно посмотреть длину совпадающих участков. Например по таблице
из этой темы. Если сестры родные, то у тестируемых будет длина общих сегментов в сантиморганах примерно как между SELF и 1C1R из первого сообщения указанной темы, то есть 115-753 cM. Если сёстры двоюродные, то, если я не ошибся, между дочерью одной и внучкой другой будут отношения как между SELF и 2C1R, т.е. длина общих сегментов 0-325 cM.
Так как разные компании считают длину сегментов по-разному, желательно раздобыть подобную таблицу для компании, которая проводит тестирование. Но обычно компания сама предлагает возможное родство согласно их внутренним алгоритмам, вам остаётся только сравнить его с ожиданиями.
Обратите внимание, что в диапазон 115-753 cM попадает ещё несколько вариантов родства, поэтому точные родственные отношения установить не получится.
Длина общих сегментов у протестированных более 325 сМ даст основания полагать, что сёстры скорее родные, чем двоюродные.