АвторТема: Классификация ветвей дерева  (Прочитано 110820 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Классификация ветвей дерева
« : 10 Декабрь 2009, 14:47:46 »
Вот тоже, решил сдуру, благославясь, заняться практической филогенией. Провёл некоторый анализ имеющихся программ (Филиппка с Мегой, Нетворка, Мурки, Мр.Байеса и ТНТ) на предмет наибольшей лучшести и решил остановится на последней - уж больно хороша в плане точности парсимонии по результатам моих же модельных тестов.
 
В качестве подопытных кроликов взял выборку братьев-славян с просторов некогда единого СНГ (в европейской его части), разбавив слегка дюжиной поляков с их же форума. Всего 65 парней.
 
P.S. Ниже - первая версия дерева. Кому интересна последняя (которая смогла уместиться целиком в кадре), она здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,1063.msg26503.html#msg26503

Свежее выложенной последней версии - только выложенные отдельные ветви дерева (наиболее устойчивые). Их общая структура в самой последней версии - здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,1063.msg34260.html#msg34260

Далее: http://forum.molgen.org/index.php/topic,1063.msg76099.html#msg76099
 
 
Подробные публикации будут теперь только по ветвям, "вырезанным" из общего дерева, выложить полную версию которого уже не смогу - разрослось.
 
Итак, в начале было маленькое деревце:
 
« Последнее редактирование: 22 Февраль 2011, 18:40:44 от Овод »

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 246
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #1 : 10 Декабрь 2009, 14:54:36 »
В качестве подопытных кроликов взял выборку братьев-славян с просторов некогда единого СНГ (в европейской его части), разбавив слегка дюжиной поляков с их же форума. Всего 65 парней. Вот что получилось:

Не сличал с подгруппами пана Гвоздя?

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5055
  • Страна: 00
  • Рейтинг +642/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #2 : 10 Декабрь 2009, 15:05:47 »
Игорь, а какая следующая стадия? Мне эти деревца очень даже нравятся.

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #3 : 10 Декабрь 2009, 15:10:16 »
 
 
 
Теперь - некоторый комментарий: Видно, что братья-славяне чётко разделились на три ствола (если не принимать во внимание двух поляков - Волконского с Колбасой, которые легли отдельно, ближе к корню). Начнём с самого устойчивого - нижнего, третьего сверху.
 
Это ствол Татии-Лифанова, характерный тем, что все его обитатели имеют в мартерах 391 и 439 аллели 10 и 11 соответственно, которыу они получили, судя по филогении, в своём корне. Это делает весь ствол явным кандидатом на снип 458+. Подтверждённое наличие этого снипа у  нашего уважаемого модератора - Саши и Татиного дядюшки делает это предположении ещё более основательным.
 
Продолжу анализ чуть  позже - нужно ответить на уже возникшие вопросы.
« Последнее редактирование: 01 Ноябрь 2011, 20:58:30 от Овод »

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #4 : 10 Декабрь 2009, 15:22:27 »
Не сличал с подгруппами пана Гвоздя?

Нет ещё (но обязательно это сделаю). Пока что похоже, что Ваша ветка состоит из его группы N и возможно, частично, P. Cобственно, филогения и кластеризация не обязаны совпадать. Однако обращает на себя внимание что большинство из дружественных нам панов легли именно на Ваш ствол. Правда, относительно Миллениума у меня сомнения - уж больно непрочно он сидит у самого корня ствола с десятью индивидуальными мутациями. Может оторваться в любой момент.

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #5 : 10 Декабрь 2009, 15:46:02 »
Теперь по поводу среднего ствола, самого неустойчивого. Его возглавляет такая широко извесьная в узких кругах личность, как академик Клесов. Там же находится шурин нашего комиссара Катани - Альфатвкома. Почему он неустойчив? Дело в том, что в реале было получено около полусотни деревьев, из них 3 оптимальных (стоимость 665 мутаций) и три дюжины субоптимальных (666 мутаций - число зверя).
 
Так вот, на всех этих деревьях ветви оставались в том же составе - перескоков не было, однако внутри ветвей они были. Надёжность креплений внутри ветвей очень хорошо показывает консесусное древо (здесь не приведено). В нём эта средняя ветвь оказалась практически развязанной, состоящей из одного куста, в то время как остальные ветви изменились внутри себя незначительно, практически - минимально.

Обращает на себя внимание также то, что в этой ветке собрались люди с преимущественно русскими фамилиями. Поляков и даже украинцев практически не наблюдается.
 
Наконец последний, верхний ствол, самый сложный и не самый устойчивый. Он фактически состоит из двух (даже трёх веток). Впрочем верхнюю, наименее устойчивую за ветку можно и не считать.
 
 Наиболее устойчива нижняя - от Овода до Коношонка. Она точно соответствует по составу ветке "Князя Игоря", выделенной ещё на Родстве. По моему, сейчас её почему-то они называют "северно-европейской". У двух её членов - меня и Татиного кузена тест на M458 дал отрицательный результат. И у ВСЕХ её участников маркеры 391 и 439 имеют аллели 11,10 - то есть противоположные, чем у всего ствола Лифанова. По польской кластеризации её участники попадают в К-Бордерлайн. Очень характерная веточка.
 
Чуть выше на этом стволе - веточка Шварёва в компании с его приятелем Балдой-Тимчиным. Назовём-ка её "веткой Командора", по старой памяти. Хотя не уверен, что она будет устойчива в дальнейшем - время покажет.
 
Что характерно, но своему составу этот третий, верхний ствол наиболее многонациональный - в нём и русские, и украинцы, и прибалты, и пара поляков. Да и по возрасту, он в совокупности самый древний.
« Последнее редактирование: 10 Декабрь 2009, 16:14:07 от Овод »

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8506
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1951/-8
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #6 : 10 Декабрь 2009, 17:40:01 »
Да, интересно получается! Спасибо!
А цифры-это количество мутаций?

Наиболее устойчива нижняя - от Овода до Коношонка. Она точно соответствует по составу ветке "Князя Игоря", выделенной ещё на Родстве. По моему, сейчас её почему-то они называют "северно-европейской". У двух её членов - меня и Татиного кузена тест на M458 дал отрицательный результат. И у ВСЕХ её участников маркеры 391 и 439 имеют аллели 11,10 - то есть противоположные, чем у всего ствола Лифанова. По польской кластеризации её участники попадают в К-Бордерлайн. Очень характерная веточка.
Точнее, ее условно называют северно-евразийской, за частичную распространенность и на севере Европы (Прибалтика) и в европейской части России. Ну это условное название. Юрган называл эту ветку венедской. И я (мой гаплотип как всегда отличился), похоже единственный из нее, попал в K-Type. Хорошо б еще у этой характерной веточки снип нашли бы...

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2762
  • Страна: ua
  • Рейтинг +614/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #7 : 10 Декабрь 2009, 19:09:43 »
Строю ветвь северо-евразийскую(бывш.С). От Лифанцева до Коношонка всё нормально( только не все, но Вы и не ставили задачу собрать всех.). Овод, Пысенков и Сиваш похожи и я их рассматривал. Но не ложатся они на ветвь. Рожанский тоже их отнёс в другую ветвь ( в какую - вопрос спорный). Тут  может быть два варианта. Либо от Овода до Коношонка  - большая ветвь, объединяющая две (или более) подветви, либо надо, извините, искать Вам и Вашим ближайшим другую ветку. Кто такой Балин не знаю. Он мне пока не попадался.

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #8 : 10 Декабрь 2009, 19:15:01 »
Да, интересно получается! Спасибо!
А цифры-это количество мутаций?
............
Точнее, ее условно называют северно-евразийской, за частичную распространенность и на севере Европы (Прибалтика) и в европейской части России. Ну это условное название. Юрган называл эту ветку венедской. И я (мой гаплотип как всегда отличился), похоже единственный из нее, попал в K-Type.

Да, цифры - минимальное количество мутаций на рёбрах дерева. У Вас действительно, в индивидуальной ветке их более всех - 14. Но это не значит, что Вы сидите там не прочно. Во всяком случае, на всех, даже субоптимальных, деревьях Вы со своего места не стронулись, в отличие от многих прочих.
 
Что же касается отнесения поляками Вас к К-типу, то это весьма условно, так так вся К-бордерлайн относится туда же. К тому же следует помнить, что филогения - как раз тот инструмент, который уточняет таксономию (кластеризацию), а не наоборот. При этом, принимается во внимание возможная гомоплазия (случайное сходство гаплотипов), которую кластеризация не в состоянии учесть. Конечное слово - безусловно за снипами.
 
А названия - не в них суть. Пусть будут венеды. В любом случае, без помощи грамотного историка славянских (и дославянских) миграций, подобного Юргану при интерпретации филогенетических данных нам не обойтись. Интересно, что он думает о ветке Клёсова, откуда она может быть?

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2762
  • Страна: ua
  • Рейтинг +614/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #9 : 10 Декабрь 2009, 19:17:31 »
Забыл написать. Рожанский мне сообщал, что там есть гаплотипы, мимикрирующие под С. Возможно, по его мнению, выделится отдельная ветвь.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2762
  • Страна: ua
  • Рейтинг +614/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #10 : 10 Декабрь 2009, 19:21:16 »
Lesla действительно хорошо сидит, несмотря на обилие мутаций. Они у него, если можно так сказать, некритичные

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2762
  • Страна: ua
  • Рейтинг +614/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #11 : 10 Декабрь 2009, 19:51:13 »
А может Вы и правы. АК и ИР выделили только  более молодую часть ветви. Но тогда мнеяется и модальный и возраст ветви. Ничего, разберёмся. 

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8506
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1951/-8
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #12 : 10 Декабрь 2009, 20:11:59 »
...несмотря на обилие мутаций. Они у него, если можно так сказать, некритичные
Вот давно хотел спросить у специалистов по филогении. К примеру, для славян - мутации в каких маркерах являются критичными, определяющими на какую ветвь садятся гаплотипы? А мутации в каких маркерах, так сказать, - индивидуальны, для семей, условно говоря?

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #13 : 10 Декабрь 2009, 20:15:14 »
А может Вы и правы. АК и ИР выделили только  более молодую часть ветви. Но тогда мнеяется и модальный и возраст ветви. Ничего, разберёмся.

Да не заморачивайтесь Вы.  :)
 
Ветвью можно назвать любой участок дерева. Откуда я могу знать, что вкладывает ныне Клёсов, уважаемый мной Рожанский или Вы в в понятие "ветвь С" - я же говорил выше только о ветке "Князя Игоря", которая была названа так изначально  по близким мне гаплотипам. Тем более чужда мне - северо-евразийская ветвь, к которой я, казак, судя по названию, уж точно не принадлежу. Тем более - не собираюсь в неё "мимикрировать". Я на этом дереве на том месте, которое подсказала текущая филогения. А дальше, поживём - увидим.
 
Кстати, какими инструментами Вы пользуетесь при своём анализе, если не секрет?
« Последнее редактирование: 10 Декабрь 2009, 20:22:34 от Овод »

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2762
  • Страна: ua
  • Рейтинг +614/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Классификация ветвей R1a
« Ответ #14 : 10 Декабрь 2009, 20:33:39 »

Кстати, какими инструментами Вы пользуетесь при своём анализе, если не секрет?
Нетворком, компьютером и головой.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100