АвторТема: дДНК с Аляски, финальный палеолит, 12 тысяч лет назад  (Прочитано 728 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 1163
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1312/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
https://www.nature.com/articles/nature25173

Terminal Pleistocene Alaskan genome reveals first founding population of Native Americans

    J. Víctor Moreno-Mayar, Ben A. Potter, Lasse Vinner, Matthias Steinrücken, Simon Rasmussen, Jonathan Terhorst, John A. Kamm, Anders Albrechtsen, Anna-Sapfo Malaspinas, Martin Sikora, Joshua D. Reuther, Joel D. Irish, Ripan S. Malhi, Ludovic Orlando, Yun S. Song, Rasmus Nielsen, David J. Meltzer & Eske Willerslev

    doi:10.1038/nature25173

Received:    29 March 2017
Accepted:    26 November 2017
Published online:    03 January 2018

Abstract

Despite broad agreement that the Americas were initially populated via Beringia, the land bridge that connected far northeast Asia with northwestern North America during the Pleistocene epoch, when and how the peopling of the Americas occurred remains unresolved1,2,3,4,5. Analyses of human remains from Late Pleistocene Alaska are important to resolving the timing and dispersal of these populations. The remains of two infants were recovered at Upward Sun River (USR), and have been dated to around 11.5 thousand years ago (ka)6. Here, by sequencing the USR1 genome to an average coverage of approximately 17 times, we show that USR1 is most closely related to Native Americans, but falls basal to all previously sequenced contemporary and ancient Native Americans1,7,8. As such, USR1 represents a distinct Ancient Beringian population. Using demographic modelling, we infer that the Ancient Beringian population and ancestors of other Native Americans descended from a single founding population that initially split from East Asians around 36 ± 1.5 ka, with gene flow persisting until around 25 ± 1.1 ka. Gene flow from ancient north Eurasians into all Native Americans took place 25–20 ka, with Ancient Beringians branching off around 22–18.1 ka. Our findings support a long-term genetic structure in ancestral Native Americans, consistent with the Beringian ‘standstill model’9. We show that the basal northern and southern Native American branches, to which all other Native Americans belong, diverged around 17.5–14.6 ka, and that this probably occurred south of the North American ice sheets. We also show that after 11.5 ka, some of the northern Native American populations received gene flow from a Siberian population most closely related to Koryaks, but not Palaeo-Eskimos1, Inuits or Kets10, and that Native American gene flow into Inuits was through northern and not southern Native American groups1. Our findings further suggest that the far-northern North American presence of northern Native Americans is from a back migration that replaced or absorbed the initial founding population of Ancient Beringians.

Несмотря на широкое согласие с тем, что Америка первоначально была заселена через Берингию, наземный мост, соединявший крайнюю Северо-Восточную Азию с северо-западной Северной Америкой в эпоху плейстоцена, когда и как происходило заселение Северной и Южной Америки, остается нерешенным. Анализ человеческих останков из позднеплейстоценовой Аляски имеет важное значение для решения вопросов датировку и путей расселения этих популяций. Останки двух младенцев были обнаружены на археологическом памятнике Upward Sun River(USR), их возраст был определён как примерно 11,5 тыс. лет назад(тлн). Здесь, путем секвенирования генома USR1 со средним покрытием примерно 17, мы показываем, что USR1 наиболее тесно связан с коренными американцами, но является базальным для всех ранее секвенированных современных и древних коренных американцев. Таким образом, USR1 представляет собой особое древнее берингийское население. Используя демографическое моделирование, мы делаем вывод о том, что древняя берингийская популяция и предки других коренных американцев произошли от одной начальной популяции, которое изначально отдеолилась от восточных азиатов примерно 36 ± 1,5 тлн, при этом поток генов сохранялся до 25 ± 1,1 тлн. Генный поток от древних северных евразийцев ко всем коренным американцам имел место 25-20 тлн, а древние берингийцы отделились от 22 до 18,1 тлн. Наши результаты подтверждают долгосрочную генетическую структуру у коренных индейцев, согласующуюся с берингийской «моделью застоя". Мы показываем, что базальные северные и южные индейские ветви, к которым относятся все другие коренные американцы, разошлись в районе 17,5-14,6 тлн и что это, вероятно, произошло к югу от североамериканских ледниковых щитов. Мы также показываем, что после 11,5 тлн некоторые из северных популяций индейцев получали поток генов из сибирской популяции, наиболее тесно связанной с коряками, но не с палео-эскимосоми, инуитами или кетами, и что индейские гены, попавшие к инуитам, проходили через северные а не через южные индейские группы. Наши результаты далее свидетельствуют о том, что северное североамериканское присутствие северных коренных американцев происходит от обратной миграции, которая заменила или поглотила первоначальную популяцию древних берингийцев.

Исследовались останки двух младенцев обнаруженных на Аляске несколько лет назад. Уже была статья про их мтДНК(C1b и B2): http://www.pnas.org/content/112/45/13833.abstract , и были сообщения в российских СМИ: https://www.vesti.ru/doc.html?id=2680107&cid=2161

Теперь удалось сделать полные геномы, но: 1) оба ребёнка оказались девочками, так что Y-хромосом нет, 2) хорошо отсеквенировать удалость только первого ребёнка, покрытие 17, у второго качество гораздо хуже.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5473
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2254/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Залил USR1 на Gedmatch: T088553
IBD-результаты:

Maya 127,55 ---//Confidence: very high
Karitiana 119,31 ---//Confidence: medium
Chukchi 71,34 ---//Confidence: medium
Hezhen 54,62 ---//Confidence: low
Even 45,77 ---//Confidence: very high
Mongol 44,05 ---//Confidence: medium
Yakut 43,58 ---//Confidence: very high
Hakas 43,45 ---//Confidence: medium
Nganassan 42,93 ---//Confidence: high
Ket 42,5 ---//Confidence: low
Nenets 42,18 ---//Confidence: high
Nivh 41,3 ---//Confidence: low
Selkup 41,16 ---//Confidence: high
Dolgan 41,13 ---//Confidence: medium
Evenk 40,44 ---//Confidence: very high
Daur 39,64 ---//Confidence: medium
Altaian 39,53 ---//Confidence: very high
Buryat 38,98 ---//Confidence: very high
Mongola 38,98 ---//Confidence: medium
Tuvinian 38,96 ---//Confidence: very high
Kalmyk 37,33 ---//Confidence: high
Mansi 36,89 ---//Confidence: medium
Xibo 36,81 ---//Confidence: medium
Japanese 36,56 ---//Confidence: very high
Shor 36,36 ---//Confidence: low
Tu 35,29 ---//Confidence: low
Kazakh 35,14 ---//Confidence: very high
Naxi 34,64 ---//Confidence: low
Yi 33,86 ---//Confidence: medium
Han-North 33,32 ---//Confidence: medium
Oroqen 33,06 ---//Confidence: medium
Han 32,03 ---//Confidence: very high
Miao 31,09 ---//Confidence: medium
Kyrgyz 31,08 ---//Confidence: very high
Burmese 30,74 ---//Confidence: very high
Bashkir 30,66 ---//Confidence: very high
Viet 29,5 ---//Confidence: high
Uzbek 29,22 ---//Confidence: very high
Mari 29,02 ---//Confidence: very high
Lahu 28,56 ---//Confidence: low
She 26,7 ---//Confidence: medium
Hazara 25,75 ---//Confidence: very high
Uygur 25,53 ---//Confidence: medium
Tujia 25,37 ---//Confidence: medium
Udmurt 25,08 ---//Confidence: high
Cambodian 22,04 ---//Confidence: medium
Dai 22,03 ---//Confidence: medium
Chuvash 21,29 ---//Confidence: very high
Nogay 21,25 ---//Confidence: high
Tatar_Lithuanian 20,53 ---//Confidence: low
Komi 18,97 ---//Confidence: high
Russian-Ural-Siberia 18,9 ---//Confidence: very high
Tatar-Mishar 18,57 ---//Confidence: high
Turkmen 18,15 ---//Confidence: very high
Tatar-Yunusbaev 17,95 ---//Confidence: high
Tadjik 17,82 ---//Confidence: very high
Tatar-Kazan 17,63 ---//Confidence: very high
Saami 16,5 ---//Confidence: high
Tatar-Crimean 15,91 ---//Confidence: low
Russian-Pomor 15,66 ---//Confidence: medium
Burusho 15,63 ---//Confidence: very high
Erzya 14,54 ---//Confidence: medium
Karelian 14,47 ---//Confidence: high
Finnish-East 14,47 ---//Confidence: very high
Tamil-Nadu 14,11 ---//Confidence: high
Pamiri 14,05 ---//Confidence: very high
Pathan 12,97 ---//Confidence: very high
Munda 12,92 ---//Confidence: very high
Russian-HGDP 12,69 ---//Confidence: very high
Kerala 12,67 ---//Confidence: medium
Uttar-Pradesh 12,61 ---//Confidence: very high
Russian-Volga-Vyatka 12,44 ---//Confidence: very high
Balkarian 12,15 ---//Confidence: very high
Ukrainian-East 11,98 ---//Confidence: high
Veps 11,93 ---//Confidence: high
Greek_Azov 11,6 ---//Confidence: low
Finnish-West 11,46 ---//Confidence: very high
Andhra-Pradesh 11,33 ---//Confidence: medium
Ossetian 11,27 ---//Confidence: high
Uttar-Pradesh-HC 11,08 ---//Confidence: high
Kalash 11,03 ---//Confidence: very high
Kol 10,91 ---//Confidence: high
Russian-South 10,9 ---//Confidence: very high
Kanjar 10,8 ---//Confidence: low
Cornish 10,75 ---//Confidence: very high
Bulgarian 10,75 ---//Confidence: high
Ukrainian-Poltava 10,73 ---//Confidence: high
Gujarati 10,65 ---//Confidence: very high
Kumyk 10,61 ---//Confidence: high
Balochi 10,41 ---//Confidence: very high
Belarusian 10,36 ---//Confidence: very high
Moksha 10,27 ---//Confidence: low
Turkish 10,26 ---//Confidence: very high
Slovak 10,23 ---//Confidence: high
Melanesian 9,98 ---//Confidence: low
Azerbaijani 9,98 ---//Confidence: high
Croatian 9,86 ---//Confidence: very high
Balt 9,76 ---//Confidence: very high
Romanian 9,76 ---//Confidence: medium
Gagauz 9,67 ---//Confidence: medium
Chechen 9,57 ---//Confidence: very high
Russian-West 9,56 ---//Confidence: very high
Hungarian 9,54 ---//Confidence: very high
English 9,45 ---//Confidence: very high
Lezgin 9,37 ---//Confidence: very high
Iranian 9,32 ---//Confidence: very high
Slovenian 9,28 ---//Confidence: high
Ukrainian-West 9,03 ---//Confidence: high
Karnataka 8,91 ---//Confidence: medium
Adygei 8,91 ---//Confidence: high
Macedonian 8,88 ---//Confidence: medium
Polish 8,73 ---//Confidence: very high
Estonian 8,72 ---//Confidence: very high
Serbian 8,71 ---//Confidence: high
Abkhazian 8,68 ---//Confidence: very high
Irish-and-Scottish 8,49 ---//Confidence: high
Ashkenazi 8,19 ---//Confidence: high
Basque 8,15 ---//Confidence: very high
Sindhi 8,13 ---//Confidence: very high
Makrani 8,12 ---//Confidence: very high
Brahui 8,09 ---//Confidence: very high
Swedish 7,34 ---//Confidence: very high
French 7,32 ---//Confidence: very high
Bosnian 7,25 ---//Confidence: medium
UAE 6,83 ---//Confidence: medium
Kurd 6,8 ---//Confidence: low
German 6,75 ---//Confidence: very high
Greek 6,7 ---//Confidence: high
Jordanian 6,65 ---//Confidence: very high
Norwegian 6,63 ---//Confidence: high
Sicilian 6,54 ---//Confidence: very high
Kosovar 6,51 ---//Confidence: medium
Georgian 6,48 ---//Confidence: very high
Sephard 6,46 ---//Confidence: high
Papuan 6,25 ---//Confidence: high
Spanish 6,23 ---//Confidence: very high
Cypriot 6,11 ---//Confidence: medium
Armenian 5,92 ---//Confidence: very high
Tuscan 5,8 ---//Confidence: very high
Syrian 5,58 ---//Confidence: high
Italian-South 5,33 ---//Confidence: high
Druze 5,08 ---//Confidence: very high
Saud 4,89 ---//Confidence: very high
Palestinian 4,58 ---//Confidence: very high
Montenegrian 4,55 ---//Confidence: medium
Moroccan 4,25 ---//Confidence: very high
Sardinian 4,22 ---//Confidence: very high
Yemenite 4,1 ---//Confidence: medium
Bedouin 3,94 ---//Confidence: very high
Tunisian 2,61 ---//Confidence: medium
Egyptian 2,19 ---//Confidence: medium
Ethiopian 1,95 ---//Confidence: high
BantuKenia 1,28 ---//Confidence: low
Yoruba 0,89 ---//Confidence: low
Hezhen это нанайцы. Выборка маленькая, может быть случайным отклонением. С чукчами у Anzick-1 общих сегментов побольше, кстати.
Karitiana 369,55 ---//Confidence: medium
Maya 364,96 ---//Confidence: very high
Chukchi 88,78 ---//Confidence: medium
Daur 40,15 ---//Confidence: medium
Oroqen 38,06 ---//Confidence: medium
Even 36,84 ---//Confidence: very high
Nganassan 36,71 ---//Confidence: high
Buryat 35,1 ---//Confidence: very high
Mongol 35,05 ---//Confidence: medium
Shor 34,68 ---//Confidence: low

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100