Estimating Per-Locus Mutation Rates

[Centurion]

Estimating Per-Locus Mutation Rates // Journal of Genetic Genealogy 2:27-33, 2006

John F. Chandler

Abstract

Relative per-locus mutation rates for Y-DNA microsatellites, and also for mitochondrial DNA singlenucleotide
polymorphisms, can be estimated directly from diverse collections of haplotypes without
segregating population components. The calibrated average mutation rates for the FTDNA panels of 12,
25, and 37 loci are 0.00187±0.00028, 0.00278±0.00042, and 0.00492±0.00074, respectively, from a
collection of haplotypes from Y-Search. The individual per-locus rates are given here.

http://www.jogg.info/22/Chandler.pdf

[Mich Glitch]

Estimating Per-Locus Mutation Rates // Journal of Genetic Genealogy 2:27-33, 2006

John F. Chandler

Abstract

Relative per-locus mutation rates for Y-DNA microsatellites, and also for mitochondrial DNA singlenucleotide
polymorphisms, can be estimated directly from diverse collections of haplotypes without
segregating population components. The calibrated average mutation rates for the FTDNA panels of 12,
25, and 37 loci are 0.00187±0.00028, 0.00278±0.00042, and 0.00492±0.00074, respectively, from a
collection of haplotypes from Y-Search. The individual per-locus rates are given here.

http://www.jogg.info/22/Chandler.pdf

Интересно, а можно составить панель, пусть не очень внушительную по размерам (скажем маркеров в 20), но зато из самых быстромутирующих и недорогую. Идея в том, что имея скорость где-то 0.005 на 20 маркерах, уже можно было бы неплохо работать и на генеалогических интервалах.

[Centurion]

Интересно, а можно составить панель, пусть не очень внушительную по размерам (скажем маркеров в 20), но зато из самых быстромутирующих и недорогую. Идея в том, что имея скорость где-то 0.005 на 20 маркерах, уже можно было бы неплохо работать и на генеалогических интервалах.

Мих, вы читаете мои мысли... я давно уже вынашиваю эту идею, о наборе локусов и гаплотипа не очень большой длины, для именно генеалогических задач, потмоу что на практике панели от ФТДНА не совсем мягко говоря хорошо работают на интервале до 500 лет, имхо.

[Mich Glitch]

Интересно, а можно составить панель, пусть не очень внушительную по размерам (скажем маркеров в 20), но зато из самых быстромутирующих и недорогую. Идея в том, что имея скорость где-то 0.005 на 20 маркерах, уже можно было бы неплохо работать и на генеалогических интервалах.

Мих, вы читаете мои мысли... я давно уже вынашиваю эту идею, о наборе локусов и гаплотипа не очень большой длины, для именно генеалогических задач, потмоу что на практике панели от ФТДНА не совсем мягко говоря хорошо работают на интервале до 500 лет, имхо.

Мне кажется, что основной критерий при составлении той, или иной панели - чисто технологический.
Я в эту кухню особо не вникаю, но вероятно в плане секвенсирования трудно выдернуть отдельные, разбросанные тут и там быстромутирующие локусы.

А то было бы очень здорово иметь достаточно надежный народный (в смысле Volks) тест. Да еще долларов за 50-70.

[Centurion]

Мне кажется, что основной критерий при составлении той, или иной панели - чисто технологический.
Я в эту кухню особо не вникаю, но вероятно в плане секвенсирования трудно выдернуть отдельные, разбросанные тут и там быстромутирующие локусы.

А то было бы очень здорово иметь достаточно надежный народный (в смысле Volks) тест. Да еще долларов за 50-70.

Технически и технологически можно создать панель из любого набора локусов. $100 наверное теоретически может стоить панель из быстрых локусов в кол-ве 17-25 штук...

Какую среднюю скорость по гаплотипу вы бы считали приемлимой?

[Mich Glitch]

Мне кажется, что основной критерий при составлении той, или иной панели - чисто технологический.
Я в эту кухню особо не вникаю, но вероятно в плане секвенсирования трудно выдернуть отдельные, разбросанные тут и там быстромутирующие локусы.

А то было бы очень здорово иметь достаточно надежный народный (в смысле Volks) тест. Да еще долларов за 50-70.

Технически и технологически можно создать панель из любого набора локусов. $100 наверное теоретически может стоить панель из быстрых локусов в кол-ве 17-25 штук...

Какую среднюю скорость по гаплотипу вы бы считали приемлимой?

Если бы удалось насобирать панель из 25 маркеров со средней скоростью 0.01 на гаплотип то это было бы здорово.
А если бы удалось получить 0.0125 - то это было бы вообще фантастика. Чуть больше 15 поколений при доверительном интервале в 90% и одношаговой мутации. 22 поколения на двух одношаговых мутациях.

Т.е. все в генеалогическом интервале. Полностью сопоставимо с 67-маркерной обычной панелью.

[Grigoriev]

Михаил правильно говорит.. нам не нужны западные стандарты. Масштабы нашего региона (Евразия) позволяют нам "выходить на арену" с собственными "границами" и требованиями... Т.е. по идее, западные стандарты, и построенные с ними БД для нас очень интересны, но охват нашей территории и число народностей ее населяющих позволяют быть нам самодостаточными.
Более того, нам нужна такая панель локусов, которая будет служить генеалогическим целям, а не только определенным научным (популяционным)...