АвторТема: Совпадения днк  (Прочитано 2934 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн СветланаcАвтор темы

  • Сообщений: 5
  • Рейтинг +0/-0
Совпадения днк
« : 20 Декабрь 2017, 17:50:34 »
Здравствуйте. Сделала тест днк себе и родному брату. Результат - совпадает 34,4% (2 497,5‎ cM). Почему так мало совпадений, не подскажете? Потому ли, что мы разнополые? Заранее спасибо за ответ.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 769
  • Страна: ru
  • Рейтинг +269/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Совпадения днк
« Ответ #1 : 20 Декабрь 2017, 20:25:05 »
Здравствуйте, Светланаc. С вашими совпадениями всё в порядке. Почитайте эту тему. Первый пост - картинка с таблицей.
« Последнее редактирование: 20 Декабрь 2017, 20:33:44 от rLin »

Оффлайн СветланаcАвтор темы

  • Сообщений: 5
  • Рейтинг +0/-0
Re: Совпадения днк
« Ответ #2 : 20 Декабрь 2017, 20:49:03 »
Спасибо большое!

Оффлайн СветланаcАвтор темы

  • Сообщений: 5
  • Рейтинг +0/-0
Re: Совпадения днк
« Ответ #3 : 20 Декабрь 2017, 20:56:57 »
Правда я ничего не поняла пока.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 769
  • Страна: ru
  • Рейтинг +269/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Совпадения днк
« Ответ #4 : 20 Декабрь 2017, 23:35:05 »
Светланаc, ну, вы не торопитесь с этим. В теме на которую я ссылался есть картинка, согласно которой у компании FTDNA средний процент совпадения ДНК у братьев/сестер 34%, а у компании 23andMe - 50%. Это означает не то, что кто-то не прав, а то, что у них различаются методы подсчёта. Вот статья на английском о том, как это считается.

Попробую коротко объяснить. У человека 23 пары хромосом, в каждой паре две хромосомы. Хромосомы в паре, за исключением половых хромосом у мужчин, выполняют одинаковые функции, поэтому их и рассматривают чаще не как 46 отдельных хромосом, а 23 пары. 22 пары аутосом и 1 пара половых хромосом, которые далее не упоминаются. Структурно хромосомы делятся на гены (участки, при помощи которых кодируются белки) и некодирующие участки ДНК. Внутри гена - последовательность нуклеотидов (А- денин, G - гуанин,  C - цитозин, Т - тимин), например такая: AAGCCTA. Но так как хромосомы обычно рассматривают парами, то и записывают последовательность парой значений, например AA, AA, GG, CC, CT, TT,AA, что хорошо видно в файле с данными, который лаборатория, где вы проводили тестирование, скорее всего даст вам скачать. У каждой такой пары в человеческой ДНК есть свой адрес, чтобы можно было её найти. Предположим, по какому-то адресу у папы последовательность АС и у мамы последовательность АС. У детей по одной букве от каждого родителя, причём в результате рекомбинации берётся таки не хромосома целиком, а какая-то комбинация буквы из пары хромосом. В результате у их детей по этому адресу может быть последовательность АА, СС или АС. Если бы в ДНК родителей в каждой парной последовательности нуклеотидов были разные буквы, то их дети могли бы получиться организмами с нулевым совпадением. Такого, правда, не может быть, так как все человеки на 99.х% полностью идентичны. Так что 34.4% различий между вами и братом находятся в этих оставшихся 0.х%, а в абсолютном выражении их гораздо меньше. А тест, который вы делали в лаборатории, он  покрывает только некоторую часть указанных 0.x%, поэтому и цифры по расчёту совпадения, как бы так сказать, искусственные и ценны не сами по себе, а только вместе с данными других людей.
Короче говоря, эти все проценты следует рассматривать в контексте метода расчёта и данных исследовательской лаборатории. Я почему-то подумал, что вы делали анализ в лаборатории FTDNA, в этом случае ваш результат укладывается в рамки, которые определены для тестирующихся братьев/сестёр при помощи статистической обработки результатов. Сама цифра в данном случае не имеет смысла без привязки к методу расчёта, в другой лаборатории из тех же данных могут получить другую цифру просто потому, что по-другому считают.

Оффлайн СветланаcАвтор темы

  • Сообщений: 5
  • Рейтинг +0/-0
Re: Совпадения днк
« Ответ #5 : 21 Декабрь 2017, 06:33:45 »
Спасибо Вам большое за подробный ответ!!! Я заказывала тест на сайте myheritage.com. Раньше там предлагали разные тесты, теперь только один. Не пишут, какой именно, но существенно дешевле, чем было раньше. Скачать их можно. Посоветуете ли, куда стоит загрузить для сравнения и выявления совпадений с другими людьми? С уважением, Светлана.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8530
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4863/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Совпадения днк
« Ответ #6 : 21 Декабрь 2017, 07:05:08 »
Изобразил на картинке, почему у братьев и сестер примерно четверть пересечений не учитывается.
Вопрос: Почему при сравнении двух идентичных результатов Gedmatch показывает расстояние в 1 поколение? Должно ведь быть 0 поколений (полное совпадение)?
Вопрос: Почему показанное расстояние между родными братом и сестрой превышает 1 поколение?
Вопрос: Почему показанная сумма общих сегментов между братом и сестрой составляет лишь около 3/4 от суммы между родителем и ребенком, вместо 100%?
Ответ: Ради упрощения алгоритма Gedmatch не отличает участки полного совпадения от участков половинного совпадения. В результате расстояние между близнецами (или просто двумя загрузками одного и того же генома - полное совпадение по всей длине) выглядит, как расстояние между родителем и ребенком (половинное совпадение по всей длине). Кроме того, расстояние между братьями/сестрами (полное совпадение примерно по 1/4 длины и половинное примерно по 1/2 длины) получается чуть выше единицы (около 1.2). На все остальные случаи это не влияет (длинные участки полного совпадения там почти не попадаются).
Для одной пары хромосом это выглядит примерно так:

В хромосомном браузере каждая пара отображается одной полоской (здесь она показана, как нижняя хромосома в паре).
« Последнее редактирование: 21 Декабрь 2017, 07:17:26 от Srkz »

Оффлайн СветланаcАвтор темы

  • Сообщений: 5
  • Рейтинг +0/-0
Re: Совпадения днк
« Ответ #7 : 21 Декабрь 2017, 08:02:41 »
Хорошо, попробую. Спасибо!!!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.