АвторТема: Матчи по анализу mtFullSequence в FTDNA  (Прочитано 1237 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Матчи по анализу mtFullSequence в FTDNA
« Ответ #15 : 22 Декабрь 2017, 03:40:40 »
С одним расстояние - 0, с другим - 1. 

1 - это смотря какая мутация. Скажем, различие на C-трактах - нормальное явление, их обычно и не рассматривают как обычные инделы. Если снип, либо "серьезный" индел, то обычно при случайном выборе пары-тройки близкородственных людей такое трудно поймать. А вот в публикациях, где брались более дальние родственники, случается. Во всех работах по семейным скоростям находились, причем если генеалогии не были глубокими, то мутации находились тупо увеличением выборки. Но обычно это самые "слабые" мутации, первые в списке по скорости - 16093, 152, 146, 16519. Либо AC-повторы после поз 520. C-тракты, повторяю, не считаем, равно как и G-тракты (в полных сиквенсах).

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Матчи по анализу mtFullSequence в FTDNA
« Ответ #16 : 22 Декабрь 2017, 04:05:32 »
В частности, там есть таблицы, указывающие % вероятности до разделения линий. Например, при 2-х мутациях на Full Sequence (т.е. HVR1, HVR2 и Coding Region) вероятность того, что разделение линий произошло в течении 35-и поколений, равна 90%. Собственно: генетическое расстояние - количество мутаций между вами и матчем.

я бы вам настоятельно не советовал доверять этим таблицам - при их создании использовалась неадекватная модель без возвратных мутаций. В принципе, если вам ТОЧНО известно, что типированные находятся в родстве в пределах исторического времени, то можно применять скорость в несколько раз большую эволюционной (какие значения брать - отдельный вопрос, можно в два раза быстрее эволюционной, можно еще быстрее). Но как правило, с совпаденцами это неизвестно, реальные ли они родственники, это же не Y с генеалогиями на 500 лет. Поэтому приходится пользоваться стандартной калибровкой: 1 мутация в полном сиквенсе за 3500 лет, то есть 1750 лет до общего предка. Это совершенно не оптимистичный результат, фактически сводящий на нет большую часть поисков.

На что следует обращать внимание безусловно, независимо от выбора скоростей и прочих теоретических вопросов. Это распространенность типа. Если тип частый, тем более если в базах есть матчи по полным сиквенсам - всякие сближения недостоверны. Есть гаплогруппы возрастом порядка 6-8 тыс лет, и представьте, их предковые типы до сих пор встречаются, причем это самые частые гаплотипы по полной молекуле, среди всех для данной гаплогруппы. То есть центром масс является предок. См пример Антона и его жены выше в этом же треде, он очень показательный.

Для совпаденцев с предковым типом есть две конкурирующие модели объяснения.

Пессимистичная предполагает, что этот предковый узел дерева реально развертывается в некое "скрытое" дерево, довольно ветвистое, только что без мутаций. Причем всплеск ветвей наблюдается уже прямо у корня, то есть численное большинство потомков сохраняет предковый тип - и только малая часть веточек отмечена мутациями. Поэтому два совпаденца могут реально сходиться лишь в корне, который может быть на мнооого тысячелетий. Допускается при этом иметь всякие там скрытые возвратные мутации, которые могли на таких внешне безмутационных ветвях возникать и исчезать, ессно что речь о самых маловесных позициях вроде 152 или 16093.

Другая точка зрения, более оптимистическая, хорошо иллюстрируется при использовании байесовского софта вроде BEAST. Если вы несколько "сожмете"  график априорного распределения вариативности скорости по ветвям, т есть грубо говоря запретите дисперсии скоростей в разных ветвях быть большой, то увидите, что на большинстве выходных деревьев от корня будет идти только ОДНА веточка с немутировавшим типом, и она разойдется лишь в самом недавнем времени. Почему это происходит понятно: если вы предполагаете, что скорость мутирования должна быть как можно более сходной, деревья, где такие полные матчи сходятся лишь на древнем предке, сразу получат наименьшее правдоподобие, а гипотеза недавнего предка у всех доживших до наших дней "динозавров" - большое. Ну не может в этой модели быть ситуации, что время вот шло шло шло, а мутаций все нет, значит, надо как-то исправить ситуацию, минимизировав суммарную длину ветвей без мутаций - за счет приписывания "динозаврам" недавнего общего предка.

С точки зрения науки, нет оснований для принятия любой из указанных крайностей. Тут вопрос личного вкуса - покуда не доказано обратное, можно верить во что угодно, если оно находится в допускаемых вами границах правдоподобия. Графики от FTDNA я бы советовал читать имея в виду обе модели и понимая, что их точка зрения тяготеет к одному из полюсов и мотивирована скорее коммерческими соображениями.
« Последнее редактирование: 22 Декабрь 2017, 04:20:37 от Valery »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5522
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Матчи по анализу mtFullSequence в FTDNA
« Ответ #17 : 22 Декабрь 2017, 22:19:59 »
я возможно не понял вопроса - вы удивляетесь ситуации что нет матчей по полной молекуле? Это норм. Для любой гаплогруппы.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100