1. Не все лингвисты признают глоттохронологию. На западе отношение к ней гораздо более скептичное чем в России.
2. Не все лингвисты признают алтайскую семью языков. Опять же на западе.
3. Есть более-менее консенсус, что распад тюркских языков начался 2 000 - 2 500 лет назад, от этого и надо исходить. До этого несомненно существовал предок тюркских языков, но судить о нём гораздо сложнее.
4. Начать наверное стоит с хорошего изучения современной ДНК тюркских и соседних народов. Т.е. повторить работу Юнусбаева, но на новом уровне - полные геномы+полные мтДНК+Y-хромосомы(на уровне BigY). А то например ни один киргизский R1a до сих пор BigY не сделал.
5. Палеогенетика достоверных тюрков - тюрки первого тюркского каганата, хазары, древние булгары, тюргеши, карлуки и так далее.