АвторТема: Excess IBD sharing  (Прочитано 556 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн evgivanovАвтор темы

  • Сообщений: 275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP682+, YP1261+)
Excess IBD sharing
« : 08 Ноябрь 2017, 02:33:04 »
Помогите как это нужно трактовать. Нашел следующую информацию на isogg wiki:

There are some regions of the genome that are prone to excess IBD sharing. These regions are known colloquially as pile-up regions.

Li et al (2014) studied genetic relationships from whole genome sequencing data and identified a number of regions with excess IBD in both their pedigree and control dataset using three established methods for IBD detection (GERMLINE, fastIBD, and ISCA). The authors found that "the regions of spurious IBD were largely consistent between the three IBD methods and among European, East Asian, and Mexican American population which is a strong indication that the IBD segments in these regions are artifactual."
И таблица:



У меня FF показывает многочисленные совпадения с разными финнами и шведами на второй хромосоме (15cM - 20сМ блоки) как раз в указанном диапазоне - от 123137097 до 143787453. Означает ли это тот самый случай полного отсутствия какого-либо родства из-за "excess IBD sharing"?


Оффлайн Oxon

  • Сообщений: 609
  • Страна: gb
  • Рейтинг +123/-0
Re: Excess IBD sharing
« Ответ #1 : 24 Апрель 2018, 12:24:53 »
Хотелось бы, чтобы днк-компании как-то отмечали эти районы флагом, чтоб народ голову не сломал, откуда все эти люди в матчах.  Убирать их совсем чревато, потому что реальные родственники могут попасть под гильотину.

Оффлайн evgivanovАвтор темы

  • Сообщений: 275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP682+, YP1261+)
Re: Excess IBD sharing
« Ответ #2 : 02 Октябрь 2018, 01:58:08 »
Хотелось бы, чтобы днк-компании как-то отмечали эти районы флагом, чтоб народ голову не сломал, откуда все эти люди в матчах.  Убирать их совсем чревато, потому что реальные родственники могут попасть под гильотину.

вот тут есть еще об этих Pileup регионах и как их учитывать при обработке результатов

Known Pileup Regions

https://dna-explained.com/2016/09/08/concepts-managing-autosomal-dna-matches-step-2-updating-match-spreadsheets-bucketed-family-finder-matches-and-pileups/

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100