Ногаи и башкиры очень близки между собой. Комплекты генов на столько схожи, что думаю целесообразно говорить о некой одной этнической общности Южного Урала и Степного Заволжья до XVII в. Во всяком случае видно что продолжительное время между населением северного Приаралья, Северного Прикаспия и Южного Урала происходили тесные информационные взаимодействия. Эта общность является общей для башкир и ногайцев.
Связывать ее должны скорее всего с двумя общностями:
1. башкиро-печенежско-бурджанский, соединивший Кавказский, Поволжский и Среднеазиатский субстраты раннего средневековья;
2. кыпчако-табыно-усуньский наплыв из южный и юго-восточных территорий Центральной Азии.
Но не смотря на общность генов башкир и ногайцев обнаруживаются большие различия в родоплеменной структуре. Если в родоплеменной номенклатуре башкир весьма выраженно выделяется домонгольский субстрат, то в ногайской родоплеменной структуре преобладает Центральноазиатская этнонимия ордынской эпохи. По характеру структуризации понятное дело, они тоже очень различны.
Я специально не сравнивал, то в этом плане ногайцы больше похожи на казахов.
Предположу, что чисто кочевая часть общности Урала, Сев. каспия и сев. Приаралья, то есть будущие ногайцы с приходом власти монголов сменила социально-политическую парадигму, что привело к значительному переформатированию "кыпчако-печенежского" населения степи. Это привело к переформатированию родоплеменной структуры (где-то это произошло полностью, где-то частично). Поэтой причине возможно происходили некоторые изменения когнитивной схемы и степная часть населения долгое время не имела устойчивого самоназвания. Окончательно этноним утвердился с образованием отдельного государственно-политического образования Мангытского юрта.
В отличие от них в северной более замкнутой (географически и политически) части населения сохранились "старые" этнонимы "бурджан", "юрматы" и тд., а "башкырт" в ордынский период стал преобладать над всеми племенами "старой" политической парадигмы, полностью вытеснив муйтен, баджнак и утвердившись над другими мощными этнонимами: бурджан, табын, иштяк, кыпчак и тд.