Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов

[mouglley]

Таким образом, при введении в программу нормальной скорости  мутаций, будет получаться определённое завышение возраста, особенно за счёт быстромутирующего маркера CDY. Чтобы каким-то образом компенсировать эту проблему mougley и вводит в программу завышенную скорость мутаций.
Утверждать, что скорость мутаций маркеров в гаплогруппе N1c1 выше,  чем в других гаплогруппах, серьёзных оснований нет.

Никто и не утверждает этого.

Но необходимости калибровки скоростей по филогении реальных генеалогий в каждой гаплогруппе отдельно это не отменяет.

К примеру на 67 маркеров:

клёсовские скорости 0,00216
Скорости для гаплогруппы N1 0,00288

Разница в 25%!

По гаплогруппе R1a1, конечно же не такой разбег.
Но процентов 15-20 от клёсовских или 5-10 от скоростей для N1c1, набегает (а вот это уже можно списать на делиции).

[VVR]

Клёсовская занижена. Я предполагаю 0.00245-0,00250. Но конечно нужны надёжные калибровки.

[mouglley]

Клёсовская занижена. Я предполагаю 0.00245-0,00250. Но конечно нужны надёжные калибровки.

Очень надеюсь, что серьёзный человек займётся калибровкой скоростей по гаплогруппе R1a1.

[Nimissin]

Клёсовская занижена. Я предполагаю 0.00245-0,00250. Но конечно нужны надёжные калибровки.

Почему занижена? Клесов четко определяет интервал одного поколения 25 лет. А Вы, уважаемый VVR, сколько лет полагаете на одно поколение? 

[kaa76]

Вот вам сводные калибровки, там дикие различия в скоростях .

Результаты спорные (особенно для математиков), но интересные - исходная статья и материалы к ней.

[VVR]

Вот вам сводные калибровки, там дикие различия в скоростях .

Результаты спорные (особенно для математиков), но интересные - исходная статья и материалы к ней.

Может я чего то не понял, но на мой взгляд, составитель этой таблицы намутил конкретно. Первые шесть столбцов в таблице обозначены как данные на основе статьи Булгареллы и К.  Дана (правильно) величина Rн(это как я понял, популяционная относительная частота мутаций полученная по логистической модели на основе структуры и количества нуклеотидов в повторах(STR). В статье была высчитана по этой модели частота мутаций Мю-регрешн(regression). Полученные частоты показывают,на мой взгляд, что корреляция частоты мутаций и структуры повторов таки есть, но она не совсем прямая, так как некоторые результаты явно выбиваются из реальных данных. Также в статье обобщены данные по Мю-мейозис(т.е. по мейозам в парах отец-сын)по всем известным исследованиям этого вопроса. Очень полезная информация, но по некоторым маркерам совсем нет статистики, по другим её совершенно недостаточно. И только по 15 маркерам(17м панель YFiler без дупликатного DYS385) статистика хоть и не вполне достаточная, но более менее адекватная.
Автор таблицы, тем не менее, в качестве частот мутаций приводит не Мю-regression, и не Мю-meiosis, а величину 0,001Rн. Откуда он это взял непонятно.
Далее. Следующие 8 столбцов обозначены как данные ФТДНА, хотя там явно давно всем известные скорости Чандлера(неточные конечно, но вполне адекватные). Про Чандлера нигде не упоминается.
Если я неправильно разобрался, прошу меня поправить.

[kaa76]

Может я чего то не понял, но на мой взгляд, составитель этой таблицы намутил конкретно.

Вот страница этих Casey (это папа с сыном), ближе к концу страницы ссылки на данные по мутациям.

[Alexander]

Нашёл доклад (smgf.org)
Direct determination of mutation characteristics of Ychromosome STR loci
Presented at the American Society of Human Genetics 2004 Annual Meeting, October 2004, Toronto, Ontario, Canada
Это от конторы Соренсона. там приведены частоты (mrate) для 36 локусов (27ftdna+9)+3 палиндромных, без 464 (итого было бы 43).
Решил сначала, что это расшифровка частот известного калькулятора
в котором используются частоты (These are estimates from all available sources by the author as of October, 2006):
FTDNA Y-12 STR  0.0020
FTDNA Y-25 STR 0.0023
FTDNA Y-37 STR 0.0033
FTDNA Y-67 STR 0.0028
SMGF STR set (без 464)   0.0021
All 118 available Y STR    0.0025

Однако просчитав панели, получил по 12 STR 0,0023 и для 25 STR 0,0024 (это для Y7976 dataset). Среднее по всем (36+3) локусам 0,0023. То есть ненамного, но отличаются.
Можно ли где-нибудь посмотреть такие же отдельные частоты для используемых у Соренсона 0,0021 (и тем более, 0,0025)?

[mouglley]

Нашёл доклад (smgf.org)
Direct determination of mutation characteristics of Ychromosome STR loci
...
FTDNA Y-67 STR 0.0028

Вот это -  дело!
Скорость практически равна той, до которой я досчитался.

[Andrei U]

Добрый день. А, можно узнать подробней о скорости мутирования DYS393?
Если например у 1 человека он =14, а у всех совпаденцев =13.