АвторТема: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов  (Прочитано 20911 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #30 : 15 Ноябрь 2009, 14:27:18 »
Попробую и новые Ваши скорости, конечно.
Но, думаю, структуры гаплогруппы N они не выявят.
Первым делом, конечно, растяну их от 1 до 99.
Может я неправильно понял Ваше последнее предложение? Мне кажется весь смысл новых весов потеряется, если их "растянуть".

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #31 : 15 Ноябрь 2009, 14:37:48 »
Попробую и новые Ваши скорости, конечно.
Но, думаю, структуры гаплогруппы N они не выявят.
Первым делом, конечно, растяну их от 1 до 99.
По-моему, Вы их уже пробовали и написали, что они хуже, чем статейные.

Растягивать не надо. Одна 99 уже есть, а значит растягивать больше нельзя (нужно сохранить пропорции).

Попробую и новые Ваши скорости, конечно.
Но, думаю, структуры гаплогруппы N они не выявят.
Первым делом, конечно, растяну их от 1 до 99.
Может я неправильно понял Ваше последнее предложение? Мне кажется весь смысл новых весов потеряется, если их "растянуть".
Совершенно верно.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #32 : 15 Ноябрь 2009, 15:07:52 »
Скорость близка к средней. Вот скорости мутаций по 78 маркерам: http://freepages.genealogy.rootsweb.ancestry.com/~geneticgenealogy/ratestuff.htm ... Судя по первой панели, это скорости Чандлера. Там же есть скорость 461-го
В этой таблице скорости DYS635 не нашёл, хотя для 461-го она действительно указана.
Извините, это я по невнимательности забыл сказать, что DYS635 под номером 71- С4. Его проосто по разному называют - у Атея в предикторе "635С4". Скорость по этой таблице 0,00236. Кому верить я не знаю.Скорее всего никому.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #33 : 15 Ноябрь 2009, 15:31:25 »
Так Вы оказывается по старым весам строили...  ??? Жаль.
По моему, там где я выкладываю деревья, я везде упоминаю, что веса взяты из статьи уважаемого wertner.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #34 : 15 Ноябрь 2009, 15:32:15 »
Но я думаю на 67 маркерах общую структуру дерева это не сильно изменит?
Думаю, изменит кардинально.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #35 : 15 Ноябрь 2009, 16:11:46 »
Но я думаю на 67 маркерах общую структуру дерева это не сильно изменит?
Думаю, изменит кардинально.
Сейчас попробую в Нетворке со старыми весами, то что строил с новыми.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #36 : 17 Ноябрь 2009, 15:46:34 »
Растягивать не надо. Одна 99 уже есть, а значит растягивать больше нельзя (нужно сохранить пропорции).
А я растянул, сохраняя пропорции от 1 до 99.
Структура дерева осталась такой же, как и построенного при нерастянутых весах.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #37 : 17 Ноябрь 2009, 17:33:09 »
Растягивать не надо. Одна 99 уже есть, а значит растягивать больше нельзя (нужно сохранить пропорции).
А я растянул, сохраняя пропорции от 1 до 99.
Структура дерева осталась такой же, как и построенного при нерастянутых весах.
По какой формуле Вы растягивали?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #38 : 17 Ноябрь 2009, 22:30:45 »
b=max-(max-a)*(99-1)/(max-min),
где a - вес по Вашим последним данным,
max и min - максиальный и минимальный вес по Вашим данным.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #39 : 18 Ноябрь 2009, 00:42:56 »
b=max-(max-a)*(99-1)/(max-min),
где a - вес по Вашим последним данным,
max и min - максиальный и минимальный вес по Вашим данным.
Допустим, что с=2a, но тогда
max-(max-c)*(99-1)/(max-min) <> 2*(max-(max-a)*(99-1)/(max-min))

Значит пропорции не сохранились.
Иначе говоря, если раньше редкая мутация была равна двум частым, то теперь редкая мутация будет равняться 5 частым мутациям (например).

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #40 : 19 Ноябрь 2009, 16:15:41 »
Так я этого и добивался - выявить структуру, не отступая от логики развития гаплогруппы N1.

К примеру, наиболее жёсткую структуру, не отходящую от истории я получил, используя веса, подсчитанные, как среднее геометрическое между весами из Вашей статьи и растянутыми по формуле из предыдущего поста весами:
16   11   12   15   10   7   75   20   9   12   27   7   5   25   19   49   35   8   24   15   3   11   9   9   9   10   12   19   15   7   10   3   3   3   1   9   25   29   53   32   25   66   16   33   99   12   15   17   9   10   7   27   61   45   5   48   8   5   10   7   19   23   16   17   35   33   24

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 650
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #41 : 20 Ноябрь 2009, 21:26:14 »
Подскажите, как задать веса в программе Phylip?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #42 : 20 Ноябрь 2009, 22:16:34 »
Там нет весов - там равноправие.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #43 : 09 Сентябрь 2011, 21:15:45 »
В файле UnRoot.bat найти число 129.62790104652. Это результаты вычисления формулы:
25/(скорость мутаций (0,00288)*67).

Подставляете в формулу ту скорость мутаций, которую сочтёте достойной для вашей гаплогруппы, итог вставляете вместо 129.62790104652.

PS: Именно скорость для для той гаплогруппы, которую рассчитываете.
Для каждой она может отличаться.
К примеру, скорость мутаций ниже для R1a, чем для N1c1.
Чтобы не засорять обсуждение мануала к Мурке от Фарруха решил ответить здесь.
Моя версия по этому поводу такая.
У некоторых ветвей N1c1 произошла такая мутация, как P1/P2 deletion. Эта мутация касается маркеров DYS459,DYS464 и CDY. В маркерах 459 и CDY вместо двух аллелей остался один, в 464-м вместо четырёх - два. Стандартный тест ФТДНА не определяет эту мутацию и пишет как обычно. Вместо DYS464=14,15 дают результат DYS464=14,14,15,15. Тест WTY определяет истинные значения этих палиндромных маркеров. Например у Ржевского DYS464=14;14,3 (там ещё и один аллель дробный). Обычный тест даёт 14,14,15,15(дробный округлился в большую сторону- 14,3 означает что 14 полных 4-нуклеотидных повтора, а 15-й неполный- 3 нуклеотида вместо 4-х). Поскольку P1/P2 deletion достаточно редкая мутация, а в проекте WTY она у всех N, кроме одного N1b, то можно предположить что была одна древняя мутация. Затем у части N1c1 прошла возвратная мутация, восстанавливающая обычное число аллелей в этих маркерах. Была такая возвратная мутация одна или несколько, я не знаю, но я думаю их было немного.

Теперь непосредственно к Мурке. Когда в этих маркерах происходит мутация, то из-за проблемы, описанной выше, программа их считает за две. Например, если у сына Ржевского произойдёт мутация 14;14,3 в 13;14,3 , то обычный тест покажет 13,13,15,15.
Таким образом, при введении в программу нормальной скорости  мутаций, будет получаться определённое завышение возраста, особенно за счёт быстромутирующего маркера CDY. Чтобы каким-то образом компенсировать эту проблему mougley и вводит в программу завышенную скорость мутаций.
Утверждать, что скорость мутаций маркеров в гаплогруппе N1c1 выше,  чем в других гаплогруппах, серьёзных оснований нет.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Скорости мутирования некоторых Y-STR локусов
« Ответ #44 : 09 Сентябрь 2011, 21:44:06 »
Кстати, филогения N1c1 была бы надёжней, если бы  по всем гаплотипам было известно у кого есть такая делеция, а у кого нет. И для этого не обязательно проходить тест WTY. Достаточно заказать подробный тест DYS464X, который есть в дополнительных маркерах(18$).

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.