АвторТема: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад  (Прочитано 1319 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 1176
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1346/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
https://www.biorxiv.org/content/early/2017/10/13/203018

Paleo-Eskimo genetic legacy across North America

Pavel Flegontov, Nefize Ezgi Altinisik, Piya Changmai, Nadin Rohland, Swapan Mallick, Deborah A. Bolnick, Francesca Candilio, Olga Flegontova, Choongwon Jeong, Thomas K. Harper, Denise Keating, Douglas J. Kennett, Alexander M. Kim, Thiseas C. Lamnidis, Inigo Olalde, Jennifer Raff, Robert A. Sattler, Pontus Skoglund, Edward J. Vajda, Sergey Vasilyev, Elizaveta Veselovskaya, M. Geoffrey Hayes, Dennis H. O'Rourke, Ron Pinhasi, Johannes Krause, David Reich, Stephan Schiffels

doi: https://doi.org/10.1101/203018

Abstract

Paleo-Eskimos were the first people to settle vast regions of the American Arctic around 5,000 years ago, and were subsequently joined and largely displaced around 1,000 years ago by ancestors of the present-day Inuit and Yupik. The genetic relationship between Paleo-Eskimos and Native American populations remains uncertain. We analyze ancient and present-day genome-wide data from the Americas and Siberia, including new data from Alaskan Inupiat and West Siberian populations, and the first genome-wide DNA from ancient Aleutian Islanders, ancient northern Athabaskans, and a 4,250-year-old individual of the Chukotkan Ust'-Belaya culture. Employing new methods based on rare allele and haplotype sharing as well as established methods based on allele frequency correlations, we show that Paleo-Eskimo ancestry is widespread among populations who speak Na-Dene and Eskimo-Aleut languages. Using phylogenetic modelling with allele frequency correlations and rare variation, we present a comprehensive model for the complex peopling of North America.

Данные об образцах:

ID1 Date, calBP Sex mtDNA Y haplogroup Coverage

Ust’-Belaya II, Chukotka, Russia
I1526 4410 – 4100 M C4a1a3 Q1a2a 4.523

Old Bering Sea, Uelen, Chukotka, Russia
I1525 1970 – 1590 F A2a 1.031
I1524 1180 – 830 M A2a Q1a2a1a1 2.618

Athabaskan, Tochak McGrath, Upper Kuskokwim River, Alaska, USA
I5319 790 – 640 M A2a1 Q1a2a1a1 5.731
I5320 790 – 640 M A2+(64) Q1a2a1a1 5.038
I5321 790 – 640 F A2+(64) 4.851

Paleo-Aleut, Chaluka Midden, Umnak Island, Aleutian Islands, USA
I0721 2320 – 1900 M D2a1a CT 0.025
I0712 1270 – 930 F D2a1a 0.431
I1126 1250 – 780 M D2a1a Q 0.092
I0719 770 – 390 M D2a1a Q1a2a 3.432

Neo-Aleut, Ship Rock Island, Aleutian Islands, USA
I1125 760 – 490 M D2a1a Q1a2a1a1 1.335

Neo-Aleut, Kagamil Island, Warm Cave, Aleutian Islands, USA
I1127 630 – 310 F D2a1a 1.354
I1128 610 – 290 F D2a1a 0.433
I1129 600 – 270 M D2a1a Q1a2 0.687
I1118 530 – 230 F D2a1a 3.551
I1123 520 – 140 M A2a Q1a 0.128
I1124 500 – 140 M D2a1a Q1a2a 0.156

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2140
  • Рейтинг +592/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #1 : 15 Октябрь 2017, 06:18:00 »
Не увидел игрек-хромосомы современных образцов.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2140
  • Рейтинг +592/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #2 : 15 Октябрь 2017, 06:26:52 »
Данные по игрек-хромосоме сибирских популяций (энцы, кеты, нганасаны, селькупы) были опубликованы в 2015 году (Flegontov et al., 2015)

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6265
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1140/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #3 : 15 Октябрь 2017, 11:10:39 »
Доступны ли данные в формате BAM или VCF по Y-хромосоме?
Похоже опять недотипировали...

Что имеем:
I1526, I0719, I1124   Ust’-Belaya II, Chukotka;  Paleo-Aleut, Chaluka Midden, Umnak Island, Aleutian Islands; Neo-Aleut, Kagamil Island, Warm Cave, Aleutian Islands       Q1a2a = Q-L53
I1524, I5319, I5320,  I1125  Old Bering Sea, Uelen, Chukotka; Athabaskan, Tochak McGrath, Upper Kuskokwim River, Alaska; Neo-Aleut, Ship Rock Island, Aleutian Islands, USA     Q1a2a1a1=Q-M3

Если предположить, что Q1a2a это не просто недотипированные образцы, а исключая Q-M3, то это могут быть и Q-Z780, которые ранее в регионе не фиксировались. Но не понятно.

Q, Q1a, Q1a2 и CT - это недотипировано или  исключая перечисленные варианты? пока тоже непонятно.

В фокусе исследования был wide genome - поэтому игреки оказались не в приоритете

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6468
  • Страна: ru
  • Рейтинг +841/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #4 : 15 Октябрь 2017, 14:27:08 »
А где N?  :)

Оффлайн varang

  • Сообщений: 3316
  • Страна: fi
  • Рейтинг +807/-4
    • Проект "R1a-Y417 & Subclades" (M458>L1029>YP417)
  • Y-ДНК: R1a-L1029-YP417 [BLR], МЖМ: C-M216
  • мтДНК: H2a1 [UKR]
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #5 : 15 Октябрь 2017, 15:33:21 »
А где N?  :)

а должна быть?

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6468
  • Страна: ru
  • Рейтинг +841/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #6 : 15 Октябрь 2017, 16:43:34 »
А где N?  :)

а должна быть?
Не знаю. Но с Чукотки я все же ожидал и N в том числе.

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 1176
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1346/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #7 : 15 Октябрь 2017, 19:07:21 »
Ну всё-таки с Чукотки только три образца, из них только два мужских.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6468
  • Страна: ru
  • Рейтинг +841/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #8 : 15 Октябрь 2017, 19:14:54 »
А как в динамике их хромосомы изменились за тысячелетия?

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 1176
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1346/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #9 : 15 Октябрь 2017, 19:56:25 »
Мои краткие впечатления от чтения статьи(хотя скорее не чтения, а быстрого просмотра):

1. Среди авторов есть лингвист, Эдвард Вайда(кстати, сам он русинского происхождения). Он давний сторонник гипотезы о родстве кетского языка и языков на-дене, дене-енисейская гипотеза. Он уже давно сотрудничает с генетиками, чтобы обнаружить следы сходства. Про эти исследования по-русски уже писали:

https://lenta.ru/articles/2014/04/17/deneyeniseian/
https://lenta.ru/articles/2016/10/23/yeniseian/

2. Также, что приятно, российские авторы в данном случае не только поставщики материала как обычно, но и ведущие авторы, а именно Павел Флегонтов один из трёх главных авторов.

3. У самого древнего образца, из Усть-Белой, жившего 4000 лет назад, обнаруживается западносибирская примесь, более всего похожая на кетскую или нганасанскую. Если дене-енисейская гипотеза верна, то эту примесь принесли носители пра-на-дене.

4. Все группы населения Чукотки и Аляски можно представить в виде смешивания двух групп - индейской и берингоморской. Последовательность, в порядке убывания индейского компонента такова: индейцы - атабаски - эскимосы/алеуты - чукчи - коряки.

5. У атабасков присутствует берингоморский компонент, однако, судя по данным анализа, они получили его не от современных эскимосов, а от палео-эскимосов. Более того, у современных атабасков по сравнению с древними берингоморский компонент размылся.

6. Последовательность событий реконструируется так: 5000 лет назад на Чукотку попадает западносибирская примесь(по Вайде это носители языка пра-на-дене). Вскоре на Чукотке разделяются предки чукотко-камчатцев, нео-эскимосов и палео-эскимосы. Первые две группы остаются на месте, а палео-эскимосы(по Вайде это носители языка пра-на-дене) идут на Аляску и заселяют американскую Арктику. На Аляске палео-эскимосы ассимилируют местных индейцев и образуются предки тлингитов и атабасков. Позднее, из района Берингова пролива нео-эскимосы тоже распространяются по Арктике, полностью вытесняя палео-эскимосов. Чукотко-камчатцы же продвигаются на Камчатку.

Ремарка: Языки на-дене, эскимоалеутские языки и чукотко-камчатские языки, насколько известно, между собой не родственны.

Оффлайн нн

  • Сообщений: 256
  • Рейтинг +148/-72
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #10 : 15 Октябрь 2017, 20:06:38 »
6. Последовательность событий реконструируется так: 5000 лет назад на Чукотку попадает западносибирская примесь(по Вайде это носители языка пра-на-дене).

Если это так, то она должна быть у на-дене, атабасков и новахо.

Цитировать
Ремарка: Языки на-дене, эскимоалеутские языки и чукотко-камчатские языки, насколько известно, между собой не родственны.

Совершенно верно. Отсюда непонятно как
Цитировать
палео-эскимосы(по Вайде это носители языка пра-на-дене) идут на Аляску и заселяют американскую Арктику.
палео-эскимосы могли говорить на на-дене? Не говоря уже о том, что гипотеза о том, что кеты в то время были в Сибири никем и ничем не подтверждена.


Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6265
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1140/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #11 : 15 Октябрь 2017, 20:48:48 »
Я не в плане критики (ученого сейчас любой обидеть может), а в плане очередного сожаления.
Есть худо-бедно доступные при желании базы коммерческого ДНК тестирования. Там есть представители Native Americans и First Nation.
Y-хромосома - самый консервативный элемент и в отличие от компонентов wide genome может более или менее точно подтвердить или опровергнуть высказанные гипотезы.
Но дальше снипов ISOGG авторы не пошли. Жаль.

Сырые данные видимо будут доступны после публикации. Так что ждем.

Оффлайн нн

  • Сообщений: 256
  • Рейтинг +148/-72
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #12 : 15 Октябрь 2017, 22:03:17 »
Само собой, что ученого каждый может обидеть. Но и он должен осознавать, что проталкивать свои взгляды вопреки полученным результатам это тоже не дело.
На Extended Data Figure 1 четко видно, что ни древние атабаски, ни древние алеуты и эскимосы не имели даже следов западносибирского компонента. Отдельные его следы у отдельных современных северных экземпляров связанно с более поздним временем с типом палеоэскимосов Saqqaq. В таком виде он сейчас присутствует у практически всех сибирских и североамериканских народов. Сразу видно, что с на-дене он вообще никак не связан, на-дене связаны с отдельным наденевским компонентом (Чипавайан).




Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 10162
  • Страна: id
  • Рейтинг +549/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #13 : 15 Октябрь 2017, 22:39:02 »
Но с Чукотки я все же ожидал и N в том числе.
Может, N там как-то связана с чукчами, например, а были ли они там тыщи лет назад - вопрос.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6468
  • Страна: ru
  • Рейтинг +841/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: дДНК с Чукотки и Аляски, от 4000 до 300 лет назад
« Ответ #14 : 15 Октябрь 2017, 23:06:26 »
Но с Чукотки я все же ожидал и N в том числе.
Может, N там как-то связана с чукчами, например, а были ли они там тыщи лет назад - вопрос.
Как то связана ), учитывая что у чукчей около 50% N
Потому я и ожидал что будут в исследовании. Но видимо действительно выборка небольшая вышла.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100