Количество "no-call" и точность определения родства

[tut]

Проясните, пожалуйста, ситуацию с качеством тестирования относительно критерия "No-call".

В моем случае с FTDNA:

Код: [Выделить]

Number of SNPs utilized by GEDmatch template = 709242
Number of regular SNPs = 694356
Heterozygosity index = 0.279803 (fraction of total SNPs that are heterozygous)

No-calls = 16045 = 2.2585835323993 percent.
Собственно вопросы:

1. No-calls влияет на точность определения родства? Насколько я понимаю, это может зависеть от алгоритмов, используемых конкретным ресурсом.

2. No-calls 2% — это много? А если нет, то какой уровень считается предельным (планирую заказать еще несколько тестов для родственников).

3. Есть смысл просить FTDNA провести повторный тест?

4. Есть смысл для увеличения точности протестироваться в другой лаборатории (в надежде, что в одну и ту же воронку снаряд дважды не попадает), потом смержить результаты и перезалить на GEDmatch?

[Daemon2017]

Проясните, пожалуйста, ситуацию с качеством тестирования относительно критерия "No-call".

В моем случае с FTDNA:

Код: [Выделить]

Number of SNPs utilized by GEDmatch template = 709242
Number of regular SNPs = 694356
Heterozygosity index = 0.279803 (fraction of total SNPs that are heterozygous)

No-calls = 16045 = 2.2585835323993 percent.
Собственно вопросы:

1. No-calls влияет на точность определения родства? Насколько я понимаю, это может зависеть от алгоритмов, используемых конкретным ресурсом.

2. No-calls 2% — это много? А если нет, то какой уровень считается предельным (планирую заказать еще несколько тестов для родственников).

3. Есть смысл просить FTDNA провести повторный тест?

4. Есть смысл для увеличения точности протестироваться в другой лаборатории (в надежде, что в одну и ту же воронку снаряд дважды не попадает), потом смержить результаты и перезалить на GEDmatch?

1) Влияет

2) 2.25 - это норма. У десятка моих тестированных среднее значение около 2
Лучший результат - 0.6
Худший - 2.7

3-4) не стоит. Год-два и фтдна выкатит полноэкзомный тест - вот там будет смысл раскошелиться. Главное, чтобы пробирка ждала своего часа у них в хранилище

[tut]

А по поводу "гетерозиготных" FTDNA результатов в X хромосоме мужчины есть идеи? Баг/фича?

Код: [Выделить]

"rs17883004","X","1370495","AG"
"rs5982920","X","2844723","CT"
"rs1635250","X","3251791","AG"
"rs5983130","X","3268105","CT"
"rs12397260","X","3359262","AG"
"rs35842692","X","4945714","AC"
"rs35361563","X","5421068","AG"
"rs5961373","X","5757952","AG"
"rs1639119","X","8468062","CT"
"rs4893199","X","88450838","CT"
"rs2534116","X","88571714","CT"
"rs2455512","X","88775747","GT"
"rs34949051","X","88814784","AG"
"rs3995196","X","88941051","AG"
"rs6618293","X","89300574","AG"
"rs2755514","X","89711417","AG"
"rs17004240","X","89770039","AC"
"rs3014505","X","90115556","CT"
"rs5984873","X","91222067","AC"
"rs2364526","X","91670264","AG"
"rs2751415","X","91786208","AG"
"rs2751196","X","91885936","CT"
"rs1157112","X","91930140","CT"
"rs2506262","X","92005980","GT"
"rs35766825","X","92006619","AG"
"rs11091837","X","92059595","CT"
"rs2365839","X","92136249","AC"
"rs5939945","X","92163827","AG"

[Daemon2017]

А по поводу "гетерозиготных" FTDNA результатов в X хромосоме мужчины есть идеи? Баг/фича?

Код: [Выделить]

"rs17883004","X","1370495","AG"
"rs5982920","X","2844723","CT"
"rs1635250","X","3251791","AG"
"rs5983130","X","3268105","CT"
"rs12397260","X","3359262","AG"
"rs35842692","X","4945714","AC"
"rs35361563","X","5421068","AG"
"rs5961373","X","5757952","AG"
"rs1639119","X","8468062","CT"
"rs4893199","X","88450838","CT"
"rs2534116","X","88571714","CT"
"rs2455512","X","88775747","GT"
"rs34949051","X","88814784","AG"
"rs3995196","X","88941051","AG"
"rs6618293","X","89300574","AG"
"rs2755514","X","89711417","AG"
"rs17004240","X","89770039","AC"
"rs3014505","X","90115556","CT"
"rs5984873","X","91222067","AC"
"rs2364526","X","91670264","AG"
"rs2751415","X","91786208","AG"
"rs2751196","X","91885936","CT"
"rs1157112","X","91930140","CT"
"rs2506262","X","92005980","GT"
"rs35766825","X","92006619","AG"
"rs11091837","X","92059595","CT"
"rs2365839","X","92136249","AC"
"rs5939945","X","92163827","AG"

На форуме что-то писали на эту тему - поищите. Помню то, что говорилось про женщин: AG = A-T G-C. Про мужчин - не помню.