АвторТема: дДНК из верхнепалеолитической стоянки Сунгирь  (Прочитано 8112 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +334/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Согласно таблице S12 у образца Сунгирь 1 (SI)
Z28888 C1a2a 16,870,467 G->A
Уровень C1a2a-V182 соответствует в YFull уровню C-Y10475. При этом в дереве ISOGG на уровне C1a2a действительно имеется Z28888, однако в YFull в позиции 16,870,467 указаны другие снипы: Y12178 • Z25957 • F14472 • Z25957.2 - также с переходом G->A. Тот же самый набор снипов указан и на ybrowse. (Странно, что снип Z28888 с 2015 года находится на дереве ISOGG, а в ybrowse его вовсе нет, а на его месте снип из той же серии Z, но с другим порядковым номером ??? референс что ли другой :-\) При этом данные снипы на дереве YFull находятся уже на уровне C-V222, который сам по себе сильно моложе, нежели исследуемые палеолитические останки - formed 16300 ybp, TMRCA 4300 ybp https://yfull.com/tree/C-V222/

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 5522
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2307/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Если я верно понял смысл колонки "Fraction of derived mutations", большая часть снипов уровня C1a2 у сунгирьцев отрицательна и затесалось одно ложноположительное прочтение уровня C1a2a.
« Последнее редактирование: 07 Октябрь 2017, 10:47:51 от Srkz »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Цитировать
Уровень C1a2a-V182 соответствует в YFull уровню C-Y10475. При этом в дереве ISOGG на уровне C1a2a действительно имеется Z28888, однако в YFull в позиции 16,870,467 указаны другие снипы: Y12178 • Z25957 • F14472 • Z25957.2 - также с переходом G->A. Тот же самый набор снипов указан и на ybrowse. (Странно, что снип Z28888 с 2015 года находится на дереве ISOGG, а в ybrowse его вовсе нет, а на его месте снип из той же серии Z, но с другим порядковым номером ??? референс что ли другой :-\)
у Z большая чехарда, много имен для одного и того же снипа бывает, даже не по два а по три Z.. тут такая же история, назвали Z25957 потом опять назвали Z28888, в итоге выбрали раннее название а в исоге наверное забыли заменить, снипов то оч много уже, так что проблем нет, главное это позиция и замены

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
пока не известно с каким качеством прочитан Z28888, какие другие снипы есть из той же ветки и вобще вся "лестница"

Онлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +334/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
По Сунгирь 1 "лестница" от авторов статьи такая

"Covered" - это число прочтений? И что означает столбец "Mutations covered"?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
По Сунгирь 1 "лестница" от авторов статьи такая
я имел ввиду не лестницу из статьи а из исходника, альтернативную, по всем снипам, с качеством и тд

Оффлайн ннАвтор темы

  • Сообщений: 256
  • Рейтинг +148/-72
Сравните сунгирьцев и костенковца 14, это совершенно разные антропологические типы находящиеся буквально на разных полюсах антропологической классификации, отличие буквально во всем, при всем при том что генетически они не сильно отличаются. Интересно было бы посмотреть реконструкцию по черепу Костенки 12, который генетически почти не отличается от сунгирьцев.

Местонахождение: Сунгирь
Череп: Сунгирь-1
Автор: М.М.Герасимов
 

Местонахождение: Сунгирь
Череп: Сунгирь-2
Автор: Г.В.Лебединская
      

Местонахождение: Сунгирь
Череп: Сунгирь-3
Автор: Т.С.Сурнина
    

Местонахождение:Маркина гора (Костёнки XIV)
Датировка: около 30 тыс. л. н.
Автор: М.М. Герасимов
 
Khartanovich_Moiseev_Zubova_ris_3Череп человека из стоянки Костёнки 14 (Маркина гора) Коллекции МАЭ РАН, № 6463-1/2


Онлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +334/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
По Сунгирь 1 "лестница" от авторов статьи такая
я имел ввиду не лестницу из статьи а из исходника, альтернативную, по всем снипам, с качеством и тд
Да, я так и понял Вашу мысль.
Но пока исходники не опубликованы, исходим из того что есть в самой статье.
Со временем надеюсь увидеть како-нибудь сунгирьца и на дереве YFull :) (если, конечно, качество позволит).

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12761
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2536/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
prosto ya pro Sungir mnogo chital chto eto yakob@ predki slavyan :D ;) ;)

Ты ешё Чудинова почитай, тогда вообще узнаешь, что все в мире - это потомки славян! ;D ;D ;D

Оффлайн ннАвтор темы

  • Сообщений: 256
  • Рейтинг +148/-72
BAMы сунгирьцев лежат в https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB22592

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12761
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2536/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Жители Владимирской области скрещивались с "вымершими" неандертальцами

Пять скелетов из пещеры Сунгирь не имеют никаких следов инцеста, а популяция, членами которой они были, должна была быть довольно многочисленной.

Цитировать
Международная группа учёных, среди которой были и исследователи из Института этнологии и антропологии РАН, изучила ДНК пяти людей, похороненных в пещере Сунгирь (Владимирская область) 34 тысячи лет назад. Вопреки более ранним оценкам, у них не оказалось следов близкородственного скрещивания. Размер популяции, в которой они жили, мог достигать полутысячи человек. Кроме того, их гены указывают на необычайно позднее скрещивание с неандертальцами — в период, когда, по современным представлениям, те уже вымерли. Соответствующая статья вышла в Science.

Исследователи установили, что все пять скелетов, хотя и происходят от одного общего предка по мужской и женской линиям, не были близкородственными. Они все произошли от группы людей численностью около 300 человек, отдалившейся генетически от других групп Homo sapiens 38 тысяч лет назад. Четыре тысячи лет спустя численность их популяции, по генетическим данным, колебалась в диапазоне 200–500 человек. Последняя цифра довольно велика для каменного века — сегодня группы охотников-собирателей редко живут такими группами. Отсутствие следов близкородственного скрещивания означает, что люди каменного века сознательно избегали его, выбирая невест из неродственных групп.

Довольно неожиданным оказалось то, что в генах третьего сунгирьского скелета есть следы скрещивания с неандертальцами около 36 тысяч лет назад. Этот факт следует отделять от ранее известных скрещиваний людей и неандертальцев 130–140 и 55 тысяч лет назад. Дело в том, что, по современным представлениям, неандертальцы в Европе 40 тысяч лет назад вымерли везде, кроме изолированной Испании, куда кроманьонцы не могли попасть.

Считается, что вымирание было связано с появлением людей современного типа. Третий сунгирьский скелет показывает, что картина была сложнее. Где-то жители сунгирьской популяции смогли пресечься с неандертальцами и дали жизнеспособное потомство. Возможно, выживание неандертальцев в Европе было более долгим, чем представлялось до сих пор. В то же время авторы не исключают и других объяснений своих данных.

Оффлайн ннАвтор темы

  • Сообщений: 256
  • Рейтинг +148/-72

Sample
Period
Date
Haplogroup
Sungir 1Mid Upper Paleolithic33,875–31,770 BPpre-C1a2-V20
Sungir 2Mid Upper Paleolithic35,283–33,185 BPpre-C1a2-V20
Sungir 3 
Mid Upper Paleolithic35,154–33,031 BPpre-C1a2-V20
Sungir 4Mid Upper Paleolithic34,485–33,499 BPpre-C1a2-V20
Sungir 6High Middle Ages1100–1220 ADI2a1b2a1a1a1a3-A16681

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
СТРы (143) SUNG3
на скорую руку (') - слабое покрытие, не максимальная достоверность
DYS388 = 13'
DYS426 = 12'
DYS436 = 13'
DYS442 = 12'
DYS445 = 12'
DYS454 = 11
DYS455 = 11
DYS460 = 10
DYS461 = 12'
DYS462 = 12'
DYS466 = 7
DYS467 = 14
DYS468 = 17'
DYS471 = 22'
DYS473 = 10
DYS474 = 8
DYS475 = 8'
DYS476 = 11'
DYS477 = 8
DYS480 = 8
DYS484 = 13
DYS488 = 13'
DYS489 = 12
DYS490 = 12'
DYS494 = 9
DYS495 = 15'
DYS496 = 9'
DYS499 = 8
DYS502 = 13'
DYS510 = 16'
DYS512 = 8'
DYS517 = 13'
DYS530 = 9
DYS537 = 11'
DYS538 = 9'
DYS540 = 11
DYS545 = 10.t
DYS550 = 8
DYS551 = 14'
DYS557 = 15'
DYS559 = 8'
DYS567 = 10
DYS568 = 11
DYS569 = 11'
DYS572 = 10
DYS576 = 15'
DYS577 = 9
DYS579 = 9
DYS580 = 9
DYS582 = 8
DYS583 = 8'
DYS584 = 8'
DYS585 = 10
DYS587 = 17'
DYS590 = 8
DYS593 = 15'
DYS594 = 10'
DYS609 = 8'
DYS612 = 24'
DYS613 = 8'
DYS615 = 8
DYS616 = 13'
DYS617 = 12
DYS618 = 11
DYS620 = 8
DYS621 = 8'
DYS623 = 10'
DYS624 = 9'
DYS630 = 20'
DYS632 = 8'
DYS638 = 11'
DYS639 = 10
DYS640 = 11'
DYS643 = 10
DYS645 = 8
DYS677 = 11'
DYS678 = 11'
DYS681 = 5'
DYS683 = 10
DYS692 = 7'
DYS696 = 7
DYS718 = 14'
DYS722 = 20'
DYS723 = 19
DYF385.1 = 9
DYF385.2 = 10
DYF390 = 10
DYF392 = 8
Y-GATA-A10 = 12'
Y-GGAAT-1B07 = 9'
G09411 = 12'
ATA71D03 = 10'
DYR5 = 8
DYR6 = 14'
DYR15 = 12'
DYR19 = 9'
DYR20 = 10'
DYR28 = 11'
DYR29 = 11'
DYR39 = 11
DYR40 = 13'
DYR43 = 8'
DYR44 = 8'
DYR47 = 4
DYR48 = 12'
DYR51 = 6
DYR54 = 11'
DYR55 = 13'
DYR57 = 11'
DYR58.1 = 8
DYR58.2 = 11
DYR61 = 8
DYR62 = 5
DYR65 = 8
DYR69 = 6
DYR71 = 7'
DYR82 = 10
DYR83 = 12'
DYR85 = 8'
DYR91 = 6'
DYR92 = 12'
DYR95 = 7'
DYR101 = 10'
DYR102 = 7'
DYR106 = 9'
DYR107 = 8
DYR110 = 5'
DYR111 = 12'
DYR112 = 13
DYR119 = 12'
DYR135 = 12'
DYR136 = 6'
DYR139 = 14'
DYR144 = 7'
DYR150 = 13'
L14 = 4
DYR146 = 9
DYR152 = 10'
DYR167 = 11'
DYR168 = 6'
DYR175 = 14'
DYR177 = 7
DYS425 = 12

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6264
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1140/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z

Sample
Period
Date
Haplogroup
Sungir 1Mid Upper Paleolithic33,875–31,770 BPpre-C1a2-V20
Sungir 2Mid Upper Paleolithic35,283–33,185 BPpre-C1a2-V20
Sungir 3 
Mid Upper Paleolithic35,154–33,031 BPpre-C1a2-V20
Sungir 4Mid Upper Paleolithic34,485–33,499 BPpre-C1a2-V20
Sungir 6High Middle Ages1100–1220 ADI2a1b2a1a1a1a3-A16681

C-CTS11043
https://yfull.com/tree/C-CTS11043/

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
C-CTS11043
https://yfull.com/tree/C-CTS11043/
это временная позиция, вероятно расщепит ветку

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100