АвторТема: Ошибки при определении гаплогруппы и др.  (Прочитано 1127 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Константин_112Автор темы

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: I1-M253
Приветствую всех на форуме!
Нахожусь в процессе чтения материалов по теме ДНК-анализа для тестирования по Y-хромосоме.
Пожалуйста, помогите понять вашу предметную область. Хочу заказать длинные Y-тесты.
(вопросы могут быть для вас смешные).

1. Как физически контора определяет мою галогруппу. Не гаплотип (набор STR), но гаплогруппу ? (или дайте ссылку, откуда можно понять физику процесса).
1.1. (Как часто ошибаются генетич.лабр.? ) 

2. Гаплогруппа (haplogroup) имеет имя длиной в 1 литеру: A, B, C, ... (есть стандарт маркировки)
Если разговор идет о R1 или R1a, то это уже субклады (suclades).
Если кто-то называет R1a гаплогруппой, то формально это неверно,
и делается в рамках устоявшегося жаргона ?

3. Если, например, вам сообщили в результатах Y-теста, что ваша гаплогруппа   I   и предоставили дополнительно, например, 23 STR (23 маркера) + указали ближайший субклад,     далее   вы нашли в БД  2 других человека: один с гаплогруппой G  и расхождением с вами по STR-повторам = 0,  и другой с гаплогруппой  I и  сумма расхождений с вами по STR-повторам = 7 (или 10 или 12) , то теория говорит, что человек с I вам по мужской линии все равно ближе, чем человек с гаплогруппой G. Потому что STR - обратимые мутации, и это может быть случайное совпадение. 

4. Почему бы тогда, если SNP - необратимые мутации , почему бы не сравнивать людей только по SNP ?

 

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 947
  • Страна: ru
  • Рейтинг +273/-6
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY89957
  • мтДНК: V7a1
Re: Ошибки при определении гаплогруппы и др.
« Ответ #1 : 18 Август 2017, 18:43:20 »
1. Как физически контора определяет мою галогруппу. Не гаплотип (набор STR), но гаплогруппу ? (или дайте ссылку, откуда можно понять физику процесса).
1.1. (Как часто ошибаются генетич.лабр.? ) 


ФТДНА определяет Ваши STR и по ним прогнозирует ГГ. Если точность прогноза низка, то она самостоятельно и бесплатно запускает для кита тест Backbone, исследующий SNP верхних уровней.
Ошибаются иногда: у меня на Y12 прогнозировали ГГ C1, но я не стал настаивать на Backbone, т.к. Y37 уже был заказан и вот уже он показал R1a  ;)

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5057
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1791/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: Ошибки при определении гаплогруппы и др.
« Ответ #2 : 18 Август 2017, 18:51:22 »
4. Так дороже, но движение в этом направлении идет :)
3. Это называется гомоплазия, временами встречается

Оффлайн Sylvester

  • European 97% EE:70%_SE:14%_Fin:9%_Sca:4% C.Asia:<2%_Siberia:<2%
  • Сообщений: 1514
  • Страна: ru
  • Рейтинг +480/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF01670 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians SWE>RUS
  • мтДНК: N1a1a1a1a +{146C,3531A} LBK>Sintashta(RISE391) RUS,KAZ,BGR,HUN
Re: Ошибки при определении гаплогруппы и др.
« Ответ #3 : 18 Август 2017, 22:19:12 »
1.  Вижу у вас в подписи стоит I1-M253. С ней сложно ошибиться. Где тестировались и сколько у вас уже маркеров сделано? Если в FTDNA и хотя бы 25 маркеров сделали, то посмотрите на значение маркера DYS455, если  8, то это говорит в пользу того что у вас действительно I1. Если в FTDNA, то обратите внимание каким цветом у вас в проекте(если вы участвуете в каких-либо проектах) отображается гаплогруппа, красная - прогнозированная, зеленая - протестированная на SNP верхних уровней(сделан Backbone тест).

Цитировать
Хочу заказать длинные Y-тесты.
- что имеете ввиду? Хотите проапгрейдится на большее количество маркеров STR? Обратите внимание на тест BigY (это тест SNP), на него до конца августа хорошая скидка.

Оффлайн Константин_112Автор темы

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: I1-M253
Re: Ошибки при определении гаплогруппы и др.
« Ответ #4 : 21 Август 2017, 23:12:53 »
Спасибо, немного стало понятнее.
Мне определили повторы в 23 маркерах из общеупотребительных и в еще 3-х (которые я пока не нашел в публичных базах : DYS 627, 518 и F387S1 )
Маркера DYS455 среди них нет.
Я хочу обращаться туда, где меньше ошибаются по Y-chr  :)
Скорее всего FTDNA.

Оффлайн Sylvester

  • European 97% EE:70%_SE:14%_Fin:9%_Sca:4% C.Asia:<2%_Siberia:<2%
  • Сообщений: 1514
  • Страна: ru
  • Рейтинг +480/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF01670 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians SWE>RUS
  • мтДНК: N1a1a1a1a +{146C,3531A} LBK>Sintashta(RISE391) RUS,KAZ,BGR,HUN
Re: Ошибки при определении гаплогруппы и др.
« Ответ #5 : 22 Август 2017, 09:04:50 »
Я хочу обращаться туда, где меньше ошибаются по Y-chr  :)
Скорее всего FTDNA.
В FTDNA сейчас как раз летние скидки, в том числе и на STR тесты. Y-37 до конца августа стоит $139, можете пока с него начать.
Если вам нужен предварительный анализ по тем 23 маркерам которые у вас уже есть, то выкладывайте их значения тут, спецы с форума на них посмотрят, выскажут свои предположения.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10244
  • Страна: az
  • Рейтинг +1430/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Ошибки при определении гаплогруппы и др.
« Ответ #6 : 22 Август 2017, 13:51:06 »
Цитировать
Мне определили повторы в 23 маркерах из общеупотребительных и в еще 3-х (которые я пока не нашел в публичных базах : DYS 627, 518 и F387S1 )
Маркера DYS455 среди них нет.
Я хочу обращаться туда, где меньше ошибаются по Y-chr  :)
Скорее всего FTDNA.
Константин, Вы неверно поняли ситуацию. Гаплогруппу (I1-M253) Вам определили верно. Если Вы приведёте здесь свой гаплотип из 27 маркёров, то мы можем определить более глубокий субклад (подветвь) этой гаплогруппы.

Преимуществом ФТДНА является возможность более широкого теста игрек-хромосомы, вплоть до 111 мркёров и широкого секвенса, а также возможность найти патернальных (то есть родственных по прямой мужской линии) родственников в их базе данных.

Я рекомендую Вам открыть отдельную тему в этом разделе и опубликовать в ней свои маркёры. Наши мэтры в области I1 сообщат много нового даже на основании этой информации.

Оффлайн Константин_112Автор темы

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: I1-M253
Re: Ошибки при определении гаплогруппы и др.
« Ответ #7 : 23 Август 2017, 11:11:51 »
Спасибо, Фарух, может и правда,мэтры в области I1, смогут определить что-то глубже, чем
 I-M253-DF29.
Получается, в случае I1 , из-за однородности распределения субкладов, даже заказ 111-маркеров
будет, как слону дробина, надо тестировать субклады.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100