АвторТема: О технике анализа образцов аутосомной ДНК  (Прочитано 3699 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Для того, чтобы знать, что представляют собой данные в наших "роу дата" на сайте 23иЯ, необходимо хотя бы вкратце представлять себе, что происходит с нашими образцами на входе. По литературе я составил себе некоторое представление об этом, хотя не уверен, что оно верно в деталях:
 
Итак - сначала с нашими образцами слюны проводятся некоторые химические манипуляции в результате которых получается раствор с содержащимися в нём одиночными нитями всех наших хромосом. Затем в него вводятся праймеры, которые прикрепляются к разным сегментам нитей. Участки между праймерами амплифицируются (размножаются) с помощью ПЦР - полимеразной цепной реакции.
 
На каждой хромосоме амплифицируется от десятка до сотни таких участков, всего - около тысячи. Каждый состоит из всего 500-600 нуклеотидов.
 
Затем в раствор вводится на микрочип - матрицу фирмы Иллюмина, состоящую из примерно тысячи колодцев, в каждом из которых также находится типа праймер, адгезивный к конкретному участку. В результате каждый из участков прилипает в свой колодец, причем - как материнская, так и отцовская нить - в один и тот же.
 
Затем в каждом колодце эти парные нити секвенируются с помощью меченых нуклеотидов, которые последовательно садятся на нити в результате их полимеризации эндонуклеазой. При каждой посадке следует вспышка отновременно двух цветов из четырёх возможных - с материнской и отцовской нитей. Эти вспышки фиксируются одновременно по всем колодцам, и в результате, вуаля - получаем последовательность пар нуклеотидов на 500 участках от отца и мамы (не зная правда, какой именно нуклеотид - от кого пришел, знаем только их пары).
 
Вот и получается - 500 тысяч снипов. Хотя строго говоря, это ещё не снипы, а просто - последовательности нуклеотидов длиной около 500 на разных участках каждой хромосомы. Очень важно представлять, что этими снипами наша ДНК тестируется не в отдельных точечках , а непрерывными участками - по 500 нуклеотидов в каждом.
 
Вот так я себе представляю нашу "роу дата". Очень хотел бы, чтобы наши знатоки поправили меня, если в каких либо важных местах моё представление неверно.

Оффлайн Gregor

  • Сообщений: 68
  • Страна: am
  • Рейтинг +21/-0
  • мтДНК: H4a1a1a
Уважаемый Овод. Вы описали процесс СЕКВЕНИРОВАНИЯ ДНК. Снипирование (по крайней мере в FTDNA) проводится методом ГИБРИДИЗАЦИИ ДНК, FTDNA работает на чипах фирмы Иллюмина. Работает это следующим образом: на поверхность  чипа пришиваются кусочки однонитевой ДНК. Каждый кусочек служит "ловушкой" для одного из снипов. Затем на микрочип вносят раствор ДНК испытуемого. Если у кусочка ДНК испытуемого есть данный снип он "прилипает" к "ловушке", если нет - плывет мимо.) Факт прилипания регистрируется по вспышке света. Сколько снипов детектировать - дело хозяйское.  Чипы есть и на 5 млн снипов, но и стоят они дороже.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1353/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Где же наш Овод...

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100