Ностратическая теория была подвергнута всестороннему критическому разбору специалистов по разным языковым семьям с точки зрения надежности привлекаемого материала финно-угорских [Серебренников, 1982; Хайду, 1985], тюркских, шире - алтайских [Doerfer, 1973; Щербак, 1984], дравидийских [Андронов, 1982], кавказских языков [Климов, 1986]. Критики гипотез отдаленного родства сходятся в одном: методика реконструкции праязыковых состояний, призванных доказать древнейшее родство различных языковых семей, не удовлетворяет принципам корректного научного анализа.
Анализируя устанавливаемые В.М. Илличем-Свитычем соответствия индоевропейским сериям гуттуральных в уральских и алтайских языках, A.M. Щербак отмечает сомнительность привлекаемых примеров из алтайских языков. В качестве таковых названы заимствования, сопоставления, опирающиеся на внешнее созвучие, изобразительные слова, которых в словаре Иллича-Свитыча насчитывается треть от общего числа слов, и др. [Щербак, 1984, 32 и след.].
Рассматривая попытку С.А. Старостина установить генетическое родство между енисейскими и северокавказскими языками, по его мнению обнаруживающими "довольно большое количество общих корней с базисной семантикой, на множестве которых удается установить в целом достаточно регулярные (и интересные) фонетические соответствия" [Старостин, 1982, 235], Г.А. Климов подвергает ее резкой критике как с точки зрения реалистичности реконструируемой фонологической системы (реконструируется более 100 согласных и 9 гласных), так и с точки зрения антиисторичности семантических реконструкций [Климов, 1986, 129 и след.].