Вопрос о близости уральских и алтайских я бы все же считал пока открытым. В любом случае если таковая есть то она очень глубока.
Алтайцы мне кажутся изначально формировавшимися все же несколько восточнее Алтая - Монголия, Северный Китай, Маньчжурия. Уральцы же явно северо-западнее.
Так почему японцы близки по языку алтайцам? Думаю, подцепили в Восточной Монголии или Манчжурии.
В Японии, емнип, достаточно хорошо прослеживаются миграции из восточно-степного ареала через Корею (вплоть до курганных погребений). Соответственно язык был привнесен туда сравнительно поздно (имхо культура яёй или где-то в этом интервале) с континента.
Корейский, опять же насколько я помню, тоже алтайского ареала.
И есть кандидат на носителей этого языка праалтайского - DE (хE) - предки айнов и тибетцев.
А что общего у тибетцев и айнов?
Вот если бы урало-алтайцы выводились бы из сино-кавказцев, тогда всее было бы хорощо.
Скорее всего произошла смена языка у какой-то группы. В целом уральские и алтайские на мой взгляд скорее восточные по происхождению, в то время как сино-кавказские двигались с юга и через центральную Азию.
В этом отношении кстати особо интересно посмотреть на генетические данные чукчей, на-дене и ительменов.