Чем платить 100$ за Bam файл в ФТДНА, лучше купить этот тест и крутануть итальянскую рулетку
К сожaлeнию рулетка. После нового года отправил образцы, получил результаты во время. Но у одного образца вот такой анализ качества. По fastp забраковано 30% ридов. Уровень дубликации 11.5%.
А вот несколько картинок после обработки FastQC.
Read_1:
Read_2:
Overrepresented sequences
Sequence Count Percentage Possible Source
GTGGAATTCAGTTAGACGATTTTGAATGTGTTTCCTGAATGCTGACCGTG 3232093 6.588783855987028 No Hit
NACCAGCTCCTGCCAGGGAAACCGGTTCCATCCAGAGCCTGGCTTGTGTC 3207111 6.537856794701889 No Hit
GTGCCCGAGCCGTCGCCCATTCTGGAATCCTATGTGGTGGGCATGGCCGT 3188685 6.500294468577482 No Hit
CTCCTCATCAATTTCTTTGCTTCTTCATCCATCCACTCATCTGTCCTTCA 3187571 6.498023523646265 No Hit
GGTGCACCCCGCTGCACCACCTCAGGGGGAGTCCTTTTATATATGGGGGT 3179734 6.482047405669657 No Hit
GTACAGCTCCACCTTGGCCTGCACTGTCCAGCCTGCCGAGCCGAAGCCCC 3162630 6.447180042919635 No Hit
NCTCTCACGTGCTTGATCTGTTCTGTCTGTGTCCTTTAATATAAATGTTT 3130393 6.3814632998786855 No Hit
GTTTGGGTCTACCTGGTAAGATTAGAATACAGAGGAGTCTGAGGCTATGA 3098774 6.317006380866004 No Hit
GTTTCTTGGGGAACCACTGCATTTAAATTCGAGTTCAAATTAAATAAAAC 3079839 6.278406432685951 No Hit
GCGGGGGCGGGGGGGCGCTCCGACGGCCGGGATGATAATTACAGTTTGCG 3069964 6.258275749386345 No Hit
GACATTGCTTCTATCTAGTTTTTATTGGAAGATATCTCCTTTTTCACCGT 3063495 6.245088368093672 No Hit
GTATGTACCAGGAGCCAATGAGATGTGCATGTCAGCTGTAGCTGCCTTTG 3046256 6.209945801065632 No Hit
NGTCTACGTACTCGCCGGTCTTGGCGTTGAATCCGTGACCCACGGGCAGT 2991804 6.098942665163847 No Hit
GGAGTAAATGCGCAACAACGTGCGGTAGCCATCCACCATTTGGACACGCC 2890252 5.891923814486224 No Hit
ATTGTACATTATCCATTGTATGTGCATGGCTTCACCCCTAACCACCTTTT 2874613 5.860042927790271 No Hit
GTGCTGGACCATAGTTTTTTCCATTCATGGTTATCACGCAGGCGCTTGTC 2651256 5.404718469081411 No Hit
Пока все хорошо, то хорошо. Но на мои е-мэйлы Данте не отвечает. Посылал им все отчеты по качеству, но реакции ноль. Сделали 96 Гигабаз, но то, что 30% полное ..., их не волнует. Поэтому рулетка. Если все хорошо, то будьте довольны результатами, но сами проверяйте качество полученных данных fastp, fastqc и bamqc. Иначе то, что написано в отчетах по здоровью, будет просто ненадежно.