АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 168833 раз)

0 Пользователей и 3 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1185 : 28 Апрель 2020, 18:55:05 »
Это ведь очень значительно, и если проблема именно в тесте Данте, то вынести в FAQ что их аутосомы имеют худшее качество.
Да не так и значительно. Ну порвался сегмент, его общая сумма почти не изменилась :)
Когда я добавлял научные геномы к себе в коллекцию, аналогичное с чипами по количеству разрывов сегментов качество начиналось примерно от покрытия 45x. Выходит, для идеала надо делать тест Данте дважды и сливать результаты вместе, получая 60х. Но и 30х совсем неплохо.

Проблема в том что таких случаев много, и в итоге "топовые" на FTDNA совпаденцы спускаются далеко вниз (ведь longest block это важная величина).

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1186 : 28 Апрель 2020, 19:01:31 »
Проблема в том что таких случаев много, и в итоге "топовые" на FTDNA совпаденцы спускаются далеко вниз (ведь longest block это важная величина).
я тооже придавал бОльшее значение Longest block, но опытный спец поправил мое мнение.
Заодно посмотрите: Correcting for Small Segments in FamilyTree DNA https://www.youtube.com/watch?v=ECgq-sPbd1Q&list=PLcVx-GSCjcdnuRcMBxcxGmfWEcHR6XmqV&index=4&t=0s

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1187 : 29 Апрель 2020, 11:46:07 »
Проблема в том что таких случаев много, и в итоге "топовые" на FTDNA совпаденцы спускаются далеко вниз (ведь longest block это важная величина).
я тооже придавал бОльшее значение Longest block, но опытный спец поправил мое мнение.
Заодно посмотрите: Correcting for Small Segments in FamilyTree DNA https://www.youtube.com/watch?v=ECgq-sPbd1Q&list=PLcVx-GSCjcdnuRcMBxcxGmfWEcHR6XmqV&index=4&t=0s
Просмотрел видео, и там вроде бы человек как раз говорит что "маленькие сегменты" не значат ничего, и нужно их обрезать.


Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1188 : 29 Апрель 2020, 11:47:49 »
Когда я добавлял научные геномы к себе в коллекцию, аналогичное с чипами по количеству разрывов сегментов качество начиналось примерно от покрытия 45x. Выходит, для идеала надо делать тест Данте дважды и сливать результаты вместе, получая 60х. Но и 30х совсем неплохо.
Я так понял что нужно брать Whole GenomeZ - Whole Genome for Advanced Analysis (130X + 30X).
130х на "горячие" регионы с большим количеством мутаций, и 30х на остальной геном. И по деньгам получается выгоднее чем 2 по 30х

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1189 : 29 Апрель 2020, 12:11:20 »
Просмотрел видео, и там вроде бы человек как раз говорит что "маленькие сегменты" не значат ничего, и нужно их обрезать.
вот и выходит, что Longest block у FTDNA вовсе и не такой уж Longest и параметр не самый важный

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1190 : 29 Апрель 2020, 12:16:19 »
Что, млин, я не так делаю?
трудно комментировать, снести всё, почистить регистр и по новой установить, наверно есть такая инструкция https://docs.google.com/document/d/1zM-tGKsr-UOMyn1PT4fdy_aEJCy4Wz_q4k-Js3fSpB0/edit?fbclid=IwAR3Y45VvXPybOTJWO1WAyzOP_CCJ0x-j1_BrYv6-vgp2QkcceQViz_o0dKg#

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1191 : 29 Апрель 2020, 12:27:31 »
Я так понял что нужно брать Whole GenomeZ - Whole Genome for Advanced Analysis (130X + 30X).
130х на "горячие" регионы с большим количеством мутаций, и 30х на остальной геном. И по деньгам получается выгоднее чем 2 по 30х
Я уже немного пожалел, что вчера отписался, поскольку с аутосомами от Dante сам-то почти ничего и не делал. Поэтому, теоретические рассуждения лучше подкрепить практикой. А именно, поискать отзывы, что из этого 130х + 30х получается на деле при конвертации. Может, кто-то даже пробовал делать дважды по 30х. Деньги всё-таки достаточно заметные, особенно без скидок по акциям.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1192 : 29 Апрель 2020, 17:34:58 »
Принялся применять BAM везде, где только можно - неожиданный WGS Extract дает много возможностей из коробки.
1) Построил жирный файл аутосом (51 Мб) и закинул в Gedmatch;
2) Построил файл с некартированными SNP (всякая ротовая живность) - подумываю выложить 25$ и выяснить личности своих постояльцев;
3) Сейчас попробую залить BAM на DRAGEN Germline и переделать его в hg38.

Кстати, статистика вот такая:


Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1193 : 29 Апрель 2020, 18:16:33 »
Кстати в том же WGSExtract за 2 минуты определил свою конечную ветвь - которую YFull определял кажется около недели.
И там же рекомендация залить на YFull

У меня статистика чуть лучше, особенно по Y, но все еще заметно хуже чем BigY от FTDNA
https://yadi.sk/i/2jQnhiT-tlxuPQ
https://yadi.sk/i/4bwhcMMmyDziiQ

2) Построил файл с некартированными SNP (всякая ротовая живность) - подумываю выложить 25$ и выяснить личности своих постояльцев;

А как это можно сделать и куда заливать?
« Последнее редактирование: 29 Апрель 2020, 18:31:59 от Viktor97 »

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1194 : 29 Апрель 2020, 19:55:11 »
У меня статистика чуть лучше, особенно по Y, но все еще заметно хуже чем BigY от FTDNA
https://yadi.sk/i/2jQnhiT-tlxuPQ
https://yadi.sk/i/4bwhcMMmyDziiQ

2) Построил файл с некартированными SNP (всякая ротовая живность) - подумываю выложить 25$ и выяснить личности своих постояльцев;

А как это можно сделать и куда заливать?

Ого, повезло!

А на последней вкладке есть инструмент и адрес, куда заливать:

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1195 : 29 Апрель 2020, 20:10:41 »
Похоже, что с загрузкой на https://emea.illumina.com/ у меня облом: маршрутизатор от МГТС перезагружается от нагрузки, а пока идет восстановление сети, закачка оказывается разорванной. Скачивал через менеджер загрузок с возможностью докачки (JDownloader) - это решило проблему, а в обратную сторону так не выкрутиться  :-\ Вроде 200 мбит/с, а нормально не получается пользоваться.
Попробовал грузить через мобильную сеть: Теле2 выдает 8 мбит/с - на весь файл уйдет 12+ часов, т.е. это уже легкое безумие. Буду грузить hg37, что поделать  ::)

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1196 : 29 Апрель 2020, 20:25:59 »
Похоже, что с загрузкой на https://emea.illumina.com/ у меня облом: маршрутизатор от МГТС перезагружается от нагрузки, а пока идет восстановление сети, закачка оказывается разорванной. Скачивал через менеджер загрузок с возможностью докачки (JDownloader) - это решило проблему, а в обратную сторону так не выкрутиться  :-\ Вроде 200 мбит/с, а нормально не получается пользоваться.
Попробовал грузить через мобильную сеть: Теле2 выдает 8 мбит/с - на весь файл уйдет 12+ часов, т.е. это уже легкое безумие. Буду грузить hg37, что поделать  ::)
Hg38 файлы можно заказать у Данте за, кажется, 20 евро

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1197 : 29 Апрель 2020, 20:52:38 »
Похоже, что с загрузкой на https://emea.illumina.com/ у меня облом: маршрутизатор от МГТС перезагружается от нагрузки, а пока идет восстановление сети, закачка оказывается разорванной. Скачивал через менеджер загрузок с возможностью докачки (JDownloader) - это решило проблему, а в обратную сторону так не выкрутиться  :-\ Вроде 200 мбит/с, а нормально не получается пользоваться.
Попробовал грузить через мобильную сеть: Теле2 выдает 8 мбит/с - на весь файл уйдет 12+ часов, т.е. это уже легкое безумие. Буду грузить hg37, что поделать  ::)
Hg38 файлы можно заказать у Данте за, кажется, 20 евро

Ого! Спасибо за информацию.
Пошел искать в разделе https://www.dantelabs.com/collections/all и нашел:

Оплатил, надеюсь, что они справятся.

Пойду писать в YFull, чтобы не обрабатывать hg37, а дождались hg38, а то нехорошо будет.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1198 : 29 Апрель 2020, 21:00:06 »
Еще нашел, что у DL появилась возможность импорта из 23иЯ и Ancestry: https://www.dantelabs.com/products/import-your-genetic-data?variant=29761262878764

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1199 : 29 Апрель 2020, 23:17:57 »
Еще нашел, что у DL появилась возможность импорта из 23иЯ и Ancestry: https://www.dantelabs.com/products/import-your-genetic-data?variant=29761262878764

Думаю в этом нет смысла. Это бесполезно для тех у кого есть WGS от Данте т.к. те репорты уже включены, и бесполезно для клиентов 23иЯ т.к. в 23иЯ эти же репорты намного лучше.
Но интересно что они ввели такую возможность.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.