АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 168679 раз)

0 Пользователей и 4 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 464
  • Страна: kz
  • Рейтинг +287/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1170 : 23 Апрель 2020, 17:36:42 »
У Dante Labs скидка -50% на DNA day :) Ожидал повторение цены как на черную пятницу (было 189баксов -10% купон yfull10).

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1171 : 24 Апрель 2020, 20:38:56 »
Успех!  :)

26.03.20 посылка получена
24.04.20 тест готов (и отчеты)
BAM весит 42.6


« Последнее редактирование: 24 Апрель 2020, 20:55:49 от Daemon2017 »

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1172 : 24 Апрель 2020, 22:44:35 »
Успех!  :)

26.03.20 посылка получена
24.04.20 тест готов (и отчеты)
BAM весит 42.6
10.03.20 посылка получена
28.03.20 начало секвентирования
24.04.20 тест готов (и отчеты)
BAM весит 42
93.6 гигабаз
Вероятно, они ждут необходимого количества китов, чтобы загрузить в машину.
« Последнее редактирование: 25 Апрель 2020, 13:07:15 от vad245 »

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1173 : 26 Апрель 2020, 23:43:22 »
Есть вопрос по аутосомам от Данте.
С помощью программы WGS Extract создал суперкит и залил его на гедматч.
При сравнении с моим же тестом от FTDNA, общих 3558.7cm что на мой взгляд мало (даже с матерью больше - 3579.7).
На ките FTDNA есть совпаденец с 40.2cm max,   51.5cm total. Он же при сравнении кита Dante Labs - 26.9cm max, 38.1cm total.

Чем обусловлены такие результаты? Косячит Данте, FTDNA дорисовывает cm, или проблема в программе WGS Extract?

P.S. Загрузил кит с Ancestry, результаты совпадают с FTDNA - 40.2cm max, 51.5cm total

При более подробном рассмотрении понял, что там где FTDNA и Ancestry видят один большой кусок (40.2cm), Данте видит два куска поменьше (10.1cm + 26.9cm)
« Последнее редактирование: 26 Апрель 2020, 23:57:02 от Viktor97 »

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1174 : 27 Апрель 2020, 01:39:51 »
А WGSextract у всех запускается сразу? Сижу, туплю, всё перепробовал.
И на Win7 и на Win10. Пробелов в директориях нет.
Всё равно пишет

Traceback (most recent call last):
  File "wgsextract.py", line 11, in <module>
    from tkinter import filedialog
  File "E:\DanteLabs\WGSExtract\programs\python\lib\tkinter\__init__.py", line 36, in <module>
    import _tkinter # If this fails your Python may not be configured for Tk
ImportError: DLL load failed: %1 не является приложением Win32.

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1175 : 27 Апрель 2020, 02:02:07 »
А WGSextract у всех запускается сразу? Сижу, туплю, всё перепробовал.
И на Win7 и на Win10. Пробелов в директориях нет.
Всё равно пишет

Traceback (most recent call last):
  File "wgsextract.py", line 11, in <module>
    from tkinter import filedialog
  File "E:\DanteLabs\WGSExtract\programs\python\lib\tkinter\__init__.py", line 36, in <module>
    import _tkinter # If this fails your Python may not be configured for Tk
ImportError: DLL load failed: %1 не является приложением Win32.

А какая версия питона? Вроде должна быть 3+

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1176 : 27 Апрель 2020, 02:13:06 »
А WGSextract у всех запускается сразу? Сижу, туплю, всё перепробовал.
И на Win7 и на Win10. Пробелов в директориях нет.
Всё равно пишет

Traceback (most recent call last):
  File "wgsextract.py", line 11, in <module>
    from tkinter import filedialog
  File "E:\DanteLabs\WGSExtract\programs\python\lib\tkinter\__init__.py", line 36, in <module>
    import _tkinter # If this fails your Python may not be configured for Tk
ImportError: DLL load failed: %1 не является приложением Win32.

А какая версия питона? Вроде должна быть 3+
WGSExtract изначально включает в себя Pithon 3.7.3

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5993
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1177 : 27 Апрель 2020, 11:36:43 »
А WGSextract у всех запускается сразу? Сижу, туплю, всё перепробовал.
И на Win7 и на Win10. Пробелов в директориях нет.
Всё равно пишет

Traceback (most recent call last):
  File "wgsextract.py", line 11, in <module>
    from tkinter import filedialog
  File "E:\DanteLabs\WGSExtract\programs\python\lib\tkinter\__init__.py", line 36, in <module>
    import _tkinter # If this fails your Python may not be configured for Tk
ImportError: DLL load failed: %1 не является приложением Win32.
Возможно не установлен tkinter?

Оффлайн Club

  • Сообщений: 114
  • Страна: ru
  • Рейтинг +28/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1178 : 27 Апрель 2020, 11:52:09 »
А WGSextract у всех запускается сразу? Сижу, туплю, всё перепробовал.
И на Win7 и на Win10. Пробелов в директориях нет.
Путь латиницей?

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1179 : 27 Апрель 2020, 11:52:52 »
А WGSextract у всех запускается сразу? Сижу, туплю, всё перепробовал.
И на Win7 и на Win10. Пробелов в директориях нет.
Всё равно пишет

Traceback (most recent call last):
  File "wgsextract.py", line 11, in <module>
    from tkinter import filedialog
  File "E:\DanteLabs\WGSExtract\programs\python\lib\tkinter\__init__.py", line 36, in <module>
    import _tkinter # If this fails your Python may not be configured for Tk
ImportError: DLL load failed: %1 не является приложением Win32.
Возможно не установлен tkinter?
В питоне набираю

import tkinter as tk
tk._test()

окно появляется.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1180 : 27 Апрель 2020, 11:56:04 »
А WGSextract у всех запускается сразу? Сижу, туплю, всё перепробовал.
И на Win7 и на Win10. Пробелов в директориях нет.
Путь латиницей?
Да.
Вопрос к тем, кто запускает под виндой и питон изначально не установлен - у вас всё заработало без шаманства?

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1181 : 27 Апрель 2020, 14:43:02 »
Вопрос к тем, кто запускает под виндой и питон изначально не установлен - у вас всё заработало без шаманства?
питон не ставил, WGSExtrsct запускается без проблем, но виснет, если директории (по пути к файлам) в названиях имеют пробелы.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1182 : 28 Апрель 2020, 00:45:36 »
Вопрос к тем, кто запускает под виндой и питон изначально не установлен - у вас всё заработало без шаманства?
питон не ставил, WGSExtrsct запускается без проблем, но виснет, если директории (по пути к файлам) в названиях имеют пробелы.
Тогда вопрос ребром. Как у вас всех получается это запустить, если в поставке WGSExtract отсутствуют просто все DLL-файлы от питона?
Первое сообщение, которое я получаю - "Запуск программы невозможен, так как отсутствует api-ms-win-crt-runtime-l1-1-0.dll".
И вот тут начинаются пляски с бубном. Потому что версия питона 3.7.3 в WGSExtract не совпадает с официальной питоновской 3.7.3.
Я подсовываю разные версии питона, копирую все библиотеки, которыми питон WGS нашпигован. Запускаю.

Что, млин, я не так делаю?
« Последнее редактирование: 28 Апрель 2020, 07:46:08 от пенелопа »

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1183 : 28 Апрель 2020, 16:41:33 »
Есть вопрос по аутосомам от Данте.
С помощью программы WGS Extract создал суперкит и залил его на гедматч.
При сравнении с моим же тестом от FTDNA, общих 3558.7cm что на мой взгляд мало (даже с матерью больше - 3579.7).
На ките FTDNA есть совпаденец с 40.2cm max,   51.5cm total. Он же при сравнении кита Dante Labs - 26.9cm max, 38.1cm total.

Чем обусловлены такие результаты? Косячит Данте, FTDNA дорисовывает cm, или проблема в программе WGS Extract?

P.S. Загрузил кит с Ancestry, результаты совпадают с FTDNA - 40.2cm max, 51.5cm total

При более подробном рассмотрении понял, что там где FTDNA и Ancestry видят один большой кусок (40.2cm), Данте видит два куска поменьше (10.1cm + 26.9cm)

Апну сообщение, а то осталось на предыдущей странице.
Может кто-то из экспертов прокомментировать такое расхождение? Это ведь очень значительно, и если проблема именно в тесте Данте, то вынести в FAQ что их аутосомы имеют худшее качество.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1184 : 28 Апрель 2020, 17:45:05 »
Это ведь очень значительно, и если проблема именно в тесте Данте, то вынести в FAQ что их аутосомы имеют худшее качество.
Да не так и значительно. Ну порвался сегмент, его общая сумма почти не изменилась :)
Когда я добавлял научные геномы к себе в коллекцию, аналогичное с чипами по количеству разрывов сегментов качество начиналось примерно от покрытия 45x. Выходит, для идеала надо делать тест Данте дважды и сливать результаты вместе, получая 60х. Но и 30х совсем неплохо.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.