АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 61928 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Arthwr

  • Сообщений: 1156
  • Страна: ua
  • Рейтинг +653/-5
    • r1b-pf7562.blogspot.com
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
  • мтДНК: K1c1e
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1275 : 10 Март 2020, 20:46:37 »
Лучше напишите вся ли 111 маркерная панель фтдна прочлась? ::)

1 неопределён (прочтён в моём тесте от FG).

4 под вопросом (1 из них прочтён в моём тесте от FG).

В тесте от FG 8 неопределённых и 2 под вопросом.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36795
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3451/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1276 : 13 Март 2020, 20:11:15 »
После долгих ожиданий и переписки, Данте Лабз определённо сказали, что сваять ВАМ файл по результатам лонг ридз не могут.     :-[

Деньги (59 евро) за хард драйв вернули.

Не помню, это само Данте обещало скроить ВАМ файл по полногеномному и лонг ридз результатам (процесс де нуэво)? Или же простые юзеры рассуждали?

Не важно.

Свой эксперимент с заказом лонг ридов - признал неудачным.

Да, и полный геном бы сейчас в Данте заказывать не стал.

Если появятся кандидаты на тестирование, буду заказывать в Небула Геномикс.   

Написал название лаборатории русскими буквами и развеселился. Представил, как по украински сказал бы голосом Папанова из "Бриллиантовой руки": нэбула Гэномикс. Кончились уси.

:)

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 371
  • Страна: ru
  • Рейтинг +141/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128286 (UKR)
  • мтДНК: U3a3b (BLR)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1277 : 13 Март 2020, 20:59:30 »
А почему не стали бы заказывать полный геном у Dante?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36795
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3451/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1278 : 13 Март 2020, 22:28:01 »
А почему не стали бы заказывать полный геном у Dante?

1. Собираюсь делать тест для россиян - проблемы с отправкой.

2. По сравнению с тем как было (первые тесты, в том числе и мой), и как стало - очень отрицательная динамика. То есть, сейчас хуже.

3. Nebula Genomics - лучше. И цена неплохая. Опять же, сотрудничество с ФТДНА.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 153
  • Страна: ru
  • Рейтинг +52/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1279 : 25 Март 2020, 17:14:29 »
Как долго делается Quality Control Inspection?
У меня с 10 числа висит "We received Your kit" и никакого движения.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 761
  • Страна: il
  • Рейтинг +183/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1280 : 26 Март 2020, 12:03:16 »
Как долго делается Quality Control Inspection?
У меня с 10 числа висит "We received Your kit" и никакого движения.
у меня в январе тоже завис QC образцов на 3 недели. я написал Giorgia Manni giorgia@dantelabs.com с копией Andrea Riposati andrea@dantelabs.com и Mario Pecce mario@dantelabs.com и оказалось, что тесты вообще уже готовы - результаты быстро появились в личном кабинете. Giorgia затем помогла и мед. отчеты получить.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +497/-16
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY82934
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1281 : 27 Март 2020, 11:02:01 »
Отправил посылку 28 февраля - 4 марта она отобразилась как "отправлено из России" и пропала.
Всплыла только вчера, 26 марта, уже в состоянии "получено".
Ждём :)

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5428
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2757/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1282 : 27 Март 2020, 13:04:49 »
Отправил посылку 28 февраля - 4 марта она отобразилась как "отправлено из России" и пропала.
Всплыла только вчера, 26 марта, уже в состоянии "получено".
Ждём :)
Аналогично. Но в ЛК еще не отмечено что они получили посылку.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 371
  • Страна: ru
  • Рейтинг +141/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128286 (UKR)
  • мтДНК: U3a3b (BLR)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1283 : 02 Апрель 2020, 20:08:09 »
Подскажите, как сваять аутосомный файл из данных DanteLabs, можно ли привлечь для этого YSEQ?

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 761
  • Страна: il
  • Рейтинг +183/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1284 : 02 Апрель 2020, 21:57:05 »
Подскажите, как сваять аутосомный файл из данных DanteLabs, можно ли привлечь для этого YSEQ?
всё тот же WGS Extract https://docs.google.com/document/d/1zM-tGKsr-UOMyn1PT4fdy_aEJCy4Wz_q4k-Js3fSpB0/edit#heading=h.tmjl1dtvsuc3

Оффлайн Club

  • Сообщений: 89
  • Страна: ru
  • Рейтинг +21/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1285 : 22 Апрель 2020, 11:08:10 »
После длительного ожидания получил 2 FASTQ файла и BAM. FQSum показал 92,1 гигабаз. Задержку компенсировали дополнительными отчетами по здоровью. После запроса через недельку прислали на почту ссылку для YFull BAM (Y/mtDNA) с выравниванием GRCh37. Ответили, что BAM (Y/mtDNA)  в GRCh38 создать не могут. По приведенной на форуме инструкции YFull попробовал создать в Galaxy BAM (Y/mtDNA), выравненный по hg38. После всех манипуляций получился BAM 35,7 Гб (BAM от Данте весит 40,5 Гб.) и отдельно для YFull BAM (Y/mtDNA) hg38 размером 315 Мб.
Вопрос:
Для работы с WGS Extract какой использовать BAM? Родной от Данте или с выравниванием hg38?

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 96
  • Страна: kz
  • Рейтинг +36/-0
  • Y-ДНК: C3d-M407 & R1a-Z93*(Z94-,L342-) & C3x*
  • мтДНК: D4g1 & F1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1286 : 23 Апрель 2020, 17:36:42 »
У Dante Labs скидка -50% на DNA day :) Ожидал повторение цены как на черную пятницу (было 189баксов -10% купон yfull10).

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +497/-16
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY82934
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1287 : 24 Апрель 2020, 20:38:56 »
Успех!  :)

26.03.20 посылка получена
24.04.20 тест готов (и отчеты)
BAM весит 42.6


« Последнее редактирование: 24 Апрель 2020, 20:55:49 от Daemon2017 »

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 153
  • Страна: ru
  • Рейтинг +52/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1288 : 24 Апрель 2020, 22:44:35 »
Успех!  :)

26.03.20 посылка получена
24.04.20 тест готов (и отчеты)
BAM весит 42.6
10.03.20 посылка получена
28.03.20 начало секвентирования
24.04.20 тест готов (и отчеты)
BAM весит 42
93.6 гигабаз
Вероятно, они ждут необходимого количества китов, чтобы загрузить в машину.
« Последнее редактирование: 25 Апрель 2020, 13:07:15 от vad245 »

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 107
  • Страна: ua
  • Рейтинг +26/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137;_______ _____ЖМ:I2a-CTS10228; _____ ЖЖМ:R1a-YP1337
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1289 : 26 Апрель 2020, 23:43:22 »
Есть вопрос по аутосомам от Данте.
С помощью программы WGS Extract создал суперкит и залил его на гедматч.
При сравнении с моим же тестом от FTDNA, общих 3558.7cm что на мой взгляд мало (даже с матерью больше - 3579.7).
На ките FTDNA есть совпаденец с 40.2cm max,   51.5cm total. Он же при сравнении кита Dante Labs - 26.9cm max, 38.1cm total.

Чем обусловлены такие результаты? Косячит Данте, FTDNA дорисовывает cm, или проблема в программе WGS Extract?

P.S. Загрузил кит с Ancestry, результаты совпадают с FTDNA - 40.2cm max, 51.5cm total

При более подробном рассмотрении понял, что там где FTDNA и Ancestry видят один большой кусок (40.2cm), Данте видит два куска поменьше (10.1cm + 26.9cm)
« Последнее редактирование: 26 Апрель 2020, 23:57:02 от Viktor97 »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100