АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 169217 раз)

0 Пользователей и 4 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 984
  • Страна: aq
  • Рейтинг +170/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1155 : 03 Март 2020, 12:12:02 »
Ну для СТР энтузиастов есть напр. и Y-Seq с его 125str панелями вообще. Вот на что минимум нужно ориентироваться а не на 111 от фтдна!(вообще мне кажется в нише стр не хватает двух сегментов -медиум на 50-55 так маркеров и суперхай сегмент сразу на 150-200 стр ;D хотя с удешевлением полногеномки это уже тупик. вариант )
Также у усек есть такая вещь как собрать свою минипанельку из 7маркеров, конечно для 7ми маркеров будет дороговато(в расчете на 1 маркер выйдет дороже чем панельки но дешевле чем одиночный снип) но впринципе в пределах разумного как и вообще у усека мелкие услуги.
  Ну и у Уфулл есть такая вещь как загрузить СТРмаркеры из ФТДНА или Усека, буквально секундное дело. Так что недостающие СТР можно прям точечно бить, хотя мне кажется можно и  дождаться когда появится дешевый полный геном там 50х 100х и прочее

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1156 : 03 Март 2020, 18:53:53 »
Про "ориентирование" совет нелепый. (Как впрочем и всё другое из этого "источника".)

СТРы с одинаковым качеством сделает и ФТДНА и Yseq.

Да вот только у первой сравнительная база есть, а у второй нет.

Просто.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 984
  • Страна: aq
  • Рейтинг +170/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1157 : 03 Март 2020, 21:22:43 »
Если стоит задача просто вставить недостающие от полногеномки стры то именно создание своей панельки в Усек вполне может в меру бюджетно решить проблему. Насчет базы ФТДНА это нужно просто иметь доступ в нее, сделать самое дешевое на y12 там или как там щас. Ну  и да, можно конечно сказать что у ФТДНА есть преимущество по базе в целом, но "все другое из источника" это уже банальное недоброжелательство. Т.к. на усеке вполне можно подбирать индивидуальные панельки и это все элементарно в две секунды грузится на Уфулл.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1158 : 03 Март 2020, 21:32:15 »
Генетическая генеалогия - инструмент сравнительный. Это азы.

Мы ищем своих предков, сравниваясь с современниками. Это ликбез.

В редчайших случаях, можно сравнить с дДНК. В генеалогическом плане наибольший интерес представляет сравнение с атрибутированными средневековыми сэмплами. Это тоже несложно понять.

Некоторые, с непонятного бодуна, сравниваются по аутосомам с неведомыми древними сэмплами.
Для таких, скажем, в-трёх-соснах-путаников, есть этнокалькуляторы и майтруансестри.
Это лакмусовая бумажка. Если человек над этим подвис, то скорее всего, он не самого светлого ума.

Конец рассказки.


:)


*** Провоцировать, а потом жаловаться и минусить - это даже не по детски. Не по мужски. По бабьи.
Таких людей не уважаю и не во что не ставлю.
Это просто мысли вслух.

Онлайн Arthwr

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ua
  • Рейтинг +787/-6
    • http://r1b-pf7562.blogspot.com/
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
  • мтДНК: K1c1e
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1159 : 10 Март 2020, 20:46:37 »
Лучше напишите вся ли 111 маркерная панель фтдна прочлась? ::)

1 неопределён (прочтён в моём тесте от FG).

4 под вопросом (1 из них прочтён в моём тесте от FG).

В тесте от FG 8 неопределённых и 2 под вопросом.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1160 : 13 Март 2020, 20:11:15 »
После долгих ожиданий и переписки, Данте Лабз определённо сказали, что сваять ВАМ файл по результатам лонг ридз не могут.     :-[

Деньги (59 евро) за хард драйв вернули.

Не помню, это само Данте обещало скроить ВАМ файл по полногеномному и лонг ридз результатам (процесс де нуэво)? Или же простые юзеры рассуждали?

Не важно.

Свой эксперимент с заказом лонг ридов - признал неудачным.

Да, и полный геном бы сейчас в Данте заказывать не стал.

Если появятся кандидаты на тестирование, буду заказывать в Небула Геномикс.   

Написал название лаборатории русскими буквами и развеселился. Представил, как по украински сказал бы голосом Папанова из "Бриллиантовой руки": нэбула Гэномикс. Кончились уси.

:)

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 594
  • Страна: af
  • Рейтинг +297/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1161 : 13 Март 2020, 20:59:30 »
А почему не стали бы заказывать полный геном у Dante?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1162 : 13 Март 2020, 22:28:01 »
А почему не стали бы заказывать полный геном у Dante?

1. Собираюсь делать тест для россиян - проблемы с отправкой.

2. По сравнению с тем как было (первые тесты, в том числе и мой), и как стало - очень отрицательная динамика. То есть, сейчас хуже.

3. Nebula Genomics - лучше. И цена неплохая. Опять же, сотрудничество с ФТДНА.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1163 : 25 Март 2020, 17:14:29 »
Как долго делается Quality Control Inspection?
У меня с 10 числа висит "We received Your kit" и никакого движения.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1164 : 26 Март 2020, 12:03:16 »
Как долго делается Quality Control Inspection?
У меня с 10 числа висит "We received Your kit" и никакого движения.
у меня в январе тоже завис QC образцов на 3 недели. я написал Giorgia Manni giorgia@dantelabs.com с копией Andrea Riposati andrea@dantelabs.com и Mario Pecce mario@dantelabs.com и оказалось, что тесты вообще уже готовы - результаты быстро появились в личном кабинете. Giorgia затем помогла и мед. отчеты получить.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1165 : 27 Март 2020, 11:02:01 »
Отправил посылку 28 февраля - 4 марта она отобразилась как "отправлено из России" и пропала.
Всплыла только вчера, 26 марта, уже в состоянии "получено".
Ждём :)

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1166 : 27 Март 2020, 13:04:49 »
Отправил посылку 28 февраля - 4 марта она отобразилась как "отправлено из России" и пропала.
Всплыла только вчера, 26 марта, уже в состоянии "получено".
Ждём :)
Аналогично. Но в ЛК еще не отмечено что они получили посылку.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 594
  • Страна: af
  • Рейтинг +297/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1167 : 02 Апрель 2020, 20:08:09 »
Подскажите, как сваять аутосомный файл из данных DanteLabs, можно ли привлечь для этого YSEQ?

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1168 : 02 Апрель 2020, 21:57:05 »
Подскажите, как сваять аутосомный файл из данных DanteLabs, можно ли привлечь для этого YSEQ?
всё тот же WGS Extract https://docs.google.com/document/d/1zM-tGKsr-UOMyn1PT4fdy_aEJCy4Wz_q4k-Js3fSpB0/edit#heading=h.tmjl1dtvsuc3

Оффлайн Club

  • Сообщений: 114
  • Страна: ru
  • Рейтинг +28/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1169 : 22 Апрель 2020, 11:08:10 »
После длительного ожидания получил 2 FASTQ файла и BAM. FQSum показал 92,1 гигабаз. Задержку компенсировали дополнительными отчетами по здоровью. После запроса через недельку прислали на почту ссылку для YFull BAM (Y/mtDNA) с выравниванием GRCh37. Ответили, что BAM (Y/mtDNA)  в GRCh38 создать не могут. По приведенной на форуме инструкции YFull попробовал создать в Galaxy BAM (Y/mtDNA), выравненный по hg38. После всех манипуляций получился BAM 35,7 Гб (BAM от Данте весит 40,5 Гб.) и отдельно для YFull BAM (Y/mtDNA) hg38 размером 315 Мб.
Вопрос:
Для работы с WGS Extract какой использовать BAM? Родной от Данте или с выравниванием hg38?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.