АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 168624 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4079
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1584/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #960 : 27 Январь 2020, 19:10:17 »
А что у DanteLab в наборе? Шипито просит заполнить декларацию, а я не знаю что там. И какую цену ставить, полную цену теста?
Если точно то две пластиковых колбы и пластиковый же флакон с жидкостью(про жидкость можно и умолчать).
Про цены же вопрос возникал неоднократно. Тут возможно двоякое толкование.
Через таможенную границу непосредственно перемещаются товары очень маленькой стоимости - условно 1 евро. Сама оплаченная услуга оказывается за пределами РФ и соответственно и не происходит перемещение данной стоимости.С точки зрения формального применения вы просто ввезли товар очень маленькой стоимости. Тем более  паче чаяния вы можете и отказаться от данной услуги до начала процесса обработки, понятно что в этом случае никто вам не вернет уплаченную таможенную пошлину. Так что вариант только один - очень маленькая обозначенная стоимость.
Шипито потом ещё одну форму предлагает заполнить. Со ссылкой на товар с указанной ценой, номером заказа и артикулом магазина. Есть где-нибудь Шипито для чайников? Я теряюсь как это всё заполнять.

Хотя заинтесованности прямой и не было, обратился в поддержку. Обрисовал, что цена на сайте - это услуга. Привел примеры по стоимости аналогичных наборов (без привязки к услуге тестирования). Мне “нарисовали” $15 и дали добро на отправку.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #961 : 27 Январь 2020, 19:22:24 »
Ещё вопросы.

Можно ли вырезать игрек, или мито, или сгенерировать аутосомный файл по форматам разных лабораторий непосредственно из лонг-рид FASTQ файла?

Или надо сначала преобразовывать его в ВАМ файл?

BAM необходим. FASTQ - это просто беспорядочные прочтения, которые надо сравнить с референсным геномом и поставить их на место, определить к какой хромосоме они относятся. FASTQ - это как 30 экзепляров Библии разрезаных на фразы случайным образом и еще перемешанных. BAM - почти все разложено по местам в читаемый экземпляр с оглавлением и номерами страниц. Вот когда все на своих местах, токгда и можно вырезать игрек, мито или аутосомы.

PS Утверждения FTDNA, что им надо генерить BAM для BigY и слишком энтузиaзные пользователи им обходятся в копеечку, просто вранье. BAM нужен в любом случае.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #962 : 27 Январь 2020, 19:44:01 »
Спасибо!

Меня интересует следующее.

Если ВАМ файл первичен, то почему мне его до сих пор не слепили? А FASTQ был готов уже в сентябре.

Или же выходные данные идут сначала в виде беспорядочного FASTQ файла, а только потом их сравнивают и выравнивают в ВАМ файл?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #963 : 27 Январь 2020, 19:51:03 »
Смотрю в книгу - вижу фигу.

Опять перечитал объяснялку. И увидел новые детали:

Цитировать
Binary Alignment Map (BAM) is the comprehensive raw data of genome sequencing; it consists of the lossless, compressed binary representation of the Sequence Alignment Map. BAM files are  >= 90 gigabases in size. They are generated by aligning the FASTQ files to the reference genome.

 

(Not available for Whole Genome L)


Несмотря на то, что для лонг рида ВАМ файл не выдаётся, у меня заказ на его изготовление и отправку приняли.

Вопрос в том, делают ли его?

На последний запрос в суппорт просили подождать. Вот и жду.      :)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #964 : 27 Январь 2020, 19:53:03 »
Цитировать
FASTQ files contain billions of entries and are about >= 90 gigabases in size, making them too large to open in a normal text editor. FASTQ files are the ultimate raw data.

 

(Only one available for Whole Genome L)

Так понимаю, по размерам, что FASTQ, что ВАМ файл должны быть почти одинаковыми?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #965 : 27 Январь 2020, 19:55:57 »
Заказ не отменяю по двум причинам:

1. Как-то не доверяю себе. Не уверен, что смогу сваять из FASTQ файл ВАМ так же хорошо, как и люди с опытом и знаниями.

2. На хард-драйве рано или поздно что-то пришлют. Всегда предпочитаю иметь собственные копии. Особенно для стартапов с туманным будущим.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #966 : 27 Январь 2020, 20:01:22 »
Прочитал только описание SAM Tools, и чёй-то приуныл.

Повторюсь. Даже если найду время, старание и совладаю с генерацией ВАМ файла (что само по себе маловероятно), останется неисчезаемое сомнение. Постоянно буду думать,что где-то что-то сделал не так.

:-X

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #967 : 27 Январь 2020, 20:23:12 »
Спасибо!

Меня интересует следующее.

Если ВАМ файл первичен, то почему мне его до сих пор не слепили? А FASTQ был готов уже в сентябре.

Или же выходные данные идут сначала в виде беспорядочного FASTQ файла, а только потом их сравнивают и выравнивают в ВАМ файл?

Политика по BAM для Long Reads менялась, если я правильно помню.

2019-06-06, https://web.archive.org/web/20190606124421/https://www.dantelabs.com/collections/our-tests/products/long-reads-whole-genome-sequencing:
Цитировать
LONG READ RAW DATA
Download your FASTQ, BAM and VCF files, with no extra charge.

Т.е. BAM  входил в тест.

Но я помню и страницу, где было написано о выдаче FASTQ без BAM.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #968 : 27 Январь 2020, 20:52:46 »
WGSExtract показал, что в двух тестах (30Х) для женщин глубина прочтения 27X и 28X.
Вопрос знатокам: насколько такая глубина критична для последующего использования файлов?
Например, для медицинских тестов.
Спасибо

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #969 : 27 Январь 2020, 20:53:50 »
Вот у меня какая мысль по доставке в Россию.

1. Данте присылает штрихкод, который только на пробирках. (У других лабораторий, он и на упаковках).
Из-за своей торопливости, первый кит прохлопал.
Сказали зарегистрировать до отправки. Ну, а я решил, что сделаю это позже. А оказалось, что на упаковке только почтовые штрих-коды.

2. Ещё лет 5 назад смотрел, что в Москве есть магазины, которые продают все виды тестовых наборов. От хлопковых и бумажных скребков, до плёвок с консервантом.

Теперь вариант.

а) Спросить в Данте, какой вид плёвок они используют.

б) Запросить штрих-код электронным письмом.

в) Купить тестовый набор в Москве, или Питере, там.

г) Отправить сэмпл в лабораторию.

Киты с последней Черной пятницы: Isohelix GeneFiX GFX-02, https://isohelix.com/products/genefix-saliva-dna-collection-device/, но только с одной пробиркой, а не двумя, и без палочек, как на картинке.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #970 : 28 Январь 2020, 19:18:30 »
Ещё маленький вопрос - вкладывает ли Dante Labs в коробку инвойс с ценой анализа? Или пишет ли цену анализа где-то на пакете?
Я к тому, что у Shipito есть услуга "удалить все чеки и лэйблы с ценой". Надо это заказывать или не надо?
Ссылку на товар дал на комплект ДНК от алибабы, и фотку оттуда же. Прокатит?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #971 : 28 Январь 2020, 20:58:25 »
Странно, два моих последних сообщения, написанные строго по теме, где обсуждались продукты Dante Labs, оказались в "Базаре/вокзале". Если переносить такие сообщения, то писать в этой теме вообще не о чем будет.

Согласен.

Сообщения Ваши уволок в свои закрома, где чужие не ходят.    :)

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #972 : 28 Январь 2020, 21:20:55 »
Думаю, самый реальный вариант - обратиться к Томасу Крану. Он еще в прошлом году разработал для длинных чтений экспериментальный рабочий процесс со сборкой de nove и полировкой короткими чтениями. Если посмотреть код скрипта, там даже Y в конце извлекается - все-таки это основная сфера его интересов. У него есть и соответствующее железо под эту задачу.
Спасибо за ссылки, очень интересно.
Там вовсю используется wtdbg2, который "wtdbg2 chops reads into 1024bp segments, merges similar segments into a vertex and connects vertices based on the segment adjacency on reads". То есть длинное чтение всё равно бьётся на отрезки в 1024.
И вообще что-то то сложное, в некоторых вариантах написано про потребление 338 гб памяти и 2300 часов процессорного времени (52 часа обычного времени).

Если самому попробовать сделать, то немного дороговатый эксперимент получится, похоже. Надо подумать.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #973 : 28 Январь 2020, 21:33:50 »
25 долларов всё счастье стоит.

Хотя у Вас 16 ядер и опыт, если не ошибаюсь.     ::)

Можно и самому поразвлечься, если в охотку..

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #974 : 30 Январь 2020, 12:33:59 »
Ответы админа Группы Dante Labs Customer Care в FaceBook на FAQ's:

This post will describe some of our most common questions and answers. We will be adding to it over time. For any other questions, send an email to contact@dantelabs.com

1. Where can I find my return shipping label? 

US - Stuck to the side of the box addressed to Utah Everyone else - DHL Return label is inside your DHL bag. It is a single piece of printed paper

2. I don't have a return shipping label. What do I do?

Send an email to contact@dantelabs.com including your order number in the subject heading

3. I live in Russia. Why have I not received my kit?

All Russian customers need provide as a shipping address either a business address and tax code, or a non-Russian address. Please send this info to contact@dantelabs.com with your order number


4. How can I collect saliva from a young child or a person who has trouble producing saliva?

Send an email to contact@dantelabs.com as soon as you place your order and ask for a cheek swab kit.

5. How long does it take for a parcel to arrive in Italy from the United States?

All orders placed from the US website, or that are delivered to US residents, go first to our warehouse in Utah and from there they will be shipped to our laboratory in Italy. It usually takes about two weeks.

6. My kit arrived to Utah, why did my kit status not update?

All US orders are first sent to our warehouse in Utah where they are prepared for the international shipment to our laboratory in Italy. Once your kit arrives in Italy, its status will be updated to 'We have received your kit'.

7. I am a resident of the United States. Why can't I receive a Pharmacogenomics report?

We are compliant with regulations set out from the FDA, and are therefore unable to provide US residents with Pharmacogenomics reports.

8. How do you guarantee you customers' privacy?

We treat data according to the EU General Data Protection Regulation (GDPR) L 127, 23.5.2018

9. How long does it take to create the panel reports?

Panel reports may take anywhere from 1-10 business days

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.