Компания Dante Labs

[NathanS]

Повторю вопрос Фарруха совсем по детски. В стиле, кто сильнее - кит, или слон?     

Что лучше для наиболее полного и уверенного определения серии терминальных снипов?

1. БигИгрек 700.
2. Данте Лабз х30.
3. Данте Лабз лонг рид.

Я не биотехнолог по образованию, научился сам делать то, что мне нужно. Я дилетант в этой области, но если мое мнение интересно, то...

Остановился на варанте 2, Данте Лабз х30. Для себя.
После собственного выравнивания. Как с оригинальным BAM не знаю, я сравнивал только один случай и там было меньше выравненных ридов.

Самым мощным методом должна быть комбинация 2 и 3. Пример здесь https://www.biocompare.com/Editorial-Articles/349220-The-Long-and-the-Short-of-Sequencing/ Там также написано, что только вариант Long Read (3) ученых не устроил из-за частоты ошибочных ридов. Да и вот статья по гибридному секвенированю https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4617970/. Если я правильно помню, то ошибки чтений 10-15%, но Oxford Nanopore вроде работает на улучшением. Во второй стать пишут, что они наблюдали частоту ошибок от 5% до 40%, половина ридов никак не выровнялась.

Некоторая статистика, есть в Haplogroup-r https://haplogroup-r.org/stats.html. Лонг рид от Данте там имеет совсем плохую статистику по callable loci и combed. С другой стороны BigY-700 у них 22.4 млн по длине, а этого я не вижу в моих BigY. 5 млн снипов куда-то изчезают у меня (3 теста). Считаю, что 25% "лишних" снипов не помешают, возможно и они пригодятся. В остальном статистика Данте 30х чуть-чуть лучше Биг, но незначительно. Для меня выбор Данте больше экономический вопрос, более доступный, а значит можно сделать больше тестов. Дополнительные 5 млн снипов могут дать лучшее разделенее по снипам, чем BigY.

[Punchic]

Смотрю их сайт. ПГС стоит 599 евро (~660$) и, говоря проcтым языком, уже вмещает в себя BigY700+mtDNAFull+Family Finder+Bam
Во FTDNA всё это счастье суммарно стоит где-то 449+159+79+100$=~787$, в период скидок ~550$.

Пока что чаша весов на стороне ФТДНА, т. к. там есть база для сравнения, что незаменимо. Но при этом интуитивно не сомневаюсь в потенциале Данте Лабз по снижению цены.

Не совсем корректно сравнивать несколько продуктов от FTDNA и WGS, даже со скидочной ценой 179$. У меня, например, ни Dante ни FGC не покрыли мито полностью, 111 STR тоже не полностью читаются. Это не считая того, что нужно самому скачивать 100ГБ файлы, выравнивать, заливать и т.д.
Как первый тест я бы WGS не советовал.

[Mich Glitch]

NathanS, спасибо!

[Mich Glitch]

Не совсем корректно сравнивать несколько продуктов от FTDNA и WGS, даже со скидочной ценой 179$. У меня, например, ни Dante ни FGC не покрыли мито полностью, 111 STR тоже не полностью читаются. Это не считая того, что нужно самому скачивать 100ГБ файлы, выравнивать, заливать и т.д.
Как первый тест я бы WGS не советовал.

Вы не прочитали вопрос. Или неправильно поняли:

Что лучше для наиболее полного и уверенного определения серии терминальных снипов?

1. БигИгрек 700.
2. Данте Лабз х30.
3. Данте Лабз лонг рид.

Понятно, что помимо игрек снипов, Данте даёт аутосомы (снипы и, гипотетически, СТРы), мито (полный, пусть и с ошибками, по Вашим словам) и игрек СТРы.


Но вопрос идёт ТОЛЬКО об игрек снипах.

Пока два компетентных форумчанина считают, что Данте не хуже (если осторожно, то почти не хуже) чем БигИгрек 700.

[Alexey_V.B.]

У меня, например, ни Dante ни FGC не покрыли мито полностью, 111 STR тоже не полностью читаются.

Подскажите, каким инструментом проверить/сравнить мито FTDNA и Dante?

[Томми]

Что Вас особо раздражает?

Российские (РО-ССИЙ-СКИ-Е!!!) крепостные почтовые правила? (Тогда упрёк в сторону Данте тут совершенно не по адресу.)

Желание Данте не нарушать российское законодательство? (И тут их не упрекнёшь.)

Относительная длительность обработки? (Разве три-четыре месяца долго, для такого вида теста?)



Меня раздражают такие вот безмозглые эмоциональные писарчуки, которые заспамливают все каналы общения и напрочь отбивают охоту работать с Россией.

ДЛ заранее много раз предупреждали и просили не посылать DHL и объясняли почему, макаронники положили на это, и в итоге получили кучу проблем, те же их менеджеры в Штатах все поняли сразу , но ситуация пока не ясна. Что в этом вас раздражает?Наша реакция? Валерианки выпейте и больше не раздражайтесь. Мне тест можно сказать оплатил человек из Германии, который совместно с Хансом Де Булем исследуют  L-38, так вот он пишет что первый раз столкнулся с таким идиотизмом. Дело не в деньгах, я бы и Big y на чёрную пятницу заказал на ФТДНА, но человек предложил ДЛ,а в том что надо разбираться , писать в Штаты жалобы на макаронников, что бы просто получить тест, при чем люди реально нашу ветку изучают и ждут результатов, а тут месяцы непонятного простоя

[Mich Glitch]

Сколько интересно ещё российских клиентов Данте Лабз вне этой ветки?
Пять?
Пятнадцать?
Пятьдесят?

Если даже все разом откажутся от услуг и потребуют кэш-бэк, - фигня вопрос.


*** Макаронники - это те, у кого макароны вместо мозгов.   

[Mich Glitch]

Большую часть своей жизни на Западе - работаю в итальянских компаниях. Включая последнее место, где работаю тринадцатый год.
Так вот, вася, он вам не Димон.   

Нормальные ребята. Всего тройку чмошников за всё это время встречал.

Теперь вернёмся к Данте.

Есть компания. Стартап. Совершенно не ориентированная на Россию.
Полно проблем роста.
Российский рынок, повторяю (и буду повторять ещё не раз), - совершенно не критичен.
Имеется своя логистика. Хорошая. Плохая. Мы не знаем деталей.
Увы, данный способ доставки - совершенно не подходит для России. Которая, как помним, совершенно не важна.

Такова ситуация.

[Mich Glitch]

Что делать российскому потребителю?

Кто-то заказал не разобравшись. С доставкой не выгорело. Попросил и получил деньги назад.
Умно. Достойно. Беспроблемно (почти).
Сделал это, без особой позы, форумчанин которого ценю за ум и профессионализм.




Можно поспамить. Пописать письма. Призывая компанию пересмотреть свою систему доставки.
Не думаю, что что-то получится.
Но попытка не пытка.


Тем, кто не заказал, можно попытаться заказать окружными путями. Через знакомых, или почтовый хаб.

Или же выбрать другую лабораторию.

Или вообще отложить тестирование до лучших времён.

Просто.

[Томми]

Митч, повторяю, выпей валерианки,как известно хамство и психоз выдает быдло,не более.
Повторяю, связался с американскими менеджерами и они обещали повлиять на макаронников и выслать обычной почтой,чего итальяшки не поняли до этого. Все просто

[Semargl]

Повторю вопрос Фарруха совсем по детски. В стиле, кто сильнее - кит, или слон?     

Что лучше для наиболее полного и уверенного определения серии терминальных снипов?

1. БигИгрек 700.
2. Данте Лабз х30.
3. Данте Лабз лонг рид.

Все три пункта - это разные технологии.
1) таргетное секвенирование. Примеры: BigY, FGC Elite
2) WGS. Полный геном. Предоставляют услугу: YSEQ, FGC, Dante
3) Лонг риды. Предоставляют услугу: FGC, Dante

Третий пункт отпадает сразу, так как уже сказали - технология не отлаженная. Я видел лонгриды от Данте очень высокого качества, но видел и совсем трешовые.
Если выбирать между первым и вторым пунктами, то WGS в любом случае лучше. Таргетное секвенирование делали ради удешевления процесса. Теперь, когда цена на WGS упала, выбор очевиден.
Что касается конкретно Данте. Они сильно демпингуют, то есть цена очень привлекательная. Но имеют кучу проблем с логистикой. Так что какую контору выбирать из второго пункта - вопрос толщины кошелька и желания решать возникающие проблемы.
По качеству секвенирования - многое зависит от качества биоматериала. Лайфхак - собирая слюну, попробуйте слегка повредить десны и подмешать крови
Практика показывает увеличение покрытия в глубину.
Для себя я уже решил - на скидках закажу несколько наборов, но уже через шипито.

Таким образом ответ - пункт 2.

[Semargl]

У меня, например, ни Dante ни FGC не покрыли мито полностью, 111 STR тоже не полностью читаются.

Подскажите, каким инструментом проверить/сравнить мито FTDNA и Dante?

Если есть FASTA, то можно сравнить тут
https://haplogrep.i-med.ac.at/app/index.html
https://dna.jameslick.com/mthap/

[Semargl]

Дык, они теперь дают BAM (скачать с облака amazon) и не надо никаких танцев с бубном. Я уже забросил один в yfull - они тут же определили терминальный снип, подтвердив анализ YSEQ (кстати быстро работают ребята).
Как доползу до десктопа заброшу им еще один кит. В планах заказать еще несколько китов.

Что-то делали с Big Y перед загрузкой? YFull 1.5 года назад рекомендовал самим изготавливать Big Y из FASTQ, к тому же в сборке hg38.
https://www.yfull.com/static/hg38.html "Мы рекомендуем компилировать FASTQ-> BAM, потому что простое переопределение BAMhg19-> BAMhg38, вероятно, не даст никакой новой информации, поскольку просто перераспределяет чтения в новой ссылке."
или это уже не требуется?

На указанной странице речь шла только о конкретной ситуации, а именно о решении FTDNA перегнать все старые BigY из hg19 в hg38. Big Y700 - это уже новый тест. А вот Y500 изначально разрабатывался на GRCh36!
Страница на русском языке https://www.yfull.com/static/hg38_ru.html

[Srkz]

По качеству секвенирования - многое зависит от качества биоматериала. Лайфхак - собирая слюну, попробуйте слегка повредить десны и подмешать крови

Тут есть подводный камень, если переусердствовать ) Помнится, Михаил когда-то писал, что для надёжности добавил в образец капельку крови, а ему пришло сообщение: "мы обнаружили, что с вашей слюной что-то не так. Высылаем новый набор для повторного сбора". Не помню, что за компания.

тут писали о том что данте возможная пирамида, и зарегистрированы они в сша. мутная конторка по сбору геномов с неясной целью ну и целью подержать бабки на депозитах.

Ну какая пирамида, она бы давно лопнула. Думаю, просто в отделе доставки сидит кто-то с наплевательским отношением.

[Farroukh]

Мужики, есть дерьмо-вопросец. Из серии "и рыбкусъесть, и рыбкой  не пропахнуть".
Предусмотрено ли у них выбирать тесты?
Например, аутосомный и митотест мне представляются абсолютно никчёмными при отсутствии сравнительной базы. (Моё субъективное мнение, может не совпадать с Вашим). Джедматч не в счёт. Интересует только игрек в контексте заливки на ИгрекФулл.
Прокатывает у ДЛ только игрек-секвенс брать (с соответствующим снижением цены)?

Или тут только к ФуллГеномс?