АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 168816 раз)

0 Пользователей и 3 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн 505

  • Сообщений: 19
  • Страна: ro
  • Рейтинг +6/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #570 : 19 Ноябрь 2019, 00:15:42 »
Деньги на депозите у них происходят) Омерта ::)
Деньги на счет это здорово, знать бы их финансовые показатели. Акции у них имеют признаки многого от пирамиды до прощупывания рынка (эластичности спроса к цене, хотя думаю исчерпание спроса не позволит оценить это на основании отдельных акций), хорошо если это дозагрузка простаивающих мощностей.
Первичные цели на данном этапе у них похоже в объемах/цифрах, а не в удовлетворенности потребителей (ну или взгляд на эту удовлетворенность как на среднюю температуру по больнице).

Оффлайн 505

  • Сообщений: 19
  • Страна: ro
  • Рейтинг +6/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #571 : 19 Ноябрь 2019, 00:44:10 »
Может кто-то подсказать? Данте лабс сейчас выкладывает vcf не аннотированными по ID. Я решил аннотировать дантовский vcf с снипами по dbSNP, а потом еще по UCSC (h37). По аннотации получилась какая-то ерунда и не совпадение, например с теми снипами что они указывают в своих стандартных отчетах.
Я увидел проблему в том что позиция полиморфизмов сильно отличается (у данте на chr1 на 30000bp раньше референса dbSNP).
Судя по заголовку файла сейчас они выкладывают VCF  v4.2, генерируют его bcftools, но не знаю с каким референсом. Выравнивают видимо по hs37d5, как у них сдвиг получается?
Кто-нибудь знает какой референт используют и как проаннотировать их vcf?
« Последнее редактирование: 19 Ноябрь 2019, 04:56:06 от 505 »

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 169
  • Страна: ru
  • Рейтинг +209/-1
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a2a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #572 : 19 Ноябрь 2019, 10:24:48 »
У Данте появилась группа поддержки клиентов в Фейсбуке.

Facebook группа, для получения персонализированной поддержки клиентов, обсуждение технических вопросов и взаимодействие с другими клиентами Данте.

https://www.facebook.com/groups/558973438185946/

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #573 : 19 Ноябрь 2019, 11:08:44 »
Спасибо Semargl и TK, ускорить действительно не получается самостоятельное вырванивание.

Потом напишу "быструю" инструкцию, всего 20 часов на 12 ядрах. :) (при условии уже скаченных примерно 70 гб, и преиндексированных - преиндексация спасает минимиум 10 часов)
Генерация hg38 из FASTQ 30x. :)

Результаты получены уже в ноябре 2019, статистика YFull (дата важна, так как говорят, что с переходом на свою лабораторию - глубина чуть-чуть снизилась у Данте):




Очень интересны результаты CUDA преобразователей, потом как-нибудь попробую.
« Последнее редактирование: 19 Ноябрь 2019, 11:14:57 от mdn »

Оффлайн TK

  • Сообщений: 505
  • Страна: ru
  • Рейтинг +385/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #574 : 19 Ноябрь 2019, 12:54:37 »
Да, меня поразило, что BWA-backtrack неожиданно дал лучшие результаты для сравнительно длинных ридов - 150bp.
Правда, уровень "улучшения" картины по снипам (по сравнению с другими алгоритмами), используемым YFull в осознанной части Y-ДНК я бы оценил лишь в 5-10%.
Но ведь в некоторых случаях и 10% улучшение может означать выявление 1 лишнего снипа из каждых 40 (например), либо перевод его по качеству из удовлетворительного в "отличные" :)
А как анализировались снипы? Каждый вариант выравнивания загружался на YFull?

Не, делал всё просто - куча выравниваний загружались одновременно в IGV и выборочно (примерно по 30 снипам конечного уровня и уровней чуть выше) вручную смотрелась картина как самих снипов, так и их окрестностей.
Достаточно наглядно было, когда при одном выравнивании в позицию попадало 14T и 1C, а при другом - оставались только ровно 14T (ну и аналогичные картины).
Что касается "окрестностей" снипов - также, в некоторых случаях в недалеком отдалении от снипов (2-50 тыс. позиций) наблюдались "зубья пилы" (как будто в этом месте было не 30x, а 300x) - причём периодически такие артефакты повторялись (периодичность повтора заставляла задуматься о проблемах алгоритма, который, скажем, "собирал" каждые 50 тыс. позиций немаппированные куски в один блок и вываливал их не думая в одно место).

Для расчётов использовал весьма мощные сервера (в каждом по 4 Xeon с кучей памяти) и фактически за несколько дней прокрутил много вариантов.
Увы, делал в достаточной степени бессистемно (ну, то есть чтобы побаловаться) - встречал где-нить референс, скачивал и сразу запускал "на посмотреть" (аналогично для алгоритмов выравнивания).

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 169
  • Страна: ru
  • Рейтинг +209/-1
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a2a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #575 : 20 Ноябрь 2019, 13:01:17 »
Big offers will be announced soon. ;D

Dante Labs

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #576 : 20 Ноябрь 2019, 14:05:27 »
Я что-то не понял. Чтобы отправили тест, им обязательно нужно что-то написать?
10-го числа заказал и до сих пор молчок. Юрлицо не указывал, нет у меня его. ИНН отправлял. Платил ойрами.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5993
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #577 : 20 Ноябрь 2019, 16:03:04 »
Сейчас я общаюсь по почте с их руководством. В ответ на их просьбу написать, каким способом они могли бы избежать проблем с отправкой в Россию, я ответил про то что они должны отправлять почтой Италии, EMS, USPS или другим способом, но не DHL. И стоимость отправления указывать не стоимость теста, а 1 euro.
Только что пришел ответ от Андреа
Цитировать
Thank you for your feedback. We will follow your guidance. We found that having a value of 10 euros vs. 1 euros is better for the saliva collection kits, as it reflects the actual value more closely while not creating issues at the custom.

Оффлайн Ksenia365

  • Сообщений: 40
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #578 : 20 Ноябрь 2019, 17:57:22 »
Сейчас я общаюсь по почте с их руководством. В ответ на их просьбу написать, каким способом они могли бы избежать проблем с отправкой в Россию, я ответил про то что они должны отправлять почтой Италии, EMS, USPS или другим способом, но не DHL. И стоимость отправления указывать не стоимость теста, а 1 euro.
Только что пришел ответ от Андреа
Цитировать
Thank you for your feedback. We will follow your guidance. We found that having a value of 10 euros vs. 1 euros is better for the saliva collection kits, as it reflects the actual value more closely while not creating issues at the custom.

они и раньше указывали цену 1 евро, проблема возникала тогда  ,когда нужно таможне показывать оплату ,
а оплаты на 1 евро нет, есть оплата всего теста ,а если стоимость более 200 дол стоит денег растаможка
моя пробирка UPS так и не прошла весной по этой причине- запрашивали 1000р с чем то

Оффлайн Ksenia365

  • Сообщений: 40
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #579 : 20 Ноябрь 2019, 18:00:29 »
Возвращаясь к вопросу об отправке на юрлицо. У кого-то ведь уже был такой опыт. Что при этом от юрлица требуют? Надо какие-то документы этому DHL давать или таможне?

запросят доки на юр.лицо и письмо с объяснением что за груз

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4079
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1584/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #580 : 20 Ноябрь 2019, 18:11:20 »
Сейчас я общаюсь по почте с их руководством. В ответ на их просьбу написать, каким способом они могли бы избежать проблем с отправкой в Россию, я ответил про то что они должны отправлять почтой Италии, EMS, USPS или другим способом, но не DHL. И стоимость отправления указывать не стоимость теста, а 1 euro.
Только что пришел ответ от Андреа
Цитировать
Thank you for your feedback. We will follow your guidance. We found that having a value of 10 euros vs. 1 euros is better for the saliva collection kits, as it reflects the actual value more closely while not creating issues at the custom.

они и раньше указывали цену 1 евро, проблема возникала тогда  ,когда нужно таможне показывать оплату ,
а оплаты на 1 евро нет, есть оплата всего теста ,а если стоимость более 200 дол стоит денег растаможка
моя пробирка UPS так и не прошла весной по этой причине- запрашивали 1000р с чем то

Оценка товара может быть непрямая (тут самый подходящий - по цене аналогичного товара). В данном случае "пробирки" на 200 баксов не тянут, даже наоборот, подумают, что "золотые".

Оффлайн Ksenia365

  • Сообщений: 40
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #581 : 20 Ноябрь 2019, 18:45:08 »
Сейчас я общаюсь по почте с их руководством. В ответ на их просьбу написать, каким способом они могли бы избежать проблем с отправкой в Россию, я ответил про то что они должны отправлять почтой Италии, EMS, USPS или другим способом, но не DHL. И стоимость отправления указывать не стоимость теста, а 1 euro.
Только что пришел ответ от Андреа
Цитировать
Thank you for your feedback. We will follow your guidance. We found that having a value of 10 euros vs. 1 euros is better for the saliva collection kits, as it reflects the actual value more closely while not creating issues at the custom.
они и раньше указывали цену 1 евро, проблема возникала тогда  ,когда нужно таможне показывать оплату ,
а оплаты на 1 евро нет, есть оплата всего теста ,а если стоимость более 200 дол стоит денег растаможка
моя пробирка UPS так и не прошла весной по этой причине- запрашивали 1000р с чем то

Оценка товара может быть непрямая (тут самый подходящий - по цене аналогичного товара). В данном случае "пробирки" на 200 баксов не тянут, даже наоборот, подумают, что "золотые".

не поняла про оценку товара)
никто ничего не оценивает, если в инвойсе стоит стоимость 1 евро- у вас должен быть чек на 1 евро+ скрин покупки в интернет магазе для таможни, такие правила
бесплатно физ лицам не высылают

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4079
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1584/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #582 : 20 Ноябрь 2019, 19:08:21 »
Сейчас я общаюсь по почте с их руководством. В ответ на их просьбу написать, каким способом они могли бы избежать проблем с отправкой в Россию, я ответил про то что они должны отправлять почтой Италии, EMS, USPS или другим способом, но не DHL. И стоимость отправления указывать не стоимость теста, а 1 euro.
Только что пришел ответ от Андреа
Цитировать
Thank you for your feedback. We will follow your guidance. We found that having a value of 10 euros vs. 1 euros is better for the saliva collection kits, as it reflects the actual value more closely while not creating issues at the custom.
они и раньше указывали цену 1 евро, проблема возникала тогда  ,когда нужно таможне показывать оплату ,
а оплаты на 1 евро нет, есть оплата всего теста ,а если стоимость более 200 дол стоит денег растаможка
моя пробирка UPS так и не прошла весной по этой причине- запрашивали 1000р с чем то

Оценка товара может быть непрямая (тут самый подходящий - по цене аналогичного товара). В данном случае "пробирки" на 200 баксов не тянут, даже наоборот, подумают, что "золотые".

не поняла про оценку товара)
никто ничего не оценивает, если в инвойсе стоит стоимость 1 евро- у вас должен быть чек на 1 евро+ скрин покупки в интернет магазе для таможни, такие правила
бесплатно физ лицам не высылают

Вы просто этого не хотите делать.

Расчет таможенной стоимости товаров осуществляется по общепринятым вмире нормам. Существует шесть основных методов расчета таможенной стоимости товаров.  Методы определения таможенной стоимости товаров

Методы определения таможенной стоимости товаров

•  по стоимости сделки с ввозимыми товарами;
•  по стоимости сделки с идентичными товарами;
•  по стоимости сделки с однородными товарами;
•  метод вычитания стоимости;
•  метод сложения стоимости;
•  резервный метод.

Оффлайн Ksenia365

  • Сообщений: 40
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #583 : 20 Ноябрь 2019, 19:22:25 »
Сейчас я общаюсь по почте с их руководством. В ответ на их просьбу написать, каким способом они могли бы избежать проблем с отправкой в Россию, я ответил про то что они должны отправлять почтой Италии, EMS, USPS или другим способом, но не DHL. И стоимость отправления указывать не стоимость теста, а 1 euro.
Только что пришел ответ от Андреа
Цитировать
Thank you for your feedback. We will follow your guidance. We found that having a value of 10 euros vs. 1 euros is better for the saliva collection kits, as it reflects the actual value more closely while not creating issues at the custom.
они и раньше указывали цену 1 евро, проблема возникала тогда  ,когда нужно таможне показывать оплату ,
а оплаты на 1 евро нет, есть оплата всего теста ,а если стоимость более 200 дол стоит денег растаможка
моя пробирка UPS так и не прошла весной по этой причине- запрашивали 1000р с чем то

Оценка товара может быть непрямая (тут самый подходящий - по цене аналогичного товара). В данном случае "пробирки" на 200 баксов не тянут, даже наоборот, подумают, что "золотые".

не поняла про оценку товара)
никто ничего не оценивает, если в инвойсе стоит стоимость 1 евро- у вас должен быть чек на 1 евро+ скрин покупки в интернет магазе для таможни, такие правила
бесплатно физ лицам не высылают

Вы просто этого не хотите делать.

Расчет таможенной стоимости товаров осуществляется по общепринятым вмире нормам. Существует шесть основных методов расчета таможенной стоимости товаров.  Методы определения таможенной стоимости товаров

Методы определения таможенной стоимости товаров

•  по стоимости сделки с ввозимыми товарами;
•  по стоимости сделки с идентичными товарами;
•  по стоимости сделки с однородными товарами;
•  метод вычитания стоимости;
•  метод сложения стоимости;
•  резервный метод.


 что делать я не хочу?  причем тут оценка? если в инвойсе стоит уже стоимость 1 евро? зачем еще что то оценивать?
я описываю свой опыт, что запрашивает таможня
опыт покупок в интернет магазинах у меня большой
вы получали пробирку курьерскими службами?
я получала два раза ,на юр. лицо - бесплатно и физ лицо- написала выше,платить не стала.

Оффлайн sommer

  • Сообщений: 665
  • Страна: ru
  • Рейтинг +186/-2
  • Y-ДНК: R-YP4444
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #584 : 21 Ноябрь 2019, 16:00:16 »
Вот что мне написали итальянские камераден:
Recently we have received a lot of feedback from Russian clients regarding this. This week we are looking into sending all the kits to Russia using a different postal service than DHL. Most likely, we are going to use PostItalia to send to Russia, your kit would be among them. It will mean that there will be maybe 5-7 more days before your kit ships, but we are looking into resolving this problem as soon as possible.

Ладно 5-7 дней норм. Мне вообще никспеху. Помню через Поститалия когда-то послал в Мюнхен сувенир на день рождения человеку в ноябре.  Они поступили гораздо разумнее и доставили его аккурат к Рождеству. ;)
Короче Lunga vita all'Italia и даже Неаполитанское королевство.
« Последнее редактирование: 21 Ноябрь 2019, 16:08:02 от sommer »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.