АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 38669 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1151
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-4
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #600 : 18 Ноябрь 2019, 14:59:16 »
Не видать там конвеера, застой рабочий

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 75
  • Страна: ru
  • Рейтинг +55/-0
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #601 : 18 Ноябрь 2019, 15:20:12 »
Файлы от Данте по умолчанию выровнены с использованием hg19/hg37. Это их общий формат.
Для загрузки в Yfull желательно чтобы БАМ был в формате HG38.

Yseq теперь официально предоставляет такую услугу: https://www.yseq.net/index.php?cPath=29_32

Стоит такая услуга 25 долларов сша.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34979
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3056/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #602 : 18 Ноябрь 2019, 15:59:34 »
А зачем генерировать самому BAM, если в разделе FAQ Dante пишет:

Цитировать
How will I receive my raw data?

When your results are ready, your Dante Labs account will have a link to download the VCF file(s), BAM file and FASTQ file directly to your computer.

?

Итальянцы - такие итальянцы....
Бывали случаи (не знаю, как сейчас), что FastQ - есть, а BAM - как не было, так никак и не появилось :)
Да и диск можно ждать ещё год :)

Да. Мой случай по лонг риду. Два месяца почти жду диск с ВАМ файлом. Просят подождать.   :)

Оффлайн SubbotaAnton

  • Сообщений: 258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +153/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #603 : 18 Ноябрь 2019, 16:01:54 »
Файлы от Данте по умолчанию выровнены с использованием hg19/hg37. Это их общий формат.
Для загрузки в Yfull желательно чтобы БАМ был в формате HG38.

Yseq теперь официально предоставляет такую услугу: https://www.yseq.net/index.php?cPath=29_32

Стоит такая услуга 25 долларов сша.

Мне кажется, скоро (в декабре?) это будет не актуальная проблема,с учетом рассылки от Dante Labs от 9 ноября:

Цитировать
Transfer the BAM file from Dante Labs to YFull will be more convenient and easier

Dante Labs company plans in December 2019 for all its customers (for those who have received their results earlier and for future users) to add the ability to request for free charge the generation of a BAM file (in a special widget on the website), which will include only Y and/or MT Chromosomes. The user will be able to download this BAM file (Y+MT) to your computer or send a direct link in the order form on the YFull website. This option is preferable. We hope that after this the transfer of the BAM file for analysis will be simple and accessible to everyone!

Оффлайн sommer

  • Сообщений: 271
  • Страна: ru
  • Рейтинг +81/-2
  • Y-ДНК: R1a-L664 S3485
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #604 : 18 Ноябрь 2019, 17:24:25 »
Данте становится ближе к клиентам.) Взгляд изнутри...

Смотреть видео: https://youtu.be/n2UR3vmuY-A
Andrea Riposati практически Макс Линдер, рядом их поставь мама родная не отличит. :)
Я все понимаю стартап, молодые растущие к поцелуям зовущие...
Веду переписку с вежливой сотрудницей спрашиваю предельно прямо
Вы решите в ближайшее время проблему с доставкой китов в Россию частным лицам? Если нет, то я прямо сейчас дам свой германский адрес?
Но она как птица-тройка Русь не дает ответа....

Ну что это... детсад.
Прошлый заказ гораздо лучше отработали.

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 75
  • Страна: ru
  • Рейтинг +55/-0
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #605 : 18 Ноябрь 2019, 17:56:35 »
В сообщении не указано в каком формате они будут представлять данные по ссылке. У Данте тоже есть услуга по мапированию файлов. Просят они за неё 29 евро.

Вот что они отвечали ранее:

Dante Labs aligns data to the GRCh37/hg19 genome reference version according to the industry standards.

It is possible to get your data aligned to the GRCh38/hg38 reference version of the genome for a small extra fee. To purchase that extra alignment you can use the following link: https://www.dantelabs.com/products/alignment-to-the-grch38.



Оффлайн 505

  • Сообщений: 18
  • Страна: ro
  • Рейтинг +6/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #606 : 18 Ноябрь 2019, 18:11:47 »
Краткий отчет о заказе нескольких 30x WGS + 130х WES по акции - выполнение за 2 недели:
23/10/19 отправили мне DHL Express
24/10/19 получил киты
25/10/19 отправил в данте используя накладную DHL Express, вложенную в отправление мне и направлению копией мне на емейл
29/10/19 DHL Express написал что доставил
31/10/19 данте подтвердили получение в 6:05 пм
07/11/19 подтвердили QC (никаких писем не приходило, просто в личном кабинете статус изменился на старт секвенирования)
16/11/19 в личном кабинете появились отчеты и стали доступны для загрузки несколько vcf, потом увидел что ночью 02 ам до 06 ам пришли письма с сообщениями о завершении секвенирования в разное время по каждому отдельному номеру кита
17-18/11/19 постепенно появлялись новые файлы для загрузки, на данный момент доступно для загрузки 12шт (BAM, BAI, FASTQ 2шт, SNP, indel, SV, SNV (VCF + TBI))
Те практически уложились. И даже файлы можно скачать, правда пока не знаю что в них.

Однако последнии события не очень позитивные:
Воодушевившись ценой заказал 11 ноября киты 30х WGS по акции, а так как нахожусь сейчас временно в Италии, для доставки указал мой адрес в Италии, до сих пор ничего не получил и скоро уезжаю. Сегодня написал письмо с просьбой написать когда они вышлют и сколько мне еще ждать, мотивируя это тем что я вскоре не смогу получить доставку по указанному мною адресу и что у них заявлена доставка 2-3 дня на сайте. Получил отписку, что они могут и по другому адресу выслать.
Что у них происходит если они внутри Италии не могут выслать?

Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1151
  • Страна: ru
  • Рейтинг +95/-4
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #607 : 18 Ноябрь 2019, 19:27:29 »
Деньги на депозите у них происходят) Омерта ::)

Оффлайн 505

  • Сообщений: 18
  • Страна: ro
  • Рейтинг +6/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #608 : 19 Ноябрь 2019, 00:15:42 »
Деньги на депозите у них происходят) Омерта ::)
Деньги на счет это здорово, знать бы их финансовые показатели. Акции у них имеют признаки многого от пирамиды до прощупывания рынка (эластичности спроса к цене, хотя думаю исчерпание спроса не позволит оценить это на основании отдельных акций), хорошо если это дозагрузка простаивающих мощностей.
Первичные цели на данном этапе у них похоже в объемах/цифрах, а не в удовлетворенности потребителей (ну или взгляд на эту удовлетворенность как на среднюю температуру по больнице).

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 170
  • Страна: ru
  • Рейтинг +110/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #609 : 19 Ноябрь 2019, 00:23:30 »
Да, меня поразило, что BWA-backtrack неожиданно дал лучшие результаты для сравнительно длинных ридов - 150bp.
Правда, уровень "улучшения" картины по снипам (по сравнению с другими алгоритмами), используемым YFull в осознанной части Y-ДНК я бы оценил лишь в 5-10%.
Но ведь в некоторых случаях и 10% улучшение может означать выявление 1 лишнего снипа из каждых 40 (например), либо перевод его по качеству из удовлетворительного в "отличные" :)
По результатам других выравниваний, могу сказать, что похоже, результат (какой алгоритм выбирать для выравнивания) также зависит от оборудования, которое использовалось при секвенировании (и, разумеется, даже от используемых реактивов).
BWA-SW, разумеется, более быстр, но при самодеятельности спешить-то особо некуда (а советы - пока именно для энтузиастов, кто сам решил побаловаться со сборкой).
По общему же количеству найденных снипов (используемых для дерева и возраста) - особых различий, разумеется, не было (ну, по мелочи - по итоговому "качеству" снипов, разве что).
А как анализировались снипы? Каждый вариант выравнивания загружался на YFull?

Оффлайн 505

  • Сообщений: 18
  • Страна: ro
  • Рейтинг +6/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #610 : 19 Ноябрь 2019, 00:44:10 »
Может кто-то подсказать? Данте лабс сейчас выкладывает vcf не аннотированными по ID. Я решил аннотировать дантовский vcf с снипами по dbSNP, а потом еще по UCSC (h37). По аннотации получилась какая-то ерунда и не совпадение, например с теми снипами что они указывают в своих стандартных отчетах.
Я увидел проблему в том что позиция полиморфизмов сильно отличается (у данте на chr1 на 30000bp раньше референса dbSNP).
Судя по заголовку файла сейчас они выкладывают VCF  v4.2, генерируют его bcftools, но не знаю с каким референсом. Выравнивают видимо по hs37d5, как у них сдвиг получается?
Кто-нибудь знает какой референт используют и как проаннотировать их vcf?
« Последнее редактирование: 19 Ноябрь 2019, 04:56:06 от 505 »

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 75
  • Страна: ru
  • Рейтинг +55/-0
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #611 : 19 Ноябрь 2019, 10:24:48 »
У Данте появилась группа поддержки клиентов в Фейсбуке.

Facebook группа, для получения персонализированной поддержки клиентов, обсуждение технических вопросов и взаимодействие с другими клиентами Данте.

https://www.facebook.com/groups/558973438185946/

Онлайн mdn

  • Сообщений: 186
  • Страна: fi
  • Рейтинг +81/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #612 : 19 Ноябрь 2019, 11:08:44 »
Спасибо Semargl и TK, ускорить действительно не получается самостоятельное вырванивание.

Потом напишу "быструю" инструкцию, всего 20 часов на 12 ядрах. :) (при условии уже скаченных примерно 70 гб, и преиндексированных - преиндексация спасает минимиум 10 часов)
Генерация hg38 из FASTQ 30x. :)

Результаты получены уже в ноябре 2019, статистика YFull (дата важна, так как говорят, что с переходом на свою лабораторию - глубина чуть-чуть снизилась у Данте):




Очень интересны результаты CUDA преобразователей, потом как-нибудь попробую.
« Последнее редактирование: 19 Ноябрь 2019, 11:14:57 от mdn »

Оффлайн TK

  • Сообщений: 416
  • Страна: ru
  • Рейтинг +292/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #613 : 19 Ноябрь 2019, 12:54:37 »
Да, меня поразило, что BWA-backtrack неожиданно дал лучшие результаты для сравнительно длинных ридов - 150bp.
Правда, уровень "улучшения" картины по снипам (по сравнению с другими алгоритмами), используемым YFull в осознанной части Y-ДНК я бы оценил лишь в 5-10%.
Но ведь в некоторых случаях и 10% улучшение может означать выявление 1 лишнего снипа из каждых 40 (например), либо перевод его по качеству из удовлетворительного в "отличные" :)
А как анализировались снипы? Каждый вариант выравнивания загружался на YFull?

Не, делал всё просто - куча выравниваний загружались одновременно в IGV и выборочно (примерно по 30 снипам конечного уровня и уровней чуть выше) вручную смотрелась картина как самих снипов, так и их окрестностей.
Достаточно наглядно было, когда при одном выравнивании в позицию попадало 14T и 1C, а при другом - оставались только ровно 14T (ну и аналогичные картины).
Что касается "окрестностей" снипов - также, в некоторых случаях в недалеком отдалении от снипов (2-50 тыс. позиций) наблюдались "зубья пилы" (как будто в этом месте было не 30x, а 300x) - причём периодически такие артефакты повторялись (периодичность повтора заставляла задуматься о проблемах алгоритма, который, скажем, "собирал" каждые 50 тыс. позиций немаппированные куски в один блок и вываливал их не думая в одно место).

Для расчётов использовал весьма мощные сервера (в каждом по 4 Xeon с кучей памяти) и фактически за несколько дней прокрутил много вариантов.
Увы, делал в достаточной степени бессистемно (ну, то есть чтобы побаловаться) - встречал где-нить референс, скачивал и сразу запускал "на посмотреть" (аналогично для алгоритмов выравнивания).

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 75
  • Страна: ru
  • Рейтинг +55/-0
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #614 : 20 Ноябрь 2019, 13:01:17 »
Big offers will be announced soon. ;D

Dante Labs

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100